Том 15, № 1 (2023)
- Год: 2023
- Дата публикации: 03.05.2023
- Статей: 12
- URL: https://actanaturae.ru/2075-8251/issue/view/879
Обзоры
Биомедицинские наносистемы для in vivo детоксикации: от пассивных систем доставки к функциональным наноустройствам и нанороботам
Аннотация
В обзоре рассматривается решение проблемы низкой эффективности нанотерапевтических препаратов путем создания альтернативных биомедицинских наносистем – роботизированных наноустройств, обладающих не только инкапсулирующими свойствами, но и способных выполнять различные биомедицинские функции, такие, как прецизионная хирургия, детектирование, визуализация и биозондирование, адресная доставка, а также нейтрализация эндогенных токсинов и ксенобиотиков. Наноустройства обеспечивают удаление токсикантов из биологических тканей с помощью как пустых, так и загруженных химическими веществами и/или ферментами наноносителей. Этот подход противоположен стратегии создания систем доставки, сосредоточенной на инкапсулировании лекарств и их обязательному высвобождению под действием внешних факторов. В обзоре представлен широкий спектр наноустройств, предназначенных для детоксикации, а именно, по виду отравлений и методам их лечения (неспецифические антидоты, нанодиализные системы), типу материала и токсикантов. Заключительная часть обзора посвящена зарождающейся области исследований – ферментным наносистемам, обеспечивающим быструю и эффективную нейтрализацию токсинов in vivo.
Экспериментальные статьи
Профилирование B-лимфоцитов пациентов с аутоиммунной пузырчаткой
Аннотация
Аутоиммунная пузырчатка – тяжелое социально значимое заболевание, обусловленное появлением антител к десмоглеину 3-го типа. Пузырчатка встречается преимущественно у пациентов старше 18 лет, а летальность при этом заболевании может достигать 50% в зависимости от возраста пациента и ряда других факторов. На сегодняшний день отсутствует высокоселективная или персонализированная терапия пузырчатки. Одним из известных средств терапии пузырчатки является ритуксимаб – анти-CD20-антитело, которое приводит к истощению В-лимфоцитов в периферической крови. Для селективной элиминации B-лимфоцитов у пациентов с пузырчаткой целесообразно использовать специфические иммунолиганды, выбор которых основан на определении уровня аутоантител к различным фрагментам десмоглеина. В представленной работе установлено, что доля аутореактивных B-клеток у пациентов с диагностированной пузырчаткой составляет 0.09–0.16%, обнаружена положительная корреляция между уровнем антител к различным фрагментам десмоглеина и количеством аутореактивных B-клеток.
Оценка эффективности действия различных ингибиторов аутофагии на опухолевые стволовые клетки А549
Аннотация
Аутофагия – важная часть общего механизма, обеспечивающего внутриклеточный протеостаз, который определяет физиологические и фенотипические характеристики клеток. Многочисленными исследованиями установлено, что аутофагия играет центральную роль в поддержании жизнеспособности всех типов клеток, включая злокачественные. Опубликованы данные, показывающие, что аутофагия во многом поддерживает стволовые черты опухолевых клеток. Исходя из этого, модулирование аутофагии рассматривается как одна из перспективных фармакологических мишеней для элиминации опухолевых стволовых клеток в процессе терапии. Однако аутофагия представляет собой многостадийный внутриклеточный процесс, в котором участвуют многочисленные белки и который может параллельно активироваться различными сигнальными модулями. Все это затрудняет выбор эффективного фармакологического препарата для воздействия на аутофагию. По этой причине продолжается поиск препаратов, направленных на элиминацию опухолевых стволовых клеток с помощью фармакологического ингибирования аутофагии. В настоящей работе нами отобрана панель ингибиторов аутофагии (Autophinib, SBI-0206965, Siramesine, MRT68921, IITZ-01). Используя линию опухолевых клеток А549, способных экспрессировать коровые факторы стволовости Oct4 и Sox2, мы оценили воздействие этих препаратов на выживаемость и сохранение исходных свойств опухолевых стволовых клеток. Показано, что из выбранных препаратов только Autophinib обладает эффективным токсичным действием на опухолевые стволовые клетки. Согласно полученным результатам, ингибирование аутофагии посредством Autophinib приводит к снижению экспрессии белка Sox2 в клетках А549, что коррелирует со значительной индукцией апоптоза. Более того, обработанные Autophinib клетки А549 не способны к формированию сфероидов, что свидетельствует об ослаблении свойств стволовости. Таким образом, из числа исследованных препаратов только Autophinib может быть рассмотрен в качестве потенциального средства для элиминации раковых стволовых клеток.
