Том 9, № 4 (2017)

Обложка

Весь выпуск

Обзоры

Некодирующие РНК, регулирующие транскрипцию в клетках эукариот

Буренина O.Ю., Орецкая T.С., Кубарева E.A.

Аннотация

В клетках эукариот обнаружено множество относительно небольших (длиной до 1000 нуклеотидных остатков) молекул РНК, выполняющих различные регуляторные функции, в том числе при ремоделировании хроматина и пролиферации. Эти РНК не подвергаются трансляции, т.е. являются некодирующими (нкРНК). В обзоре описаны нкРНК эукариот, участвующие в регуляции транскрипции главным образом посредством взаимодействия с РНК-полимеразой II (РНКП II) и/или с ее основными факторами транс крипции белковой природы. Обобщены сведения о регуляторных функциях SRA РНК, 7SK и TAR РНК, U1 мяРНК, GAS5 РНК и DHFR РНК. Особое внимание уделено свойствам B1 и B2 РНК мыши и Alu РНК человека, способных связываться с активным центром РНКП II. Обнаружение бактериальных аналогов малых нкРНК эукариот, вовлеченных в регуляцию транскрипции, а именно 6S РНК, позволяет предположить общность их эволюционного происхождения.

Acta Naturae. 2017;9(4):13-25
pages 13-25 views

Вклад рибосомного белка S1 в структуру и функцию Qβ-репликазы

Кутлубаева З.Ш., Четверина Е.В., Четверин A.Б.

Аннотация

Кристаллическая структура бактериальной рибосомы была решена с высоким разрешением более 10 лет назад, однако она не содержит информации о структуре самого большого рибосомного белка - S1. Этот необычный белок состоит из шести гибко сочлененных доменов, поэтому он не имеет фиксированной структуры, что мешает образованию кристаллов. Белок S1 является не только компонентом рибосомы, но и одной из четырех субъединиц Qβ-репликазы - РНК-зависимой-РНК-полимеразы бактериофага Qβ. Считалось, что в обоих случаях роль этого РНК-связывающего белка состоит в удержании матрицы вблизи активного центра фермента. В последние годы был совершен прорыв в исследовании белка S1 в составе Qβ-репликазы. В частности, обнаружена его парадоксальная способность вытеснять РНК из репликазного комплекса и установлена кристаллическая структура его фрагмента, способного выполнять эту функцию. Новые результаты заставляют переосмыслить вклад белка S1 в структуру и функцию рибосомы.

Acta Naturae. 2017;9(4):26-30
pages 26-30 views

Поддержание стабильности генома у Heterocephalus glabe

Петрусева И.O., Евдокимов A.Н., Лаврик O.И.

Аннотация

Heterocephalus glaber (голый землекоп) - одна из перспективных моделей для изучения функционирования систем поддержания стабильности генома, в том числе и за счет эффективной репарации повреждений ДНК. H. glaber отличается высокой продолжительностью жизни, повышенной устойчивостью к раковым заболеваниям и рядом других уникальных фенотипических черт. На протяжении по крайней мере 80% жизни это животное не проявляет признаков старения и сохраняет способность к размножению. H. glaber привлекает большое внимание исследователей, занятых изучением молекулярных основ высокой продолжительности жизни и устойчивости к развитию опухолей. Несмотря на то что H. glaber обитает в условиях постоянного генотоксического (окислительного и др.) стресса, его геном и протеом отличаются стабильностью и эффективностью функционирования. В соматических клетках H. glaber отсутствует «репликативное» старение, при этом в фибробластах существует дополнительный p53/pRb-зависимый механизм раннего контактного торможения, контролирующий пролиферацию клеток, а также механизм их arf-зависимого старения. Уникальные фенотипические черты и выявленные особенности функционирования генома, транскриптома и протеома, присущие H. glaber, указывают на высокую прочность и эффективное функционирование молекулярных машин, противостоящих накоплению повреждений в его геноме. В представленном обзоре проанализированы результаты изучения молекулярных механизмов, лежащих в основе высокой продолжительности жизни H. glaber и его способности сопротивляться развитию опухолей.

Acta Naturae. 2017;9(4):31-41
pages 31-41 views

Микроскопия сверхвысокого разрешения в изучении структуры и функционирования клеточного ядра

Рябичко С.С., Ибрагимов A.Н., Лебедева Л.A., Козлов E.Н., Шидловский Ю.В.

