Том 16, № 3 (2024)
- Год: 2024
- Дата публикации: 12.11.2024
- Статей: 12
- URL: https://actanaturae.ru/2075-8251/issue/view/885
Обзоры
Эволюционные перспективы конвергенции человеческого и искусственного интеллекта
Аннотация
В этом аналитическом обзоре мы исследуем потенциальное влияние быстрого распространения инструментов искусственного интеллекта (ИИ) на биосферу и ноосферу, предполагая, что это может привести к трансформационному событию под названием «интеграция человека и ИИ». Утверждается, что эта интеграция может привести к появлению новых форм жизни, ассоциаций и иерархий, что приведет к конкурентным преимуществам и повышению сложности структурной организации как в биосфере, так и в ноосфере. Наша центральная предпосылка подчеркивает важность интеграции человека и ИИ как глобальной адаптивной реакции, имеющей решающее значение для выживания нашей цивилизации в условиях быстро меняющейся окружающей среды. Конвергенция может первоначально проявиться через симбиотические, эндосимбиотические или другие мутуалистические отношения, такие, как одомашнивание, в зависимости от скорости достижения системами ИИ автономии и развития инстинктов выживания, сходных с биологическими организмами. Мы исследуем потенциальные движущие силы этих сценариев, рассматривая этические и экзистенциальные проблемы, возникающие в результате преобразования биосферы и ноосферы под влиянием ИИ, а также потенциальные компромиссы. Кроме того, обсуждаются применение мер сложности и баланс между конкуренцией и сотрудничеством для лучшего понимания и навигации по этим трансформационным сценариям.
Экспериментальные статьи
Взаимодействие трансаминазы D-аминокислот из Haliscomenobacter hydrossis с 3-аминооксипропионовой кислотой: спектральный и структурный анализ
Аннотация
Пиридоксаль-5’-фосфат-зависимые ферменты занимают ключевое место в азотистом обмене. Среди многочисленных и специфических ингибиторов этих ферментов, включая и практически значимые, важное место отводится карбонильным соединениям, в том числе и О-замещенным гидроксиламинам, которые реагируют в активном центре ферментов с пиридоксаль-5’-фосфатом с образованием стабильных оксимов. Использование эфиров гидроксиламина, имитирующих строение боковых групп субстратов аминокислот, позволяет получать высокоэффективные и специфические ингибиторы соответствующих ферментов. В настоящей работе этот подход применили к изучению свойств трансаминазы D-аминокислот из бактерии Haliscomenobacter hydrossis. Структурный и спектральный анализ комплекса этой трансаминазы с 3-аминооксипропионовой кислотой позволил уточнить особенности организации и функционирования ее активного центра и один из механизмов ингибирования специфическим субстратом D-глутаминовой кислотой.
Специфичная активация экспрессии генов факторов роста в линии клеток человека Expi293F с помощью технологии CRISPR/Cas9-SAM приводит к повышению их пролиферации
Аннотация
Культивируемые линии клеток человека, широко применяемые в биотехнологии и фармакологии, нуждаются в питательных средах сложного состава, содержащих сигнальные белки – факторы роста. Мы опробовали новый подход, позволяющий снизить зависимость роста культивируемых линий клеток человека от экзогенных ростовых факторов. Этот подход основан на получении модифицированной линии клеток, в которой избирательно активирована экспрессия одного из собственных генов ростовых факторов – IGF-1, FGF-2, EIF3I. Модифицировали линию клеток Expi293F, вариант линии клеток HEK293 (клетки эмбриональной почки человека), широко используемый для получения рекомбинантных белков. Экспрессию генов выбранных ростовых факторов в этих клетках активировали с помощью технологии CRISPR/Cas9 с синергичными медиаторами активации – CRISPR/Cas9-SAM, что привело к увеличению экспрессии выбранных генов и продукции целевых белков. Модифицированные линии клеток, культивируемые в стандартных условиях, характеризуются повышенной пролиферацией. При совместном культивировании трех модифицированных линий наблюдается синергичный эффект. На наш взгляд, полученные результаты говорят о перспективности выбранного нами подхода получения модифицированных клеточных линий для использования в биотехнологии.