Анализ генетической предрасположенности к наследственной каталепсии в мышиной модели нейропсихических заболеваний с использованием полногеномных данных
Аннотация
Каталепсия – это особое состояние организма, сопровождающее тяжелые нейропсихические патологии, включая шизофрению, депрессивные расстройства, болезнь Паркинсона. У некоторых линий мышей каталепсия может быть вызвана зажиманием кожи загривка. Ранее методом анализа сцепления участок 105–115 млн п.н. на хромосоме 13 был определен как главный локус наследственной щипковой каталепсии у мышей. С целью поиска вероятных генов-кандидатов каталепсии мы провели полногеномное секвенирование мышей из линий, склонных и устойчивых к щипковой каталепсии. Нами установлено, что главный локус каталепсии ограничен участком 103.92–106.16 млн п.н. Гомологичный локус в геноме человека расположен на хромосоме 5 и содержит генетические и эпигенетические маркеры, ассоциированные с шизофренией. Кроме того, нами выявлен миссенс-вариант в гене Nln у мышей из линий, склонных к каталепсии. Nln кодирует фермент нейролизин, участвующий в расщеплении нейротензина – пептида, индуцирующего эпилепсию у мышей. Полученные данные указывают на Nln как на наиболее вероятный ген-кандидат, связанный со щипковой каталепсией у мышей, и на общие механизмы развития каталепсии у мышей и нейропсихических патологий у человека.
Генетические варианты, ассоциированные с бронхиальной астмой, специфичные для населения РФ
Аннотация
Бронхиальная астма (БА) – хроническое заболевание, до сих пор не имеющее исчерпывающего протокола лечения. В связи с этим особое внимание привлекает поиск генетических предпосылок возникновения данного заболевания. Широкое распространение получило изучение ассоциаций генетических полиморфизмов ряда генов с бронхиальной астмой. В результате анализа литературы нами отобраны 167 генов, ассоциированных с развитием бронхиальной астмы. С целью биоинформатической проверки ассоциаций известных полиморфизмов генов с развитием бронхиальной астмы и поиска новых была сформирована группа из 7303 человек, добровольно предоставивших свой биоматериал (венозную кровь) для исследований. Эту группу разбили на две когорты, состоящие из лиц с бронхиальной астмой в анамнезе и условно здоровых доноров. Каждую когорту разделили в свою очередь в соответствии с их гендерной принадлежностью. В каждой когорте проанализировали полиморфные варианты отобранных генов и выявили те, встречаемость которых в разных когортах различалась статистически значимо (уровень значимости менее 0.0001). В ходе исследования обнаружено 11 полиморфизмов, влияющих на развитие БА: четыре генетических варианта (rs869106717, rs1461555098, rs189649077, rs1199362453), которые чаще встречаются у мужчин, болеющих бронхиальной астмой, чем у условно здоровых мужчин; пять генетических вариантов (rs1923038536, rs181066119, rs143247175, rs140597386, rs762042586), которые чаще встречаются у женщин с бронхиальной астмой в анамнезе, чем у условно здоровых женщин; два генетических варианта (rs1219244986, rs2291651), редко встречающихся у женщин с бронхиальной астмой в анамнезе.
