Транскриптом Mycobacterium tuberculosis при заражении мышей с разной генетической чувствительностью к инфекции

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Изучение экспрессии генов с помощью массированного секвенирования в настоящее время находит широкое применение в различных областях биологии, включая микробиологию. В данной работе приведены результаты анализа полногеномной экспрессии Mycobacterium tuberculosis при персистировании в тканях легкого инфицированного хозяина. Мышей двух линий с генетически различной чувствительностью к туберкулезу инфицировали патогенными бактериями M. tuberculosis. Библиотеки кДНК микобактерий, полученные из инфицированных тканей, были подвергнуты массированному секвенированию и сравнительному анализу. Установлено, что структура транскриптома M. tuberculosis при развитии инфекции указывает на активизацию липидного метаболизма, метаболизма аминокислот, переход к анаэробному дыханию, повышение экспрессии факторов модуляции иммунного ответа. Важный результат нашей работы – выделение 209 генов, уровень экспрессии которых повышался в ходе развития инфекционного процесса в организмах хозяев обеих линий – Commonly Upregulated Genes (CUG). Наибольший интерес представляют гены, относящиеся к функциональным категориям липидного метаболизма и клеточной стенки и клеточных процессов. Мы полагаем, что продукты этих генов необходимы M. tuberculosis для преодоления иммунного ответа организма хозяина и тем самым представляют потенциальные мишени для разработки лекарственных средств.

Об авторах

T. A. Скворцов

Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: timofey@ibch.ru
Россия

Д. В. Игнатов

Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

Email: timofey@ibch.ru
Россия

K. Б. Майоров

Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза РАМН

Email: timofey@ibch.ru
Россия

A. С. Апт

Центральный научно-исследовательский институт туберкулеза РАМН

Email: timofey@ibch.ru
Россия

T. Л. Ажикина

Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

Email: timofey@ibch.ru
Россия

Список литературы

  1. Cole S.T., Brosch R., Parkhill J., Garnier T., Churcher C., Harris D., Gordon S.V., Eiglmeier K., Gas S., Barry C.E. 3rd // Nature 1998, V.393, №6685, P.537-544
  2. Wilson M., DeRisi J., Kristensen H.H., Imboden P., Rane S., Brown P.O., Schoolnik G.K. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999, V.96, №22, P.12833-12838
  3. Butcher P.D. // Tuberculosis (Edinb.). 2004, V.84, №3-4, P.131-137
  4. Kendall S.L., Rison S.C., Movahedzadeh F., Frita R., Stoker N.G. // Trends Microbiol. 2004, V.12, №12, P.537-544
  5. Skvortsov T.A., Azhikina T.L. // Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 2010, V.36, №5, P.550-559
  6. Skvortsov T.A., Azhikina T.L. // ssian Journal of Bioorganic Chemistry. 2012, V.38, №4, P.391-405
  7. Ignatov D.V., Skvortsov T.A., Majorov K.B., Apt A.S., Azhikina T.L. // Acta Naturae 2010, V.2, №3, P.78-84
  8. Azhikina T.L., Skvortsov T.A., Radaeva T.V., Mardanov A.V., Ravin N.V., Apt A.S., Sverdlov E.D. // Biotechniques. 2010, V.48, №2, P.139-144
  9. Audic S., Claverie J.M. // Genome Res. 1997, V.7, №10, P.986-995
  10. Kondratieva E., Logunova N., Majorov K., Averbakh M., Apt A. // PLoS One 2010, V.5, №5, P.e10515
  11. Arnvig K., Young D. // RN A Biology 2012, V.9, №4, P.427-436
  12. Arnvig K.B., Comas I., Thomson N.R., Houghton J., Boshoff H.I., Croucher N.J., Rose G., Perkins T.T., Parkhill J., Dougan G. // PLoS Pathog. 2011, V.7, №11, P.e1002342
  13. Sassetti C.M., Boyd D.H., Rubin E.J. // Mol. Microbiol. 2003, V.48, №1, P.77-84
  14. Shi L., Sohaskey C.D., Kana B.D., Dawes S., North R.J., Mizrahi V., Gennaro M.L. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005, V.102, №43, P.15629-15634
  15. Stokes R.W., Waddell S.J. // Future Microbiol. 2009, V.4, №10, P.1317-1335
  16. Waddell S.J. // Drug Discov. Today: Dis. Mech. 2010, V.7, №1, P.e61-e73
  17. Karboul A., Mazza A., Gey van Pittius N.C., Ho J.L., Brousseau R., Mardassi H. // Journal of Bacteriology 2008, V.190, №23, P.7838-7846
  18. Hinchey J., Jeon B.Y., Alley H., Chen B., Goldberg M., Derrick S., Morris S., Jacobs W.R., Jr. I.O., Porcelli S.A., Lee S. // PLoS One 2011, V.6, №1, P.e15857
  19. Homolka S., Niemann S., Russell D.G., Rohde K.H. // PLoS Pathog. 2010, V.6, №7, P.e1000988
  20. Ward S.K., Abomoelak B., Marcus S., Talaat A.M. // Front. Microbiol. 2010, V.1, P.121
  21. Raman K., Vashisht R., Chandra N. // Mol. BioSystems 2009, V.5, №12, P.1740-1751
  22. Raman K., Yeturu K., Chandra N. // BMC Systems Biol. 2008, V.2, №1, P.109
  23. Kalapanulak S. // High quality genome-scale metabolic network reconstruction of mycobacterium tuberculosis and comparison with human metabolic network: application for drug targets identification. Edinburgh: Univ. of Edinburgh 2009
  24. Nisa S.Y. // ParA: a novel target for anti-tubercular drug discovery // Wellington: Victoria Univ. of Wellington 2010
  25. Srivastava V., Jain A., Srivastava B.S., Srivastava R. // Tuberculosis 2008, V.88, №3, P.171-177
  26. Srivastava V., Rouanet C., Srivastava R., Ramalingam B., Locht C., Srivastava B.S. // Microbiology 2007, V.153, №3, P.659-666
  27. Boshoff H.I.M., Myers T.G., Copp B.R., McNeil M.R., Wilson M.A., Barry C.E. // J. Biol. Chem. 2004, V.279, №38, P.40174-4014
  28. Shi T., Fu T., Xie J. // Curr. Microbiology 2011, V.63, №5, P.470-476

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Скворцов T.A., Игнатов Д.В., Майоров K.Б., Апт A.С., Ажикина T.Л., 2013

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах