Том 14, № 3 (2022)
- Год: 2022
- Дата публикации: 29.10.2022
- Статей: 11
- URL: https://actanaturae.ru/2075-8251/issue/view/876
Обзоры
Визуализация G-квадруплексов, i-мотивов и их ассоциатов
Аннотация
Образуемые G- или C-богатыми участками ДНК неканонические структуры, такие, как квадруплексы и i-мотивы, а также их ассоциаты, в последние годы привлекают все возрастающее внимание как из-за накопившихся аргументов в пользу их существования in vivo, так и возможности их потенциального использования в нанобиотехнологии. Важную роль в изучении структуры и свойств неканонических форм ДНК, а также в контроле искусственно создаваемых архитектур на их основе играет визуализация этих структур. В данном обзоре проанализированы методы, используемые для визуализации квадруплексов, i-мотивов и их ассоциатов с высоким пространственным разрешением, такие, как флуоресцентная микроскопия, просвечивающая электронная микроскопия (ПЭМ) и атомно-силовая микроскопия (АСМ). Представлены основные подходы к подготовке образцов для визуализации такого рода структур. Рассмотрены примеры визуализации неканонических структур ДНК различных морфологий, таких, как G-проволоки, G-петли, а также отдельных квадруплексов, i-мотивов и их ассоциатов. Продемонстрирован потенциал использования АСМ для визуализации неканонических структур ДНК.
Патологическое взаимодействие β-амилоида и митохондрий: роль в возникновении и развитии болезни Альцгеймера
Аннотация
Болезнь Альцгеймера – одно из наиболее распространенных нейродегенеративных заболеваний, характеризующееся нарушением когнитивных функций из-за прогрессирующей потери нейронов в головном мозге. Основным патологическим признаком заболевания являются внеклеточные β-амилоидные (Аβ) бляшки. При болезни Альцгеймера наблюдаются не только нарушения в агрегации белка, но и усиление фрагментации митохондрий, изменения в экспрессии генов митохондриального биогенеза, а также взаимодействия эндоплазматического ретикулума и митохондрий, митофагии. Известно, что на уровень экспрессии и процессы агрегации Аβ влияют активные кислородные радикалы. В свою очередь, олигомерные или агрегированные формы Аβ вызывают митохондриальные нарушения. В этом обзоре нами обобщены данные о патологическом действии Aβ на митохондрии, а также о потенциальных молекулярных мишенях, связанных с протеинопатией, для фармакологической коррекции болезни Альцгеймера.
Искусственные хромосомы человека и способы их доставки в клетки-мишени
Аннотация
Искусственные хромосомы человека разработаны в качестве генетических векторов, позволяющих нести большие трансгенные конструкции или целые генные локусы. Такие векторы представляют собой либо редуцированные нативные хромосомы, либо новосинтезированные генетические конструкции. Общими важными особенностями искусственных хромосом человека являются их сверхвысокая емкость и способность поддерживаться в виде самостоятельных генетических элементов без интеграции в хромосомы клеток-хозяев. В обзоре рассмотрены способы получения, структурно-функциональные особенности и области применения основных известных на сегодняшний день типов искусственных хромосом человека. Отдельно описан один из технически наиболее сложных и трудоемких элементов технологии – перенос этих векторов из клеток-доноров в клетки-реципиенты.
Репортерные трансгены для мониторинга противоопухолевой эффективности рекомбинантных онколитических вирусов
Аннотация
Точное измерение размеров опухоли, включая локализацию ее края, имеет существенное значение для успешной онкотерапии. За последнее десятилетие увеличилось число доступных неинвазивных методов визуализации внутренних структур организма, среди которых оптическая визуализация с использованием нерадиоактивных субстратов, визуализация глубоких тканей с использованием радиоактивных субстратов, магнитно-резонансная томография. Важнейшую роль среди инструментов визуализации играют репортерные гены, экспрессия которых в опухолях и метастазах позволяет отслеживать динамику опухолевого процесса, а также эффективность терапии. В качестве вектора для доставки репортерных генов в опухолевые клетки часто выбирают онколитические вирусы, поскольку они обладают онкоспецифичностью, инфицируют и лизируют опухолевые клетки, практически не повреждая нормальные. Выбор репортерных трансгенов для генно-инженерной модификации онколитических вирусов зависит от задач исследования и методов визуализации. Оптические методы визуализации подходят для исследований in vitro и на мелких животных, методы визуализации глубоких тканей применяют для оценки виротерапии у крупных животных и человека. Для оптической визуализации используются трансгены флуоресцентных белков, люцифераз и тирозиназ; для визуализации глубоких тканей наиболее перспективным считается трансген симпортера йодида натрия (NIS), который обеспечивает накопление радиоактивных изотопов в инфицированных вирусом опухолевых клетках. В настоящее время NIS является единственным репортерным трансгеном, показавшим свою эффективность в мониторинге виротерапии опухолей не только в доклинических, но также и в клинических исследованиях.
Сахарный диабет 2 типа: особенности патогенеза и экспериментальные модели на грызунах
Аннотация
Наиболее распространенным эндокринным заболеванием в мире является сахарный диабет 2 типа (СД2). Патогенез этого заболевания сложен и не до конца выяснен. Основным инструментом изучения патофизиологии и терапии СД2 на сегодняшний день остаются исследования, проведенные на экспериментальных моделях. Грызуны считаются лучшими моделями, потому что имеют небольшой размер, отличаются легкостью индукции СД2, коротким индукционным периодом и экономической эффективностью. В данном обзоре собрана информация об используемых в настоящее время экспериментальных моделях СД2, оценены их преимущества и недостатки, подробно описаны факторы, которые следует учитывать при использовании моделей. Выбор модели, подходящей для решения конкретного вопроса, не всегда представляет тривиальную задачу и влияет на результаты исследования и их интерпретацию.
Экспериментальные статьи
Механизмы регуляции Р-гликопротеина в условиях экзогенного и эндогенного окислительного стресса in vitro
Аннотация
На клетках линии Caco-2 изучены механизмы регуляции белка-транспортера Р-гликопротеина (Pgp) в условиях экзогенного и эндогенного окислительного стресса (ОС). Экзогенный ОС моделировали, добавляя в питательную среду пероксид водорода в концентрации 0.1, 0.5 и 1 мкМ на 24 ч и 10 мкМ на 72 ч. Эндогенный ОС моделировали, инкубируя клетки с DL-бутионинсульфоксимином (БСО, ингибитор γ-глутамилцистеин-синтетазы) в концентрации 10, 50 и 100 мкМ в течение 24 ч. Уровень внутриклеточных активных форм кислорода оценивали с помощью флуоресцентных зондов MitoTracker Red CM-H2 XRos, относительное количество Pgp анализировали методом вестерн-блотинга. Показано, что развитие экзогенного и эндогенного ОС приводит к увеличению относительного количества Pgp. С использованием специфических ингибиторов установлена важная роль сигнального пути Nrf2-Keap1 в повышении количества Pgp в условиях моделирования экзогенного ОС пероксидом водорода. Транскрипционный фактор HIF1 участвует в регуляции количества Pgp в условиях 24-часового экзогенного ОС, а транскрипционный фактор CAR – при 72-часовом ОС, PXR, видимо, не вносит существенного вклада в регуляцию белка-транспортера в данной модели. В условиях эндогенного ОС все протестированные транскрипционные факторы и сигнальные пути участвуют в индукции Pgp. Скорее всего, это связано с бимодальным влиянием БСО на Pgp. С одной стороны, БСО вызывает развитие ОС, с другой, будучи ксенобиотиком, может стимулировать PXR и CAR, которые, в свою очередь, повышают количество Pgp.
Транскрипция специфичных для семенников генов ZBTB32 и ZNF473 подавлена в герминогенных опухолях
Аннотация
Одним из самых многочисленных в геноме является семейство генов, содержащих домены «цинковый палец» типа C2H2, которое насчитывает более 700 членов. Особый интерес среди них представляют гены с предполагаемой тканеспецифичной транскрипцией, определяющие функциональные свойства отдельных типов клеток и обусловливающих их специфичный ответ на внешние и внутренние воздействия, в том числе при патологических процессах. Целью работы было выявление генов семейства C2H2 c тканеспецифичной транскрипцией и анализ изменений их активности при образовании опухолей. Для поиска таких генов мы воспользовались четырьмя базами данных, содержащими информацию о транскрипции генов в тканях человеческого организма, полученную в результате крупномасштабного секвенирования мРНК. Показано, что основная часть генов семейства C2H2 транскрибируется практически во всех тканях, однако для небольшой группы генов была характерна тканеспецифичная транскрипция, при этом основная часть транскриптов приходилась на семенники. При сопоставлении всех четырех баз данных выявлено 9 таких генов. Специфичную для семенников транскрипцию двух из них – ZBTB32 и ZNF473 – мы подтвердили методом количественной ПЦР на матрицах кДНК из разных органов. Показано снижение транскрипции ZBTB32 и ZNF473 в герминогенных опухолях. Эти гены рассматриваются как потенциальные маркеры ракового перерождения клеток зародышевого типа.
Изменение профиля экспрессии микроРНК в лейкоцитах пациентов с болезнью Паркинсона
Аннотация
Болезнь Паркинсона (БП) – одно из наиболее распространенных двигательных расстройств, диагностика которого до настоящего времени остается, главным образом, клинической. Для разработки патогенетического лечения БП важна точная диагностика БП на самых ранних стадиях, в связи с чем необходим поиск потенциальных биомаркеров заболевания. Нами оценена диагностическая значимость ряда микроРНК и их взаимосвязь с клиническими характеристиками БП. В исследование включены 70 пациентов с БП и 40 здоровых добровольцев. В лейкоцитах крови оценивали экспрессию 15 микроРНК, отобранных на основании опубликованных данных и современных представлений о молекулярном патогенезе БП. Всем пациентам проведена оценка по клиническим шкалам Hoehn–Yahr, UPDRS, NMSQ, PDQ-39. По результатам исследования выявлено статистически значимое повышение экспрессии miR-7-1-5p, miR-29c-3p и miR-185-5p и снижение экспрессии miR-29a-3p и miR-30c-1-5p в лейкоцитах при БП. Однако показано, что измененный профиль микроРНК обладает умеренной диагностической значимостью. Изменения экспрессии микроРНК были ассоциированы с моторными и немоторными фенотипическими особенностями БП и изменялись на фоне приема противопаркинсонических препаратов. Также показана связь ряда изученных микроРНК с длительностью и тяжестью БП, что потенциально может использоваться в мониторировании прогрессирования заболевания.
Внеклеточные везикулы метастатической меланомы переносят мРНК α7-nAChR, увеличивая поверхностную экспрессию рецептора в нормальных кератиноцитах и стимулируя их рост
Аннотация
Ранее нами было показано, что внеклеточные везикулы, секретируемые клетками метастатической меланомы кожи, стимулируют рост, миграцию и стволовость нормальных кератиноцитов. В работе мы впервые показываем, что внеклеточные везикулы, секретируемые клетками метастатической меланомы линий mel H, mel Kor и mel P, содержат как на уровне мРНК, так и на уровне белка никотиновый ацетилхолиновый рецептор α7 типа (α7-nAChR), который участвует в регуляции онкогенных сигнальных путей в эпителиальных клетках. Инкубация с везикулами, секретируемыми клетками mel H и имеющими наибольшее содержание мРНК α7-рецептора, приводит к увеличению поверхностной экспрессии α7-nAChR в нормальных кератиноцитах Het-1A, а также к стимуляции их роста. При этом наблюдается отмена обоих этих эффектов в присутствии ингибитора α7-nAChR – α-бунгаротоксина. Биоинформатический анализ выявил корреляцию между повышенной экспрессией гена α7-nAChR у пациентов с метастатической меланомой и неблагоприятным прогнозом выживаемости. Таким образом, внеклеточные везикулы метастатической меланомы могут переносить мРНК α7-nAChR, усиливая поверхностную экспрессию этого рецептора и стимулируя рост нормальных кератиноцитов, а таргетирование этого рецептора может стать новой стратегией контроля злокачественной трансформации кератиноцитов.
Морфологическая характеристика астроцитов в ксенотрансплантате нейрональных предшественников, полученных из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека
Аннотация
Трансплантация смешанной астроцитарной и нейрональной культуры представляет интерес для разработки методов клеточной терапии нейродегенеративных заболеваний. Вместе с тем, для оценки развития трансплантата необходима подробная морфологическая характеристика, включающая анализ нейрональных и глиальных популяций. В проведенном эксперименте трансплантированные нейрональные предшественники, полученные из ИПСК человека, к шестому месяцу после трансплантации в стриатум крысы давали in vivo смешанную популяцию нейронов и астроцитов. Ксенотрансплантированные астроциты по морфологическим характеристикам и нейрохимическому профилю были сходны с зрелой астроглией человека. В отличие от нейронов, астроциты мигрировали в окружающие структуры, причем плотность и характер их распределения в стриатуме и коре головного мозга различались, что свидетельствует о влиянии микроокружения на интеграцию глии человека. В трансплантате выявляли зональные особенности морфологии глиальных клеток, отражающие их созревание в центральной зоне, формирование глиального вала вокруг трансплантированных нейронов и миграцию в окружающие структуры.
ИФА-платформа для количественного анализа RBD-нейтрализующих антител к SARS-CoV-2 как альтернатива мониторингу вируснейтрализующей активности
Аннотация
Определение уровня вируснейтрализующей активности сывороточных иммуноглобулинов позволяет надежно оценивать защищенность человека от заражения SARS-CoV-2. В случае инфекции SARS-CoV-2 RBD-ACE2-нейтрализующая активность сывороток практически эквивалентна вируснейтрализующей активности их антител и может использоваться для оценки уровня нейтрализующих антител к SARS-CoV-2. Нами предложена ИФА-платформа для количественного анализа уровня RBD-нейтрализующих антител к SARS-CoV-2 как альтернатива мониторингу вируснейтрализующей активности псевдовирусами или «живыми» вирусами. Преимуществом разработанной платформы является возможность в кратчайшие сроки (1–2 недели) адаптировать методику к вновь появляющимся вариантам вируса и тем самым получать количественные данные по активности RBD-нейтрализующих антител к SARS-CoV-2. Разработанная платформа может быть использована для исследования популяционного иммунитета к SARS-CoV-2, мониторинга эффективности вакцинации (ревакцинации) населения и отбора потенциальных доноров иммунной плазмы. С использованием этой платформы детально изучены защитные свойства гуморального иммунного ответа у госпитализированных и амбулаторных пациентов, а также после профилактики двумя самыми популярными в РФ вакцинами против SARS-CoV-2. Наибольшая RBD-нейтрализующая активность наблюдалась в группе госпитализированных пациентов. Защитный эффект в группе вакцинированных Гам-КОВИД-Вак на 25% превышал эффект в группе амбулаторных пациентов и был почти в 4 раза выше, чем у вакцинированных КовиВак.