Аннотация

В последние десятилетия были разработаны новые микроскопические технологии, получившие общее название микроскопия сверхвысокого разрешения. Эти технологии позволяют получать изображения клетки в свете видимого диапазона с разрешением до 10 нм. Применение микроскопии нового типа представляет большой интерес для изучения строения и функционирования клеточного ядра. В обзоре рассмотрены основные данные, полученные в этой области.

Acta Naturae. 2017;9(4):42-51
pages 42-51 views

Экспериментальные статьи

Трансляционная кросс-активация геномных РНК потексвирусов в составе вирионов

Архипенко M.В., Никитин Н.A., Донченко E.K., Карпова O.В., Атабеков И.Г.

Аннотация

Ранее мы показали, что геномная РНК двух представителей потексвирусов - Х-вируса картофеля и вируса мозаики альтернантеры - недоступна in vitro для рибосом в составе вирусных частиц, но может быть трансляционно активирована при взаимодействии вириона с транспортным белком 1 (ТБ1). С целью изучения механизмов трансляционной активации вирусной РНК потексвирусов нами исследованы трансляционные свойства двух других представителей этого рода - вируса мозаики нарцисса и вируса аукубы-мозаики картофеля. Показано, что в составе вирионов РНК потексвирусов обладает общими трансляционными свойствами in vitro, и ТБ1 способны трансляционно активировать РНК не только своего, гомологичного, вириона, но и РНК в составе вирионов других представителей группы (кросс-активация), проявляя при этом избирательную специфичность. Взаимная трансляционная кросс-активация происходит у вирусов, принадлежащих к одной или к близким филогенетическим подгруппам. Получены прямые доказательства того, что связывание ТБ1 с торцом вириона является обязательным, но недостаточным условием для трансляционной активации инкапсидированной РНК.

Acta Naturae. 2017;9(4):52-57
pages 52-57 views

Синтез и характеристика гибридных наночастиц Fe3O4/SiO2 для биомедицинских применений

Зелепукин И.В., Шипунова В.O., Миркасымов A.Б., Никитин П.И., Никитин M.П., Деев С.M.

Аннотация

Создание маркеров, позволяющих получать одновременно количественную и визуальную информацию для картирования тканевых макрофагов и других клеток, представляет существенный интерес. Нами синтезированы магнитные и магнитно-флуоресцентные наномаркеры для мечения клеток, с высокой чувствительностью регистрируемые методом MPQ-детекции. Для стабилизации в физиологических условиях маркеры были покрыты оксидом кремния, причем с использованием модифицированной реакции Штобера получены маркеры, различающиеся размером и зарядами кинетического слоя. Разработан простой двухстадийный метод синтеза, позволяющий получать покрытые кремнием магнитные частицы с карбоксигруппами на поверхности сразу после завершения реакции Штобера за счет предварительной стабилизации маркеров карбоксиполимером. Полученные наномаркеры охарактеризованы методами электронной микродифракции, просвечивающей электронной микроскопии, динамического и электрофоретического светорассеяния, изучено их взаимодействие с линиями эукариотических клеток.

Acta Naturae. 2017;9(4):58-65
pages 58-65 views

Новый гибридный промотор ARE-hTERT для генной терапии рака

Калиниченко С.В., Шепелев M.В., Вихрева П.Н., Коробко И.В.

Аннотация

Cконструирован новый гибридный опухолеспецифический промотор ARE-hTERT, состоящий из промотора гена TERT человека (hTERT) и генетических элементов антиоксидантного ответа (ARE) из промотора гена GCLM человека. Показано, что транскрипционная активность гибридного промотора повышена в опухолевых клетках с аномально активным фактором транскрипции Nrf2 и при индукции окислительного стресса, но при этом сохраняет опухолеспецифичность базального промотора hTERT. В in vitro схеме генной терапии фермент-пролекарство с применением химерного белка цитозиндезаминаза : урацилфосфорибозилтрансфераза и 5-фторцитозина гибридный промотор ARE-hTERT вызывал более выраженную гибель обработанных/необработанных химиотерапевтическими препаратами опухолевых клеток, чем промотор hTERT. Созданный нами гибридный промотор можно рассматривать в качестве лучшей альтернативы промотору hTERT в схемах генной терапии рака.

Acta Naturae. 2017;9(4):66-73
pages 66-73 views

Мультилокусный анализ генетической предрасположенности к инфаркту миокарда у русских: репликационное исследование

Кукава Н.Г., Титов Б.В., Осьмак Г.Ж., Матвеева Н.A., Кулакова O.Г., Фаворов A.В., Шахнович Р.M., Руда M.Я., Фаворова O.O.

