Транскриптом Mycobacterium tuberculosis при заражении мышей с разной генетической чувствительностью к инфекции
- Авторы: Скворцов T.A.1, Игнатов Д.В.1, Майоров K.Б.2, Апт A.С.2, Ажикина T.Л.1
-
Учреждения:
- Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
- Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза РАМН
- Выпуск: Том 5, № 2 (2013)
- Страницы: 62-69
- Раздел: Экспериментальные статьи
- Дата подачи: 17.01.2020
- Дата публикации: 15.06.2013
- URL: https://actanaturae.ru/2075-8251/article/view/10600
- DOI: https://doi.org/10.32607/20758251-2013-5-2-62-69
- ID: 10600
Цитировать
Аннотация
Изучение экспрессии генов с помощью массированного секвенирования в настоящее время находит широкое применение в различных областях биологии, включая микробиологию. В данной работе приведены результаты анализа полногеномной экспрессии Mycobacterium tuberculosis при персистировании в тканях легкого инфицированного хозяина. Мышей двух линий с генетически различной чувствительностью к туберкулезу инфицировали патогенными бактериями M. tuberculosis. Библиотеки кДНК микобактерий, полученные из инфицированных тканей, были подвергнуты массированному секвенированию и сравнительному анализу. Установлено, что структура транскриптома M. tuberculosis при развитии инфекции указывает на активизацию липидного метаболизма, метаболизма аминокислот, переход к анаэробному дыханию, повышение экспрессии факторов модуляции иммунного ответа. Важный результат нашей работы – выделение 209 генов, уровень экспрессии которых повышался в ходе развития инфекционного процесса в организмах хозяев обеих линий – Commonly Upregulated Genes (CUG). Наибольший интерес представляют гены, относящиеся к функциональным категориям липидного метаболизма и клеточной стенки и клеточных процессов. Мы полагаем, что продукты этих генов необходимы M. tuberculosis для преодоления иммунного ответа организма хозяина и тем самым представляют потенциальные мишени для разработки лекарственных средств.
Ключевые слова
Об авторах
T. A. Скворцов
Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
Автор, ответственный за переписку.
Email: timofey@ibch.ru
Россия
Д. В. Игнатов
Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
Email: timofey@ibch.ru
Россия
K. Б. Майоров
Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза РАМН
Email: timofey@ibch.ru
Россия
A. С. Апт
Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза РАМН
Email: timofey@ibch.ru
Россия
T. Л. Ажикина
Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
Email: timofey@ibch.ru
Россия
Список литературы
- Cole S.T., Brosch R., Parkhill J., Garnier T., Churcher C., Harris D., Gordon S.V., Eiglmeier K., Gas S., Barry C.E. 3rd // Nature 1998, V.393, №6685, P.537-544
- Wilson M., DeRisi J., Kristensen H.H., Imboden P., Rane S., Brown P.O., Schoolnik G.K. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999, V.96, №22, P.12833-12838
- Butcher P.D. // Tuberculosis (Edinb.). 2004, V.84, №3-4, P.131-137
- Kendall S.L., Rison S.C., Movahedzadeh F., Frita R., Stoker N.G. // Trends Microbiol. 2004, V.12, №12, P.537-544
- Skvortsov T.A., Azhikina T.L. // Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 2010, V.36, №5, P.550-559
- Skvortsov T.A., Azhikina T.L. // ssian Journal of Bioorganic Chemistry. 2012, V.38, №4, P.391-405
- Ignatov D.V., Skvortsov T.A., Majorov K.B., Apt A.S., Azhikina T.L. // Acta Naturae 2010, V.2, №3, P.78-84
- Azhikina T.L., Skvortsov T.A., Radaeva T.V., Mardanov A.V., Ravin N.V., Apt A.S., Sverdlov E.D. // Biotechniques. 2010, V.48, №2, P.139-144
- Audic S., Claverie J.M. // Genome Res. 1997, V.7, №10, P.986-995
- Kondratieva E., Logunova N., Majorov K., Averbakh M., Apt A. // PLoS One 2010, V.5, №5, P.e10515
- Arnvig K., Young D. // RN A Biology 2012, V.9, №4, P.427-436
- Arnvig K.B., Comas I., Thomson N.R., Houghton J., Boshoff H.I., Croucher N.J., Rose G., Perkins T.T., Parkhill J., Dougan G. // PLoS Pathog. 2011, V.7, №11, P.e1002342
- Sassetti C.M., Boyd D.H., Rubin E.J. // Mol. Microbiol. 2003, V.48, №1, P.77-84
- Shi L., Sohaskey C.D., Kana B.D., Dawes S., North R.J., Mizrahi V., Gennaro M.L. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005, V.102, №43, P.15629-15634
- Stokes R.W., Waddell S.J. // Future Microbiol. 2009, V.4, №10, P.1317-1335
- Waddell S.J. // Drug Discov. Today: Dis. Mech. 2010, V.7, №1, P.e61-e73
- Karboul A., Mazza A., Gey van Pittius N.C., Ho J.L., Brousseau R., Mardassi H. // Journal of Bacteriology 2008, V.190, №23, P.7838-7846
- Hinchey J., Jeon B.Y., Alley H., Chen B., Goldberg M., Derrick S., Morris S., Jacobs W.R., Jr. I.O., Porcelli S.A., Lee S. // PLoS One 2011, V.6, №1, P.e15857
- Homolka S., Niemann S., Russell D.G., Rohde K.H. // PLoS Pathog. 2010, V.6, №7, P.e1000988
- Ward S.K., Abomoelak B., Marcus S., Talaat A.M. // Front. Microbiol. 2010, V.1, P.121
- Raman K., Vashisht R., Chandra N. // Mol. BioSystems 2009, V.5, №12, P.1740-1751
- Raman K., Yeturu K., Chandra N. // BMC Systems Biol. 2008, V.2, №1, P.109
- Kalapanulak S. // High quality genome-scale metabolic network reconstruction of mycobacterium tuberculosis and comparison with human metabolic network: application for drug targets identification. Edinburgh: Univ. of Edinburgh 2009
- Nisa S.Y. // ParA: a novel target for anti-tubercular drug discovery // Wellington: Victoria Univ. of Wellington 2010
- Srivastava V., Jain A., Srivastava B.S., Srivastava R. // Tuberculosis 2008, V.88, №3, P.171-177
- Srivastava V., Rouanet C., Srivastava R., Ramalingam B., Locht C., Srivastava B.S. // Microbiology 2007, V.153, №3, P.659-666
- Boshoff H.I.M., Myers T.G., Copp B.R., McNeil M.R., Wilson M.A., Barry C.E. // J. Biol. Chem. 2004, V.279, №38, P.40174-4014
- Shi T., Fu T., Xie J. // Curr. Microbiology 2011, V.63, №5, P.470-476