Том 11, № 1 (2019)
- Год: 2019
- Дата публикации: 15.03.2019
- Статей: 10
- URL: https://actanaturae.ru/2075-8251/issue/view/822
Обзоры
Лиганды протон-активируемых каналов ASIC1a: механизмы действия и сайты связывания
Аннотация
Протон-активируемые катионные каналы семейства ASIC широко распространены в ЦНС позвоночных и играют важную роль в ряде физиологических и патологических процессов. Наиболее чувствительны к закислению внешней среды каналы ASIC1a, что и обуславливает интерес к их функции и лигандам. В последнее время список лигандов, потенцирующих или ингибирующих эти каналы, существенно расширился. Он включает неорганические катионы, большой ряд малых органических молекул как эндогенных, так и синтетических, а также группу пептидных токсинов. Информация о местах связывания и молекулярных механизмах действия лигандов приходит из результатов электрофизиологических исследований, данных, полученных путем направленных аминокислотных замен, и рентгеноструктурного анализа. В обзоре предпринята попытка обобщить эти разнородные результаты и представить целостную современную картину взаимодействий различных соединений с ASIC1a.
Экспериментальные статьи
Консенсусная интеграза нового генетического варианта CRF63_02A1 ВИЧ-1
Аннотация
Высокая генетическая изменчивость вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) приводит к по стоянному появлению новых генетических вариантов, к числу которых относится рекомбинантный вирус CRF63_02A1, широко распространенный на территории Сибирского федерального округа России. Нами изучена интеграза CRF63_02A1 ВИЧ-1, катализирующая встраивание вирусной ДНК в геном инфициро ванной клетки. Проведен дизайн консенсусной последовательности, получен препарат рекомбинантной ин тегразы и охарактеризована ее ДНК-связывающая и каталитическая активность. Стабильность комплекса интегразы CRF63_02A1 с ДНК-субстратом такая же, как у комплексов интеграз подтипов А и В, однако ско рость его образования существенно выше. Более высокими оказались скорости и эффективности реакций, катализируемых этой интегразой: 3’-процессинга и переноса цепи. Это может быть связано с характерными для интегразы CRF63_02A1 аминокислотными заменами в N-концевом домене, играющем важную роль в мультимеризации фермента и его связывании с ДНК-субстратом. Установлено также, что мутации лекар ственной устойчивости Q148K/G140S и G118R/E138K существенно снижают каталитическую активность интегразы CRF63_02A1 и ее чувствительность к ингибитору интеграции ралтегравиру. При этом наиболее сильное снижение чувствительности обеспечивает двойная мутация Q148K/G140S.
Выделение, очистка и характеристика L,D-транспептидазы 2 Mycobacterium tuberculosis
Аннотация
L,D-транспептидаза типа 2 Mycobacterium tuberculosis играет ключевую роль в формировании неклассических 3-3-поперечных сшивок пептидогликана в клеточной стенке патогена, обуславливая его устойчивость к широкому спектру антибиотиков пенициллинового ряда. Нами оптимизированы условия экспрессии, выделения и очистки рекомбинантной L,D-транспептидазы 2 из M. tuberculosis. Важным фактором, вызывающим инактивацию фермента, является окисление SH-групп каталитического остатка цисте ина Cys354 как в процессе экспрессии, так и при хранении препарата. Определены биохимические свойства очищенной L,D-транспептидазы 2 - как полной, так и без домена А, а также кинетические характеристики катализируемой ферментом реакции превращения нитроцефина.
Термодинамические параметры взаимодействия эндонуклеазы VIII с поврежденной ДНК
Аннотация
Проведен термодинамический анализ взаимодействия эндонуклеазы VIII (Endo VIII) с модель ными ДНК, содержащими поврежденные нуклеотиды, такие, как 5,6-дигидроуридин и 2-гидроксиметил-3-гидрокситетрагидрофуран (F-сайт). Методом «остановленного потока» при разных температурах с реги страцией изменений интенсивности флуоресценции остатка 1,3-диаза-2-оксофеноксазина, расположенного в комплементарной цепи напротив специфического сайта, проведен анализ кинетики фермент-субстратного взаимодействия. Рассчитаны изменения стандартной свободной энергии Гиббса, энтальпии и энтропии для последовательных стадий ферментативного процесса, а также образования переходного состояния в каталитической стадии. Совокупный анализ кинетических и термодинамических данных о конформационных превращениях фермента Endo VIII и ДНК, протекающих в ходе их взаимодействия, позволил дета лизировать природу молекулярных процессов, происходящих на стадиях связывания субстрата, узнавания поврежденного основания и его удаления из ДНК.
Иммуногенность различных форм гликопротеина S коронавируса ближневосточного респираторного синдрома
Аннотация
Коронавирус ближневосточного респираторного синдрома (БВРС-КоВ) был идентифицирован в 2012 году во время первых вспышек ближневосточного респираторного синдрома (БВРС). БВРС-КоВ вызывает острую инфекцию нижних дыхательных путей у человека, летальность при которой составляет ~35%. Зарегистрированные средства профилактической и терапевтической защиты против БВРС в насто ящее время отсутствуют. Гликопротеин S БВРС-КоВ играет важнейшую роль в интернализации вируса. Белок S является иммунодоминантным антигеном и основной мишенью для нейтрализующих антител. Нами проведено сравнение иммуногенности пяти различных форм гликопротеина S БВРС-КоВ: полнораз мерного гликопротеина S, полноразмерного гликопротеина S с трансмембранным доменом гликопротеина G вируса VSV (S-G), рецепторсвязывающего домена RBD гликопротеина S, мембраносвязанного RBD (слитого с трансмембранным доменом гликопротеина G вируса VSV, RBD-G) и RBD, слитого с Fc-фрагментом IgG1 человека (RBD-Fc). Для доставки использовали рекомбинантные векторы на основе аденовируса человека серотипа 5 (rAd5). Вакцинация мышей всеми разработанными векторами rAd5 позволила сформировать сбалансированный Th1/Th2-ответ. Наиболее мощный антительный ответ развивался при иммунизации животных мембраносвязанным RBD (rAd5-RBD-G). Формирование нейтрализующих антител у всех вак цинированных животных наблюдалось только при иммунизации мембранными формами гликопротеина (rAd5-S, rAd5-S-G и rAd5-RBD-G). Наиболее выраженный клеточный ответ развивался при иммунизации животных полноразмерным S (rAd5-S). Проведенные исследования позволяют предположить, что среди всех изученных форм гликопротеина S наиболее перспективными для включения в вакцину против БВРС являются полноразмерный S и мембранная форма RBD (RBD-G).
Оригинальный дипептидный миметик NGF, селективно активирующий путь PI3K/Akt, повышает выживаемость панкреатических β-клеток на модели диабета
Аннотация
Изучено цитопротективное действие миметика NGF - соединения ГК-2 (гексаметилендиамид бис(N-моносукцинил-L-глутамил-L-лизина)) - на β-клетки поджелудочной железы. Нейропротективное действие ГК-2 и его связь с активацией пути PI3K/Akt были выявлены ранее. На крысах с индуцирован ным стрептозотоцином диабетом типа 2 (стрептозотоциновая модель диабета (СТЗ)) иммуногистохими ческим методом показано, что СТЗ вызывает снижение числа β-клеток и нарушение их морфологической структуры. Введение животным с СТЗ в течение 28 дней ГК-2 в дозе 0.5 мг/кг внутрибрюшинно или 5 мг/кг перорально, а также препарата сравнения метформина в дозе 300 мг/кг перорально уменьшало поврежда ющее действие СТЗ. Эффекты ГК-2 и метформина на такие функциональные проявления СТЗ, как гипер гликемия, потеря массы тела, полифагия, полидипсия, оказались сопоставимыми, а по цитопротективной активности ГК-2 несколько превосходил метформин. Выявлена выраженная корреляция между морфоме трическими показателями и уровнем глюкозы в крови. Предполагается, что цитопротективное действие ГК-2 на β-клетки осуществляется через путь PI3K/Akt.
Структура FAB-фрагментов антител к фуллерену C60: структурные детерминанты связывания фуллерена
Аннотация
Структура Fab-фрагментов антител к фуллерену C60 (FabC60) решена методом рентгеноструктур ного анализа. Виртуальный докинг C60 в антигенсвязывающем кармане FabC60 показал, что связывание C60 с FabC60 обеспечивается энтальпийными и энтропийными факторами: π-π-стэкинг-взаимодействиями с ароматическими остатками антигенсвязывающего кармана и снижением площади доступной раствори телю гидрофобной поверхности C60. Фрагмент подвижной петли CDR H3, локализованный на поверхности FabC60, затрудняет доступ C60 в антигенсвязывающий центр, что может объяснять пониженную аффинность антител к С60. Структура FabC60 депонирована в Protein Data Bank с pdbid 6H3H.
Адаптация вируса болезни Ньюкасла к клеточным линиям с целью повышения онколитических свойств
Аннотация
Настоящая работа посвящена адаптации природных штаммов вируса болезни Ньюкасла, выде ленных от диких птиц, на опухолевых клетках человека. Большинство потенциальных онколитических вирусов относится к патогенным для человека видам. При манипуляции с генетическим материалом всегда есть риск получить вирус с нестабильным геномом. Решением может быть применение в качестве онколитических агентов природных апатогенных для человека вирусов. Вирус болезни Ньюкасла - возбудитель контагиозных заболеваний птиц, природные штаммы которого проявляют противоопухолевое действие и считаются безопасными для человека. Как показано в ряде работ, онколитические свойства природных штаммов можно повысить в процессе адаптации к культурам клеточных линий без вмешательства в геном вируса. В данной работе показано, что последовательные пассажи позволяют повысить инфекционный титр вируса на раковых клетках и привести к снижению жизнеспособности опухолевых клеток после ин фицирования штаммом, адаптированным на этих клеточных линиях. Полученные результаты дополняют известные данные о процессе адаптации вируса болезни Ньюкасла к опухолевым клеткам человека. Таким образом, при адаптации вируса болезни Ньюкасла можно получить штамм с более выраженным онколи тическим потенциалом, что необходимо учитывать при выборе стратегии разработки противоопухолевых препаратов на основе этого вируса.
CASBench: эталонный набор белков с аннотированными каталитическим и аллостерическим сайтами в их структурах
Аннотация
В последние годы все большее внимание уделяется явлению аллостерии. Это обусловлено как фундаментальным интересом к поиску новых путей регуляции функциональных свойств белков, так и перспективами использования аллостерических сайтов в качестве мишеней для дизайна лекарствен ных препаратов с меньшей токсичностью за счет большей селективности связывания и специфичности ме ханизма действия. Современные методы биоинформатики позволяют в отдельных случаях обнаруживать ранее неизвестные центры связывания лигандов, однако для создания более универсальных и эффектив ных подходов необходимо дальнейшее изучение общих закономерностей и отличительных особенностей структурной организации функциональных (каталитических) и аллостерических сайтов, эволюции их аминокислотных последовательностей в семействах гомологичных белков, а также путей аллостерической коммуникации. Эталонный набор CASBench содержит 91 запись о ферментах, в структурах которых на основании экспериментальной информации из баз данных ASD, CSA и PDB аннотированы как катали тические, так и аллостерические сайты. Полученная выборка может быть использована для оценки эф фективности существующих методов и разработки/обучения перспективных алгоритмов поиска новых каталитических и регуляторных сайтов в структурах белков, а также для изучения механизмов аллостерии на большой выборке ферментов. Установление взаимосвязи между структурой, функцией и регуляцией должно улучшить наше понимание механизмов действия ферментов и предоставить новые возможности для создания новых лекарств и дизайна более эффективных биокатализаторов. Работать с CASBench мож но офлайн на локальном компьютере или онлайн с использованием встроенных интерактивных инструмен тов по адресу https://biokinet.belozersky.msu.ru/casbench.
Mauritian Endemic Medicinal Plant Extracts Induce G2/M Phase Cell Cycle Arrest and Growth Inhibition of Oesophageal Squamous Cell Carcinoma in Vitro
Аннотация
Terrestrial plants have contributed massively to the development of modern oncologic drugs. Despite the wide acceptance of Mauritian endemic flowering plants in traditional medicine, scientific evidence of their chemotherapeutic potential is lacking. This study aimed to evaluate the in vitro tumor cytotoxicity of leaf extracts from five Mauritian endemic medicinal plants, namely Acalypha integrifolia Willd (Euphorbiaceae), Labourdonnaisia glauca Bojer (Sapotaceae), Dombeya acutangula Cav. subsp. rosea Friedmann (Malvaceae), Gaertnera psychotrioides (DC.) Baker (Rubiaceae), and Eugenia tinifolia Lam (Myrtaceae). The cytotoxicities of the extracts were determined against six human cancer cell lines, including cervical adenocarcinoma, colorectal carcinoma, oesophageal adenocarcinoma, and oesophageal squamous cell carcinoma. The potent extracts were further investigated using cell cycle analysis and reverse phase protein array (RPPA) analysis. The antioxidant properties and polyphenolic profile of the potent extracts were also evaluated. Gas chromatography mass spectrometry (GC-MS) analyses revealed the presence of (+)-catechin and gallocatechin in E. tinifolia and L. glauca, while gallic acid was detected in A. integrifolia. L. glauca, A. integrifolia, and E. tinifolia were highly selective towards human oesophageal squamous cell carcinoma (KYSE-30) cells. L. glauca and E. tinifolia arrested KYSE- 30 cells in the G2/M phase, in a concentration-dependent manner. RPPA analysis indicated that the extracts may partly exert their tumor growth-inhibitory activity by upregulating the intracellular level of 5′AMP-activated kinase (AMPK). The findings highlight the potent antiproliferative activity of three Mauritian endemic leaf extracts against oesophageal squamous cell carcinoma and calls for further investigation into their chemotherapeutic application.