Аннотация

В поисках генетических маркеров риска инфаркта миокарда (ИМ), обладающих прогностической значимостью для русского этноса, провели репликационное исследование ассоциации с ИМ вариантов генов PCSK9 (rs562556), APOE (эпсилон-полиморфизм, rs7412 и rs429358), LPL (rs320), MTHFR (rs1801133), eNOS (rs2070744) и области 9p21 (rs1333049) у 405 пациентов, перенесших ИМ, в сравнении с 198 индивидами контрольной группы. Наблюдали значимую ассоциацию вариантов генов липидного обмена PCSK9, APOE и LPL, а также гена eNOS с ИМ. Варианты гена MTHFR и rs1333049 области 9p21 оказались незначимыми поодиночке, но входили в состав нескольких различных ИМ-ассоциированных аллельных сочетаний, обнаруженных с помощью мультилокусного анализа. Нелинейных эпистатических взаимодействий между компонентами найденных сочетаний не обнаружено. Сделано заключение, что кумулятивный эффект генов в составе сочетания возникает в результате суммирования их малых независимых вкладов. С помощью ROC-анализа оценивали прогностическую значимость аддитивной композитной модели, построенной с использованием генов PCSK9, APOE, LPL и eNOS как генетических маркеров. После включения этих маркеров в ранее опубликованную нами композитную модель индивидуального генетического риска ИМ предсказательная эффективность достигла значения AUC = 0.676. Однако результаты, полученные в настоящем исследовании, безусловно, нуждаются в воспроизведении на независимой выборке русских.

Acta Naturae. 2017;9(4):74-83
pages 74-83 views

Рекомбинантные антитела к гликопротеину вируса Эбола

Панина A.A., Дементьева И.Г., Алиев T.K., Топорова В.А., Балабашин Д.С., Боков M.Н., Позднякова Л.П., Шемчукова O.Б., Долгих Д.A., Свешников П.Г., Кирпичников M.П.

Аннотация

В настоящее время не существует лицензированных препаратов для адресной профилактики и лечения геморрагической лихорадки Эбола. В представленной работе создана эукариотическая система экспрессии для получения трех полноразмерных химерных антител IgG1-каппа изотипа GPE118, GPE325 и GPE534 к рекомбинантному гликопротеину вируса Эбола (GP EBOV), ключевому фактору патогенности этого вируса. Иммунохимические свойства химерных антител изучены методами иммуноблотинга, непрямого, прямого и конкурентного иммуноферментного анализа с использованием рекомбинантных белков rGPdTM, NP и VP40 вируса Эбола. Доказана подлинность полученных антител и отсутствие перекрестной специфичности по отношению к структурным белкам NP и VP40 вируса Эбола. Эпитопная специфичность рекомбинантных антител исследована с использованием коммерческих нейтрализующих антител к вирусному гликопротеину. Показано, что рекомбинантные антитела GPE118, GPE325 и GPE534 узнают эпитопы гликопротеина, совпадающие или перекрывающиеся с эпитопами трех хорошо изученных нейтрализующих антител против вируса Эбола.

Acta Naturae. 2017;9(4):84-91
pages 84-91 views

Прямой молекулярный фишинг новых белков-партнеров тромбоксансинтазы человека

Свирид A.В., Ершов П.В., Яблоков E.O., Калужский Л.А., Мезенцев Ю.В., Флоринская A.В., Сушко T.A., Струшкевич Н.В., Гилеп A.A., Усанов С.A., Медведев A.E., Иванов A.С.

Аннотация

Тромбоксансинтаза (TBXAS1) катализирует реакцию изомеризации простагландина Н2 с образованием тромбоксана А2 - аутокринного и паракринного фактора многих клеток. Высокая активность и метастабильность этих производных арахидоновой кислоты позволяют предположить существование надмолекулярных структур, участвующих в регуляции биосинтеза и адресной транслокации тромбоксана к рецептору. Целью настоящей работы была идентификация белков-партнеров TBXAS1 из лизата ткани печени человека с использованием комплексного подхода, основанного на применении технологии прямого молекулярного фишинга, LC-MS/MS-идентификации белков и валидации белок-белкового взаимодействия с помощью поверхностного плазмонного резонанса (SPR). Идентифицированы 12 потенциальных белков-партнеров TBXAS1, в том числе компоненты, регулирующие организацию цитоскелета (BBIP1 и ANKMY1), компоненты коагуляционного каскада крови (SERPINA1, SERPINA3, APOH, FGA и FN1) и фермент метаболизма ксенобиотиков и эндогенных биорегуляторов (CYP2E1). SPR-валидация на биосенсоре Biacore 3000 подтвердила эффективность взаимодействия CYP2E1 (фермент метаболизма простагландина Н2 до 12-HHT/проантагониста тромбоксана А2) с TBXAS1 (Kd - (4.3 ± 0.4) × 10-7 М). Показательно, что аффинность комплексообразования TBXAS1•CYP2E1 пятикратно возрастает в присутствии изатина (индол-2,3-дион, низкомолекулярный непептидный эндогенный биорегулятор, продукт CYP2E1). Полученные нами результаты позволяют предположить важность взаимодействия данных гемопротеинов в регуляции биосинтеза эйкозаноидов.

Acta Naturae. 2017;9(4):92-100
pages 92-100 views

YABBY3-ортологи дикорастущих видов томата: структура, полиморфизм и экспрессия

Филюшин M.A., Слугина M.A., Щенникова A.В., Кочиева E.З.

Аннотация

Эволюция генов, кодирующих факторы транскрипции семейства YABBY, считается одной из основных причин возникновения плоского листа из радиально-симметричного стебля и многообразия форм гинецея. Показано, что гены YABBY определяют идентичность абаксиальной поверхности всех наземных латеральных органов семенных растений. В настоящей работе клонированы и охарактеризованы полноразмерные последовательности генов, ортологичных YABBY3, у 13 образцов дикорастущих и культивируемых видов томата, отличающихся морфофизиологическими характеристиками листьев, цветков и плодов. Сравнительный анализ выявил высокую гомологию этих последовательностей с известным геном YABBY3 томата (95-99%). Гены-ортологи имели идентичную экзон-интронную структуру и содержали участки, кодирующие консервативные домены HMG-YABBY и Cys2Cys2-цинкового пальца. В этих генах выявлены 317 вариабельных сайтов, при этом 8 из 24 экзонспецифичных SNP приводили к аминокислотным заменам. Сравнительный анализ экспрессии генов YABBY3 в вегетативных и репродуктивных органах одного красноплодного и трех зеленоплодных видов томата выявил некоторые межвидовые отличия в интенсивности экспрессии в листьях, бутонах и цветках.

Acta Naturae. 2017;9(4):101-109
pages 101-109 views

Краткие сообщения

CaMKII участвует в вызванном холином торможении секреции ацетилхолина в моторных синапсах мыши

Гайдуков A.E., Балезина O.П.

Аннотация

Исследовали участие кальций-зависимых ферментов – протеинкиназы С (PKC) и кальций/кальмодулин-зависимой протеинкиназы типа II (CaMKII) – в каскаде реакций, запускаемых воздействием на пресинаптические никотиновые холинорецепторы альфа7-типа экзогенного холина, вызывающего подавление вызванного выброса ацетилхолина (АХ) в моторных синапсах мыши. В присутствии блокатора PKC хелеритрина вызванная секреция АХ не изменялась, и сохранялась способность холина тормозить вызванный выброс АХ. Блокатор CaMKII KN-62 не влиял на активность синапсов, но полностью предотвращал торможение секреции АХ, вызванное холином.

Acta Naturae. 2017;9(4):110-113
pages 110-113 views

Форум

40 лет без оспы

Щелкунова Г.A., Щелкунов С.Н.

Аннотация

В октябре 1977 г. был зафиксирован последний случай заражения человека натуральной оспой в природе. К этому событию мировое сообщество шло почти 20 лет после принятия Всемирной организацией здравоохранения программы глобальной ликвидации этого особо опасного инфекционного заболевания. Вакцинация против оспы была отменена, и за прошедшие 40 лет человечество в своем большинстве утратило иммунитет не только к оспе, но и другим зоонозным ортопоксвирусным инфекциям. Это, в частности, привело к тому, что в последние годы на разных континентах все чаще стали регистрироваться вспышки ортопоксвирусных инфекций среди людей. Существует угроза возврата оспы в результате эволюционных преобразований зоонозных ортопоксвирусов. Для предотвращения распространения таких инфекций разрабатываются современные методы диагностики, профилактики и терапии оспы и ортопоксвирусных инфекций.

Acta Naturae. 2017;9(4):4-12
pages 4-12 views

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах