Том 16, № 1 (2024)
- Год: 2024
- Дата публикации: 10.05.2024
- Статей: 11
- URL: https://actanaturae.ru/2075-8251/issue/view/883
Обзоры
Посттранскрипционная регуляция экспрессии генов через непродуктивный сплайсинг
Аннотация
Непродуктивный сплайсинг – это посттранскрипционный механизм контроля экспрессии генов эукариот, при котором в результате регулируемого альтернативного сплайсинга в белоккодирующих транскриптах возникают преждевременные стоп-кодоны, что приводит к их деградации по пути нонсенс-опосредованного распада. Этот механизм особенно характерен для генов РНК-связывающих белков, которые контролируют уровни экспрессии друг друга и других генов с помощью множественных авто- и кросс-регуляторных каскадов. Нарушения непродуктивного сплайсинга приводят к развитию различных заболеваний, в том числе опухолей, и потенциально могут служить терапевтическими мишенями. В данном обзоре обсуждаются типы событий непродуктивного сплайсинга, механизмы авто- и кросс-регуляции, избегание нонсенс-опосредованного распада и проблемы идентификации непродуктивных изоформ. Приведены примеры нарушений непродуктивного сплайсинга при заболеваниях и терапевтические стратегии для их коррекции с помощью антисмысловых олигонуклеотидов и малых молекул.
Ультраструктурная 3D-микроскопия для биомедицины. Принципы, применение, перспективы
Аннотация
Современные биомедицинские исследования зачастую требуют трехмерного микроскопического анализа ультраструктуры биологических объектов и материалов. Усовершенствование традиционных методов оптической, электронной и зондовой микроскопии, исходно позволяющих получать двумерные изображения и данные для целей реконструкции трехмерных структур, требует концептуальных технических и методических решений. В обзоре рассмотрены принципы и возможные приложения таких методик, как просвечивающая электронная микроскопия серийных срезов; техники на основе сканирующей электронной микроскопии (СЭМ): матричная томография, СЭМ с фокусированным ионным пучком и серийная СЭМ поверхности блока. Описаны техники 3D-анализа на базе современных методов оптической микроскопии сверхвысокого разрешения: стохастической оптической реконструкции и микроскопии с истощением стимулированного излучения, а также методы ультраструктурной 3D-микроскопии на базе сканирующей зондовой микроскопии и возможности их объединения с оптическими техниками. Проведен сравнительный анализ преимуществ и недостатков рассмотренных подходов.
Экспериментальные статьи
Streptomyces phaeochromogenes БВ-204 – штамм-продуцент антрахинона К-1115А, нового ингибитора биосинтеза белка
Аннотация
Важной проблемой при поиске новых антибиотиков является «переоткрытие», то есть обнаружение уже известных молекул и тот факт, что на их фоне могут теряться новые молекулы с перспективными механизмами действия. Возможным решением этой проблемы может быть так называемый мишень-ориентированный поиск с использованием специальных репортерных микроорганизмов, сочетающих повышенную антибиотикочувствительность со способностью демонстрировать характер повреждающего действия изучаемых молекул. Использование подобных тест-организмов позволяет обнаружить новые интересные свойства даже у известных метаболитов. В данном исследовании использован метод высокопроизводительного скрининга на основе двойной репортерной системы pDualrep2, высокая чувствительность которой, обусловленная использованием модифицированных штаммов тест-организмов, сочетается с возможностью легко и точно выявлять механизмы взаимодействия вещества с бактериальной клеткой на первичных этапах скрининга. Эта репортерная система не имеет аналогов в России и существенно превосходит мировые аналоги. Ингибирование трансляции индуцирует экспрессию флуоресцентного белка Katushka2s, а повреждение ДНК – TurboRFP. При помощи pDualrep2 нами выделен и описан штамм Streptomyces phaeochromogenes БВ-204, продуцент описанного ранее биологически активного вещества К-1115А, антибиотическая активность которого и способность ингибировать бактериальную трансляцию впервые были продемонстрированы в нашей работе. Этот эффект подтвержден нами в in vitro системе бесклеточной трансляции мРНК FLuc. Антибактериальная активность вещества К-1115А проверена и подтверждена на клетках S. aureus (MRSA) и B. subtilis, а также сопоставлена с цитотоксичностью на клеточной линии HEK293. Определен терапевтический индекс данного соединения, составивший 2 и 8 соответственно. Полученные результаты и описанные нами новые свойства К-1115А открывают перспективы его дальнейшего изучения и позволяют рассматривать данное соединение как основу для получения полусинтетических производных с улучшенными терапевтическими свойствами и разработки в дальнейшем лекарственных форм.
Влияние ионов кальция на электрофизиологические свойства одиночных каналов ANO6
Аннотация
Белки семейства аноктаминов (ANO) формируют кальций-зависимые хлорные каналы (CaCC). Наиболее необычный представитель этого семейства – ANO6 (TMEM16F) – совмещает в себе функции кальций-зависимой скрамблазы и ионного канала. ANO6 влияет на динамику плазматической мембраны, перенос фосфатидилсерина и участвует в программируемой клеточной гибели. Свойства каналов ANO6 остаются предметом дискуссии. В настоящей работе, регистрируя одиночные каналы ANO6, мы изучили влияние изменений внутриклеточной и наружной концентрации ионов кальция на электрофизиологические свойства эндогенных каналов ANO6. Показано, что (1) высокая концентрация ионов кальция во внеклеточном растворе увеличивает активность эндогенных каналов ANO6; (2) проницаемость эндогенных каналов ANO6 по отношению к хлорид-ионам не зависит от внеклеточной концентрации ионов кальция; (3) увеличение внутриклеточной концентрации кальция приводит к активации эндогенных каналов ANO6 с двойной амплитудой; (4) кинетика работы канала зависит от потенциала плазматической мембраны, но не от внутриклеточной концентрации ионов кальция. Полученные нами данные дают возможность предложить новые механизмы регуляции активности каналов ANO6 ионами кальция как с внутренней, так и с наружной стороны мембраны.
Исследование активации сигнальных путей в TRAIL-резистентных макрофагоподобных клетках острого миелоидного лейкоза
Аннотация
Острый миелоидный лейкоз (ОМЛ) – злокачественное новообразование, которое характеризуется крайне низкой излечиваемостью и выживаемостью. Воспалительное микроокружение и индуцированное им созревание (дифференцировка) клеток ОМЛ способствует уклонению этих клеток от эффекторов противоопухолевого иммунитета. Один из ключевых молекулярных эффекторов иммунного надзора – цитокин TRAIL – рассматривается в качестве перспективной платформы для создания селективных противоопухолевых препаратов. Ранее в in vitro условиях воспалительного микроокружения – в трехмерной высокоплотной культуре клеток ОМЛ THP-1, нами было показано появление дифференцированных макрофагоподобных клонов ТНР-1ad, устойчивых к TRAIL-индуцированной гибели. В представленной работе в устойчивых к действию TRAIL макрофагоподобных клетках ОМЛ THP-1ad обнаружены конститутивная активация провоспалительных сигнальных путей, ассоциированных с ними транскрипционных факторов, и повышение экспрессии антиапоптотического гена BIRC3. Впервые с помощью биоинформатического анализа транскриптома выявлен основной регулятор – ген IL1B, связывающий провоспалительную активацию и формирование устойчивости к TRAIL у макрофагоподобных клеток ТНР-1ad.
Метод получения рекомбинантных VSV с подтверждением биологической активности
Аннотация
Создание новых эффективных средств лечения опухолей является перспективным и актуальным направлением трансляционной медицины. Онколитические вирусы способны индуцировать иммуногенную клеточную смерть, активируя иммунную систему организма для распознавания злокачественной опухоли. В данной работе представлены результаты оптимизации метода получения рекомбинантных вирусов везикулярного стоматита. Для сборки вирусных частиц получена клеточная линия HEK293TN-Т7, стабильно экспрессирующая ДНК-зависимую РНК-полимеразу Т7 для экспрессии вирусного генома, а также получены хелперные плазмиды, кодирующие вирусные гены под контролем CAG-промоторов. Онколитическую активность очищенного препарата модельного вируса определяли на клетках меланомы мыши B16F10Red, экспрессирующих красный флуоресцентный белок. Предложенный метод позволяет получать очищенный вирусный препарат с высоким титром и с онколитической активностью; благодаря амплификации вирусных частиц в суспензионной культуре клеток HEK293, легко масштабируется и может в дальнейшем использоваться для получения других рекомбинантных онколитических вирусов на основе вируса везикулярного стоматита для иммунотерапии злокачественных опухолей.
Влияние липосом различного состава на кожу и ее производные после термического ожога II–IIIА степени
Аннотация
Раccмотpены патологичеcкие процессы и состояния, которые возникают при экспериментальном моделировании на лабораторных животных термических ожогов II–IIIА степени и характеризуются наpушением cтpуктуpы кожных покровов, снижением их функции, в частности барьерной, а также повреждением таких производных кожи, как волосяные фолликулы и сальные железы. Сравнили действие липосом, изготовленных из соевого лецитина, содержащего 90% фосфатидилхолина, и липосом из лецитина, содержащего 26% фосфатидилхолина, на состояние эпидермиса, дермы и ее капилляров, волосяных фолликулов и сальных желез у лабораторных животных через 24 ч после экспериментального моделирования термических ожогов кожи II–IIIА степени. Обcуждаютcя особенности влияния липосом на кожу и ее производные в зависимости от содержания жирных кислот в лецитине, который используется для приготовления липосом обоих составов, в частности, от содержания в нем фосфатидилинозита, фосфатидных кислот, олеиновой и линолевой кислот.
Современные подходы к de novo синтезу протяженных фрагментов ДНК: сборка широкого репертуара последовательностей
Аннотация
Для решения многих задач синтетической биологии, в том числе для синтеза более широкого репертуара последовательностей, а также для дальнейшей автоматизации и миниатюризации таких реакций необходимо иметь стандартизированные методы сборки фрагментов ДНК. В представленной работе предложены условия сборки фрагментов ДНК из химически синтезированных олигонуклеотидов и определены возможные ошибки, возникающие в данных условиях. Предложены также условия дальнейшего объединения синтетических фрагментов в более крупные последовательности ДНК. Показано, что оптимизированные условия подходят для сборки широкого спектра последовательностей.
Димерные бисбензимидазолпирролы DB2Py(n) – АТ-сайт-специфичные лиганды: синтез, физико-химический анализ и исследования биологической активности
Аннотация
Бензимидазол является фундаментальным фармакофором при создании лекарств из-за его широкого спектра биологической активности. Синтезированы новые АТ-специфичные флуоресцентные молекулы бисбензимидазола DB2Py(n), содержащие пирролкарбоксамидный фрагмент антибиотика нетропсина. С использованием спектров поглощения, флуоресценции и кругового дихроизма показана способность бисбензимидазолпирролов к комплексообразованию с ДНК. Новая серия DB2Py(n) оказалась более токсичной на линиях опухолевых клеток человека и менее токсичной для неопухолевых клеток. Бисбензимидазолпирролы проникали в ядро клетки, воздействовали на фазу S-клеточного цикла, а также в низких концентрациях ингибировали эукариотическую топоизомеразу I в бесклеточной модели. Анализ пролиферации опухолевых клеток в режиме реального времени подтвердил усиление токсических свойств при димеризации бисбензимидазолпиррола. Согласно предварительным данным определения цитотоксичности бисбензимидазолпирролов на клеточной модели с фенотипом множественной лекарственной устойчивости мономерные соединения преодолевают множественную лекарственную устойчивость, в то время как димеризация молекулы приводит к снижению этого свойства до средних величин по сравнению с доксорубицином. Таким образом, новые цитотоксичные бисбензимидазолпиррольные структуры представляют интерес для дальнейшего глубокого изучения их свойств и механизма действия в отношении опухолевых клеток человека, а также для дизайна новых АТ-специфичных лигандов.
Наноантитело широкого спектра к гемагглютинину вируса гриппа А подтипа Н3
Аннотация
Моноклональные антитела (мАт) и их антигенсвязывающие фрагменты являются перспективным средством борьбы с инфекционными заболеваниями. Наноантитела (VHH), благодаря уникальной структуре своего паратопа, имеют ряд преимуществ перед классическими мАт, особенно в случае вирусных инфекций. Вирусы гриппа А (ВГА) остаются серьезной угрозой для общественного здравоохранения. Основным протективным и иммунодоминантным антигеном ВГА является белок гемагглютинин (НА). В данной работе выделены три наноантитела с широкой реактивностью (D9.2, E12.2 и D4.2) к различным штаммам гриппа H3N2, а также получены и охарактеризованы слитые с Fc-фрагментом VHH (VHH-Fc). Эта модификация улучшила связывающую способность VHH и позволила взаимодействовать с более широким спектром штаммов. Антитело D9.2-Fc продемонстрировало 100% защиту мышей от летального исхода in vivo. Кроме того, показано, что протективная активность D9.2-Fc обусловлена Fc-FcγR-взаимодействием. Представленные результаты говорят о том, что антитело D9.2-Fc может применяться как препарат, эффективный против инфекции, вызванной H3N2.
ELABELA-APJ Axis Enhances Mesenchymal Stem Cell Proliferation and Migration via the METTL3/PI3K/AKT Pathway
Аннотация
Mesenchymal stem cells (MSCs) possess a strong therapeutic potential in regenerative medicine. ELABELA (ELA) is a 32 amino acid peptide that binds to the apelin peptide jejunum receptor (APJ) to regulate cell proliferation and migration. The aim of this study was to investigate the function of ELA vis-a-vis the MSC proliferation and migration, and further explore the underlying mechanism. We demonstrated that the exogenous supplement of ELA boosts the proliferation and migration ability of MSCs, alongside improved in vitro cell viability. These capabilities were rendered moot upon APJ knockdown. In addition, ELA (5−20 µM) was shown to upregulate the expression of METTL3 in a concentration-dependent pattern, a capacity which was suppressed by APJ reduction, whereas the downregulation of METTL3 expression blocked the beneficial effects induced by ELA. ELA was also observed to upregulate the phosphorylation level of AKT. This ELA-induced activation of the PI3K/AKT pathway, however, is inhibited with knockdown of METTL3. Our data indicate that ELA could act as a promoter of MSC proliferation and migration in vitro through the APJ receptor, something which might be attributed to the activation of the METTL3/PI3K/AKT signaling pathway. Therefore, ELA is a candidate for optimizing MSC-based cell therapy, while METTL3 is a potential target for its promoting action on MSCs.