Анализ участия NMDA-рецепторов в анальгезии и гипотермии, вызванной активацией ионных каналов TRPV1
Аннотация
Глутаматные рецепторы NMDA-подтипа играют важную роль в ноцицепции в норме и при патологии. На периферии они могут взаимодействовать с ионными каналами TRPV1, блокада которых приводит к снижению вызванной NMDA гипералгезии, а антагонисты NMDA-рецепторов подавляют болевую реакцию при введении капсаицина, агониста TRPV1. Ионные каналы TRPV1 и NMDA-рецепторы способны функционально взаимодействовать на периферии, поэтому интерес представляет изучение возможности их взаимодействия на уровне ЦНС, чему и посвящена данная работа. Установлено, что в тесте отдергивания хвоста у мышей, воспроизводящем спинальный флексорный рефлекс, капсаицин при однократном его подкожном введении в дозе 1 мг/кг повышает порог болевой чувствительности к тепловому раздражителю, что объясняется его способностью вызывать длительную десенситизацию ноцицепторов. Превентивно введенные неконкурентные антагонисты NMDA-рецепторов (высокоаффинный MK-801, 20 мкг/кг и 0.5 мг/кг подкожно; низкоаффинный гимантан, 40 мг/кг внутрибрюшинно), как и селективный антагонист TRPV1 BCTC (20 мг/кг внутрибрюшинно), препятствуют вызываемому капсаицином повышению порога болевой чувствительности. Введение капсаицина (однократно подкожно в дозе 1 мг/кг) приводит к кратковременной гипотермии у мышей, механизм которой объясняется запускаемыми гипоталамусом вегетативными реакциями. Этот эффект предупреждает введение BCTC, но не неконкурентных антагонистов NMDA-рецепторов.
RNAcontacts, вычислительный конвейер для предсказания РНК-РНК-контактов по данным конформационного секвенирования РНК in situ
Аннотация
Конформационное секвенирование (КС) РНК – группа молекулярных методов высокопроизводительного анализа пространственной сближенности РНК в живых клетках. Эти методы основаны на сшивке, фрагментации и последующем лигировании пространственно сближенных молекул. Чтения, получаемые в результате высокопроизводительного секвенирования, содержат два разных типа разрывов, один из которых образуется в результате сплайсинга, а второй – в результате лигирования. Нами разработан RNAcontacts – универсальный вычислительный конвейер для обнаружения контактов РНК–РНК в данных КС РНК. RNAcontacts решает задачу картирования последовательностей с двумя различными типами разрывов с помощью двухпроходного выравнивания. На первом проходе из контрольного эксперимента секвенирования РНК определяют экзон-экзонные соединения, которые затем передают картировщику на втором проходе как уже известные интроны. Этот подход позволяет с большей чувствительностью обнаруживать контакты РНК и обладает более высокой специфичностью в отношении интронов, присутствующих в биологическом образце, по сравнению с уже существующими методами. RNAcontacts в автоматическом режиме извлекает контакты, кластеризует точки лигирования, вычисляет поддержку чтениями и визуализирует результаты. Он реализован в воспроизводимой и масштабируемой системе управления рабочими процессами Snakemake, которая позволяет быстро и единообразно обрабатывать сразу несколько наборов данных. Разработанный вычислительный конвейер применим к любым данным КС, если одним из взаимодействующих партнеров является РНК. RNAcontacts доступен через репозиторий github по адресу https://github.com/smargasyuk/RNAcontacts/
Специфичность пенициллинацилаз в реакции снятия защитной группы в N-бензилоксикарбонильных производных аминокислот
Аннотация
Изменение структуры N-ацильной группы в производных аминокислот существенным образом влияет как на узнавание, так и на активность пенициллинацилаз в этом ряду субстратов. Тем не менее, как пенициллинацилаза из Alcaligenes faecalis, так и пенициллинацилаза из Escherichia coli способны снимать N-бензилоксикарбонильную защитную группу c производных аминокислот в мягких условиях без использования токсичных реагентов и могут быть использованы в органическом синтезе.
Связь концентрации кластеров-прекурсоров в насыщенном кристаллизационном растворе с дальним порядком при переходе к твердой фазе
Аннотация
Предложена модель перехода от разупорядоченного жидкого состояния к твердой фазе, основанная на установлении корреляции между концентрацией кластеров-прекурсоров в насыщенном растворе и особенностями образования твердой фазы. Справедливость модели проверена экспериментально путем параллельного исследования олигомерной структуры растворов белка лизоцима и особенностей образования твердой фазы из этих растворов. Показано, что в отсутствие в растворе кластеров-прекурсоров (октамеров) твердая фаза не образуется; при небольшой концентрации октамеров образуются совершенные монокристаллы; при увеличении степени пересыщения (и концентрации октамеров) наблюдается массовая кристаллизация; еще большее увеличение концентрации октамеров приводит к образованию аморфной фазы.
Генетическое программирование дрожжей для создания рекомбинантных агентов биоконтроля
Аннотация
Бактериальные инфекции, возбудители которых обладают множественной лекарственной устойчивостью, представляют серьезную проблему современной медицины, поэтому поиск и создание новых антибиотиков считаются одной из важнейших задач здравоохранения. Особый интерес вызывают антибиотики на основе антимикробных пептидов (АМП) ввиду своей генетически-кодируемой природы. Отдельным преимуществом большинства АМП является прямой механизм их действия, обусловленный мембранолитическими свойствами. Низкая скорость формирования антибиотикорезистентности, связанная с механизмом действия АМП, делает перспективными разработки в данной области. Рекомбинантные технологии позволяют получать генетически программируемые продуценты АМП для масштабной наработки рекомбинантных АМП (рАМП), а также направленного создания агентов биоконтроля. В данной работе метилотрофные дрожжи Pichia pastoris были генетически модифицированы для секретируемой продукции рАМП. Показано, что конститутивная экспрессия нуклеотидной последовательности, кодирующей зрелый АМП протегрин-1, позволяет получить штамм дрожжей, эффективно ингибирующий рост грамположительных и грамотрицательных бактерий-мишеней. Антимикробный эффект наблюдался также на уровне микрокультуры при коинкапсуляции дрожжевого продуцента и репортерной бактерии в каплях микрофлюидной двойной эмульсии. Полученные результаты показывают перспективность использования разработанной системы гетерологической продукции АМП для создания эффективных агентов биоконтроля, а также скрининга антимикробной активности с применением ультравысокопроизводительных технологий.
Характеристика человеческого моноклонального антитела C6D7-RBD, специфичного к рецепторсвязывающему домену S белка вируса SARS-CоV-2
Аннотация
Новая коронавирусная инфекция COVID-19 — это острое вирусное заболевание, поражающее преимущественно верхние дыхательные пути. Этиологическим агентом COVID-19 является РНК-содержащий вирус SARS-CоV-2 (сем. Coronaviridae, род Betacoronavirus, подрод. Sarbecovirus). Нами получено высокоаффинное человеческое моноклональное антитело с авторским названием C6D7-RBD, специфичное к рецепторсвязывающему домену (RBD) S белка вируса SARS-CоV-2 вариант Wuhan-Hu-1, обладающее вируснейтрализующей активностью в тесте с рекомбинантными антигенами: ангиотензинпревращающим ферментом 2 (АСЕ2) и RBD.
Искажение популяционной статистики как результат различных методических подходов к приготовлению геномных библиотек древней ДНК
Аннотация
На сегодняшний день существует несколько различных методов подготовки ДНК-библиотек для палеогенетических исследований. Однако химические реакции, лежащие в основе каждого из них, способны повлиять на нуклеотидную последовательность библиотек древней ДНК (дДНК) и внести изменения в результаты статистического анализа. Нами проведено сравнение результатов секвенирования библиотек дДНК образца эпохи бронзы из погребений кавказского могильника Клады. Библиотеки были приготовлены с применением трех различных подходов: метода дробовика (shotgun sequencing), отбора целевых районов генома и отбора целевых районов генома с предварительной обработкой ДНК смесью урацил-ДНК-гликозилазы (UDG) и эндонуклеазы VIII. Проанализировано влияние этих подходов на результаты вторичного статистического анализа данных, а именно F4-статистики, ADMIXTURE и метода главных компонент (PCA). Показано, что при приготовлении геномных библиотек без использования урацил-ДНК-гликозилазы возможно искажение результатов статистической обработки, связанное с посмертными химическими модификациями дДНК. Эти искажения можно нивелировать путем анализа только однонуклеотидных полиморфизмов генома, вызванных трансверсиями.