Корреляционные закономерности коэкспрессии микроРНК с таргетными мРНК – транскриптами при глиоме у пациентов с диким и мутированным типом генов изоцитратдегидрогеназы
Аннотация
Глиомы низкой степени злокачественности (ГНСЗ) подразделяют на два основных генетических фенотипа на основе наличия или отсутствия мутаций в генах IDH, кодирующих изоцитратдегидрогеназу. Известно, что мутационный фенотип IDH (IDHmut), в отличие от фенотипа дикого типа (IDHwt), характеризуется более положительным ответом на фармакологическое вмешательство и значительно большим временем дожития. В настоящем исследовании проведен анализ дифференциальной коэкспрессии 225000 пар микроРНК–мРНК на уровне корреляционных связей между уровнями микроРНК и их потенциальными мРНК-мишенями в группах IDHmut и IDHwt. Анализ ассоциативных связей отдельных представителей отобранных пар выявил, что в группе IDHwt повышен уровень мРНК генов ELN, ARL4C, C9orf64, PLAT, FKBP9, что характерно для агрессивного течения глиомы. Вместе с тем, уровень микроРНК-182, микроРНК-455 и микроРНК-891а, ассоциированных с негативным прогнозом при глиоме, в целом повышен в группе IDHmut. Обнаружена 21 пара микроРНК–мРНК с достоверными различиями в регуляции в образцах глиомы IDHwt и IDHmut, большая часть (16/21) которых имеет слабую или средней степени положительную корреляцию в образцах IDHmut и отрицательную корреляцию в образцах IDHwt. Таким образом, наши данные свидетельствуют, что образцы глиом из группы IDHmut с положительным прогнозом потенциально обладают в значительной степени менее выраженной способностью к микроРНК-опосредованной регуляции. Есть все основания предполагать, что подобные нарушения могут приводить к сниженной жизнеспособности опухоли и, как следствие, к повышенной способности организма сопротивляться распространению злокачественной трансформации клеток с этим генетическим фенотипом.
Имплантация канюли снижает выраженность эффекта бета-амилоида на уровень перекисных липидов и глутатиона в мозге мышей BALB/c
Аннотация
Болезнь Альцгеймера является наиболее распространенным нейродегенеративным заболеванием. Отсутствие эффективной терапии указывает на то, что механизмы развития этой патологии недостаточно изучены. Для исследования спорадической формы болезни Альцгеймера используется введение бета-амилоида (Аβ) в желудочки мозга животных с помощью шприца Гамильтона либо во время стереотаксической операции, либо через предварительно имплантированную канюлю. В данной работе исследовали влияние хронической имплантации канюли на выраженность эффектов Аβ на поведенческом, гистологическом и биохимическом уровнях. Показано, что локальное повреждение нервной ткани в результате канюлизации не влияет на поведение животных и параметры микроглии унилатерального гиппокампа через 2 недели после введения Аβ. Однако имплантация канюли значительно модифицирует некоторые биохимические маркеры окислительного стресса, возникающего в тканях мозга в ответ на введение Аβ. Так, наличие канюли уменьшает выраженность эффекта Аβ на уровень перекисных липидов и глутатиона – в 2 и 10 раз соответственно. Важно, что обнаруженные изменения носят хронический и системный характер, поскольку анализировали гомогенат всего контралатерального (по отношению к месту имплантации канюли) полушария и этот анализ проводили через 2 недели после имплантации. При этом канюлизация не влияет на текущую скорость продукции активных форм кислорода. Полученные данные указывают на то, что хроническая имплантация канюли в мозг экспериментальных животных значительно искажает некоторые параметры окислительного стресса в нервной ткани, широко используемые для оценки развития экспериментальной патологии альцгеймеровского типа.
Реконструкция реакции модификации лантибиотика андалусицина лантионинсинтетазой AncKC в гетерологической системе Escherichia coli
Аннотация
Возрастающая устойчивость микроорганизмов к антибиотикам требует поиска новых антимикробных средств. Пептиды, благодаря своей генетически кодируемой природе, являются перспективными кандидатами на роль новых антимикробных препаратов. Лантипептид андалусицин обладает выраженной антимикробной активностью против грамположительных бактерий, поэтому он может рассматриваться как перспективная матрица для создания ДНК-кодируемых библиотек лантибиотиков. Проведена реконструкция реакции модификации андалусицина лантионинсинтетазой III класса AncKC в гетерологической системе Escherichia сoli. Полученные результаты открывают возможности создания новых антимикробных агентов пептидной природы.
Перепрофилирование 5ˊ-нораристеромицина: ингибитор S-аденозил-L-гомоцистеингидролазы в качестве потенциального антилейкозного препарата
Аннотация
Установлено, что 5ˊ-нораристеромицин в виде рацемической смеси энантиомеров оказывает выраженный цитотоксический эффект на клетки лейкозов. IC50 5'-нораристеромицина составила: для клеток линий Jurkat – 7.3, K562 – 1.7, THP-1 – 3.7 мкМ соответственно. Изучение общей токсичности 5'-нораристеромицина проведено в опытах на белых мышах при однократном внутрижелудочном поступлении в организм, установлены токсикометрические параметры, изучена клиническая и патоморфологическая картина острой интоксикации. Показано, что ЛД50 вещества составляет 63.2 (52.7÷75.8), ЛД16 – 44.7, ЛД84 – 89.4 мг/кг; введение соединения в изученном диапазоне доз сопровождается системным поражением внутренних органов и тканей подопытных животных.
Представленность опухоль-инфильтрирующих В-клеток в злокачественных эпителиальных опухолях человека
Аннотация
Онкологические заболевания остаются актуальной проблемой глобального здравоохранения. В число ключевых факторов, влияющих на течение заболевания, входят тип злокачественного новообразования и развитие иммунного ответа пациента на опухоль. Важную роль в формировании противоопухолевого ответа играет степень инфильтрации опухоли лимфоцитами, которая коррелирует с благоприятным прогнозом терапии определенных нозологических форм рака. Мы проанализировали представленность опухоль-инфильтрирующих В-клеток (TIB) в солидных опухолях различной нозологии. Показана повышенная представленность TIB в образцах рака ободочной и сигмовидной кишки по сравнению с образцами рака слепой и прямой кишки, а также рака почки. Медианные значения и интерквартильные интервалы доли TIB составляли соответственно 11.5%, 4–20% при раке ободочной кишки, 6%, 3–11% – раке сигмовидной кишки, 2.7%, 0.7–3.7% – раке слепой кишки, 2.5%, 0.9–3.6% – раке прямой кишки, 1.4%, 1.0–2.3% – раке почки и 3.0%, 1.8–12% – раке легкого. В то же время не выявлено достоверных отличий в представленности TIB в образцах рака разной стадии. Полученные результаты представляют особый интерес, указывая на высокий потенциал исследования рака ободочной кишки для поиска потенциальных онкомаркеров, а также изучения противоопухолевого ответа к обнаруженным онкомаркерам. Таким образом, дальнейшее изучение разнообразия TIB в злокачественных опухолях ободочной кишки позволит расширить наши знания о патогенезе и клиническом течении заболевания и будет способствовать идентификации новых молекулярных мишеней для направленной противоопухолевой терапии.
Синтетические повреждения с флуоресцеинкарбамоильной группировкой как аналоги объемных повреждений, удаляемых системой эксцизионной репарации нуклеотидов. Сравнительное исследование свойств
Аннотация
Система эксцизионной репарации нуклеотидов млекопитающих (ЭРН) с широкой субстратной специфичностью удаляет из ДНК объемные повреждения. В работе системы ЭРН принимает участие более 30 белков. Большое число белков-участников, существование двух ветвей ЭРН (общегеномная репарация и репарация, ассоциированная с транскрипцией), необходимость в использовании протяженных ДНК-субстратов, а также объемные повреждения, индуцируемые в ДНК в ходе химиотерапии, направляют усилия исследователей в сторону поиска эффективных методов оценки активности ЭРН и модельных ДНК, имеющих выраженные субстратные свойства в реакции удаления повреждения. В данной работе проведено сравнительное исследование свойств модельных ДНК, содержащих объемные повреждения, одно из которых – N-[6-(5(6)-флуоресцеинилкарбамоил)гексаноил]-3-амино-1,2-пропандиол (nFluL), эффективно распознается и элиминируется из ДНК системой ЭРН; второе, N-[6-(5(6)-флуоресцеинилкарбамоил)]-3-амино-1,2-пропандиол (nFluS), ранее для создания субстратов системы ЭРН не использовали. Оценка эффективности специфической эксцизии этих повреждений белками ЭРН-компетентного клеточного экстракта, проведенная методом 3’-концевого мечения продуктов эксцизии, показала, что удаление nFluS происходит в 2 раза более эффективно. Результаты сравнительного анализа влияния nFluL и nFluS на геометрию и термостабильность ДНК-дуплексов, а также результаты спектрофотометрического и спектрофлуориметрического титрования nFluL- и nFluS-ДНК комплементарной цепью ДНК позволяют заключить, что отсутствие в структуре nFluS протяженного гибкого линкера меняет характер взаимодействия объемного флуоресцеинового фрагмента ненуклеозидного повреждения с азотистыми основаниями соседних звеньев дцДНК и ассоциировано с эффективным удалением этого синтетического аналога объемного повреждения из модельного ДНК-субстрата.
Изучение структуры компонентов системы поли(ADP-рибозил)ирования у грибов рода Fusarium и оценка динамики экспрессии ее ключевых генов
Аннотация
Одним из основных типов посттрансляционных модификаций является полиADP-рибозилирование, ключевую роль в котором играет поли(ADP-рибоза)полимераза (PARP). Этот фермент широко представлен у эукариотических организмов, однако сведения как о структуре, так и о функциональном значении PARP у представителей царства Грибы (Fungi) на сегодняшний день крайне ограничены. В настоящей работе проведен биоинформатический поиск гомологов PARP и его антагониста – PARG – у четырех штаммов фитопатогенных грибов рода Fusarium, структуры полных геномов которых аннотированы и депонированы в базах данных. Показано, что штаммы F. graminearum PH-1, F. proliferatum ET-1 и F. oxysporum Fo47 содержат по одному гомологу PARP и PARG. В то же время штамм F. oxysporum f. sp. lycopersici 4287 содержит четыре дополнительных белка, имеющих в своем составе каталитические домены PARP, отличающиеся по своей структуре от остальных найденных гомологов. Проведено секвенирование частичных последовательностей нуклеотидов, кодирующих каталитический домен гомолога PARP и PARG, у 11 штаммов 9 видов Fusarium, представленных во всероссийских коллекциях, оценены филогенетические характеристики исследуемых генов. В опытах с токсигенным штаммом F. graminearum показано усиление экспрессии гена, кодирующего гомолог PARP, при росте культуры в условиях, стимулирующих продукцию микотоксина ДОН, а также активизацию экспрессии PARG на более поздних стадиях роста, что косвенно свидетельствует об участии системы поли(ADP-рибозил)ирования в регуляции экспрессии генов, ответственных за биосинтез ДОН.
Особенности фосфорилирования бета-амилоида при болезни Альцгеймера
Аннотация
Характерным признаком прогрессии болезни Альцгеймера (БА) является накопление нейротоксичных агрегатов бета-амилоидных пептидов (Аβ). Посттрансляционные модификации (ПТМ) способствуют агрегации и увеличению цитотоксичности Aβ, при этом содержание специфических протеоформ Aβ повышено в сенильных бляшках пациентов с БА. Патофизиологические механизмы формирования агрегатов и роль протеоформ Аβ требуют детального изучения как для понимания роли конкретных процессов в инициации деградации нейронов, так и для поиска эффективных превентивных методов терапевтического воздействия. В представленной работе изучена динамика накопления фосфорилированной по серину-8 протеоформы Aβ (pSer8-Aβ) у мышей линии 5xFAD, использованных в качестве модели амилоидогенеза. Также изучены образцы Aβ из спинномозговой жидкости (СМЖ) и головного мозга человека. Методом Вестерн-блотинга с использованием антител 1E4E11 и 4G8 показали, что накопление pSer8-Aβ в мозге мышей 5xFAD начинается уже в 3-месячном возрасте и достигает максимума к 14–17 месяцам, что в целом сходно с динамикой накопления общего пула пептидов Аβ. Содержание pSer8-Aβ в СМЖ человека при БА может составлять порядка 1–10% от всего количества Aβ. Масс-спектрометрический анализ показал возможность фосфорилирования Aβ в тканях мозга по остаткам Ser8, Tyr10 и Ser26, а также фосфорилирования АРР по остатку Thr719. Полученные результаты подкрепляют предположение о вовлеченности фосфопротеоформ Aβ в развитие амилоидоза при БА.
Характеристика генома двух новых фагов Lactococcus lactis phage vL_296 и vL_20A
Аннотация
Производство ферментированных молочных продуктов основано на использовании заквасочных культур, которые сквашивают молоко с образованием продукта с определенной текстурой, ароматом и вкусом. Однако используемые в производстве молочнокислые бактерии подвержены инфицированию бактериофагами. Изучали геномы двух бактериофагов, выделенных из подсырной сыворотки при производстве сыров. Определили видовую принадлежность и литический спектр этих бактериофагов. Фаги vL_20А и vL_296, выделенные с использованием индикаторных культур лактококков, обладают уникальными литическими спектрами: только четыре бактерии-хозяина из 21 возможной выявленной у них общие. Геномы vL_20A и vL_296 состоят из линейной ДНК длиной 21909 и 22667 п.н. соответственно. Наиболее похожим на фаги vL_20A и vL_296 оказался Lactococcus phage bIL67 (ANI 93.3 и 92.6 соответственно). Анализ спейсеров CRISPR в геномах заквасочных культур не выявил среди них специфичных к фагам vL_20A и vL_296. Это исследование подчеркивает биоразнообразие фагов L. lactis, а также широкое присутствие фагов на молочных заводах и их вирулентность. Однако вирулентность фагов уравновешивается наличием в ряде заквасочных культур значительного количества штаммов бактерий, обладающих благодаря системе CRISPR-Cas различной чувствительностью к фагам.