Том 9, № 1 (2017)
- Год: 2017
- Дата публикации: 15.03.2017
- Статей: 13
- URL: https://actanaturae.ru/2075-8251/issue/view/830
Обзоры
Основы дизайна химерных антигенных рецепторов
Аннотация
Химерные антигенные рецепторы представляют собой рекомбинантные трансмембранные молекулы, которые перенаправляют цитотоксические лимфоциты на клетки опухоли. Возможность сравнительно быстро получать опухоль-специфичные Т-клетки c химерными антигенными рецепторами для адоптивной иммунотерапии опухолей делает актуальным изучение структур, которые обеспечивают максимальную функциональность рецепторов in vivo. В обзоре приведена информация об основных элементах химерных антигенных рецепторов, а именно об антигенраспознающем модуле, шарнирной области, трансмембранном районе и сигнальных последовательностях. Обсуждается возможное влияние тех или иных участков химерных антигенных рецепторов на их активность in vitro и in vivo, рассмотрены также альтернативные варианты дизайна химерных антигенных рецепторов.
Протеомные подходы в изучении микобактерий
Аннотация
Физиология возбудителя туберкулеза Mycobacterium tuberculosis интенсивно изучается, однако накопленные к настоящему времени геномные и транскриптомные данные не позволяют в полной мере понять патогенный потенциал этих бактерий. В связи с этим актуальным представляется сравнительное изучение протеома микобактерий, отражающего закодированную в геноме информацию. В представленном обзоре рассмотрены основные этапы становления методов протеомного анализа, применяемых для изучения микобактерий, в аспекте повышения информативности и точности измерений. Описаны основные достижения в изучении протеома M. tuberculosis в целом. Отдельное внимание уделено наиболее распространенному на территории России семейству штаммов Beijing и особенностям его протеома. Принимая во внимание, что протеом описывает всю совокупность белков в клетке, рассмотрены также посттрансляционные модификации белков микобактерий.
Холестерин в патогенезе болезней Альцгеймера, Паркинсона и аутизме: связь с синаптической дисфункцией
Аннотация
Ранее мы описали метаболизм мозгового холестерина в норме и при ряде редких патологий нервной системы, вызванных дефектами генов, непосредственно вовлеченных в биосинтез и/или трафик холестерина. В представленном обзоре проведен анализ нарушений метаболизма холестерина при широко распространенных нейродегенеративных заболеваниях (болезнях Альцгеймера, Паркинсона) и расстройствах аутистического спектра. Особое внимание уделено дефектам синаптической передачи, возникновение которых может быть связано с изменением содержания холестерина в нейрональных мембранах и продукцией оксистеролов. Примечательно, что альтерации обмена мозгового холестерина, как и нейропередачи, происходят на очень ранних стадиях данных патологий, и полиморфизм генов, ассоциированных с метаболизмом холестерина или синаптической передачей, влияет на риск их развития и тяжесть. В модельных системах фармакологические и/или генетические вмешательства в гомеостаз мозгового холестерина зачастую имеют выраженные эффекты на протекание нейродегенеративных заболеваний. Таким образом, развитие болезней Альцгеймера, Паркинсона и расстройств аутистического спектра частично может быть связано с дисбалансом обмена холестерина в мозге, ведущего к изменениям содержания мембранного холестерина и оксистеролов, что, в свою очередь, влияет на ключевые этапы синаптической передачи.
Экспериментальные статьи
Сфероиды HER2-положительной аденокарциномы молочной железы человека как модель для тестирования противоопухолевых иммунотоксинов
Аннотация
Ответ опухоли на терапевтическое воздействие во многом определяется ее гетерогенностью и межклеточными контактами, которые затрудняют проникновение крупных молекул в глубь трехмерной структуры. В связи с этим все большее распространение получают трехмерные модели опухолей in vitro, такие, как сфероиды опухолевых клеток. Нами получены сфероиды аденокарциномы молочной железы человека SKBR-3, сверхэкспрессирующей онкомаркер HER2. Показано, что токсичность HER2-специфичного противоопухолевого иммунотоксина 4D5scFv-PE40 в отношении сфероидов на несколько порядков ниже, чем для монослойной культуры той же линии клеток. Существенную разницу в выраженности действия иммунотоксина можно объяснить его неэффективным проникновением в глубь сфероида и воздействием только на клетки внешних слоев. Полученная модель опухолевого сфероида может быть использована как при разработке препаратов для таргетной терапии, так и при исследовании путей повышения эффективности противоопухолевых агентов за счет направленного воздействия на межклеточные контакты.
Построение полноатомной модели L,D-транспептидазы 2 из Mycobacterium tuberculosis для скрининга новых ингибиторов
Аннотация
L,D-транспептидаза 2-го типа из Mycobacterium tuberculosis играет ключевую роль в формировании неклассических 3-3 поперечных сшивок пептидогликана в клеточной стенке патогена, обуславливая его устойчивость к широкому спектру антибиотиков пенициллинового ряда. Впервые проведенное исследование взаимодействия фермента с тетрапептидным фрагментом пептидогликана клеточной стенки при помощи методов молекулярного моделирования позволило выявить особенности связывания N- и C-концевых фрагментов растущей цепи пептидогликана этим ферментом при образовании 3-3 поперечных сшивок и построить полноатомную модель LdtMt2 для скрининга и оптимизации структуры ингибиторов.
Пептид пролил-глицил-пролин (PGP) препятствует повышению проницаемости кровеносных сосудов при воспалении
Аннотация
Изучено влияние трипептида пролил-глицил-пролина (PGP) на проницаемость кровеносных сосудов крыс в условиях воспаления. Установлено, что пептид уменьшает отек лапы крыс, вызванный подкожным введением гистамина, в той же степени, что и классический противовоспалительный препарат диклофенак. Однако определение относительного уровня экспрессии гена cox-2 в очаге воспаления с помощью ПЦР в реальном времени показало, что, в отличие от диклофенака, PGP не влиял на экспрессию гена cox-2. Это свидетельствует о различии механизмов их действия. На экспериментальной модели острого перитонита, вызванного внутрибрюшинной инъекцией тиогликолата, показано, что воспалительная реакция сопровождается повышением проницаемости сосудов в тканях желудка и тонкого кишечника. Предварительное (за 30 мин до индукции воспаления) введение PGP предотвращало это повышение, вследствие чего проницаемость сосудов, объем экссудата в перитонеальной полости и количество красителя Evans Blue в нем оставались на уровне контрольных значений. Таким образом, полученные нами результаты свидетельствуют, что в основе противовоспалительного действия PGP лежит его способность предотвращать повышение проницаемости кровеносных сосудов.
Внутриопухолевая морфологическая гетерогенность рака молочной железы как фактор, отражающий метастатический потенциал и чувствительность опухоли к химиотерапии
Аннотация
Рак молочной железы (РМЖ) характеризуется значительной внутриопухолевой морфологической гетерогенностью. Изучена взаимосвязь между различными морфологическими структурами, частотой метастазирования и эффективностью неоадъювантной химиотерапии (НАХТ) в группах больных РМЖ, получавших (n = 434) и не получавших (n = 249) НАХТ. Изучена также вовлеченность эпителиальномезенхимального перехода (ЭМП) в формирование внутриопухолевой морфологической гетерогенности РМЖ. Показана значительная ассоциация внутриопухолевой морфологической гетерогенности с риском метастазирования РМЖ и ответом на НАХТ, в большинстве случаев коррелирующая с вкладом альвеолярных и трабекулярных структур. В частности, повышенная частота лимфогенного метастазирования обнаружена в опухолях, содержащих альвеолярные или трабекулярные структуры, по сравнению с опухолями без данных структур. Наличие альвеолярных или трабекулярных структур связано с повышенной частотой гематогенного метастазирования и низкой безметастатической выживаемостью больных, получавших НАХТ. Более того, альвеолярные или трабекулярные структуры были ассоциированы с отсутствием ответа на НАХТ. Интересно, что корреляция между альвеолярными структурами и высокой вероятностью гематогенного метастазирования опухоли выявлена только у пациенток, устойчивых к НАХТ, тогда как ассоциация трабекулярных структур была справедлива только в случае РМЖ, чувствительного к химиотерапии. Альвеолярные структуры были ассоциированы с химиорезистентностью только в группе с лимфогенными метастазами, в то время как трабекулярные структуры, напротив - только в группе без лимфогенных метастазов. В целом, увеличение морфологического разнообразия опухоли коррелировало с повышением лекарственной устойчивости и частоты лимфогенного и гематогенного метастазирования РМЖ. Показана вариабельная экспрессия эпителиальных (EPCAM и CDH1) и мезенхимальных (ITGA5, ITGB5, CDH2, CDH11, TGFb2, ZEB1, MMP2, DCN, MST1R) маркеров и, тем самым, разная выраженность ЭМП в различных морфологических структурах. Таким образом, внутриопухолевую морфологическую гетерогенность РМЖ можно рассматривать как фактор, отражающий метастатический потенциал и чувствительность опухоли к химиотерапии.
Дифференцировка плюрипотентных клеток человека в мезодермальные и эктодермальные производные не зависит от типа репрограммированных изогенных соматических клеток
Аннотация
Индуцированные плюрипотентные стволовые клетки (иПСК) обладают способностью к неограниченной пролиферации и дифференцировке во все типы соматических клеток. Это делает их универсальным источником клеток для исследований и клинического применения. Однако процесс репрограммирования клеток того или иного типа, отбор клонов, проведение генетических манипуляций могут влиять на свойства как иПСК, так и получаемых из них дифференцированных производных. Для оценки этого влияния использована изогенная система линий иПСК, полученных методом репрограммирования из трех типов соматических клеток, дифференцированных из эмбриональных стволовых клеток человека. Показано, что технологические манипуляции in vitro, такие, как сортировка клеток и отбор клонов, не приводят к эффекту «бутылочного горлышка», а изогенные иПСК, полученные из различных соматических клеток, не отличаются по способности к дифференцировке в гемопоэтическом и нейральном направлениях. Таким образом, для использования иПСК в научных или практических целях не принципиально, из клеток какого типа получены полностью репрограммированные клетки.
Особенности ответов TRPV1-рецепторов при их активации протонами, капсаицином и их смесью при разных мембранных потенциалах
Аннотация
На культуре клеток CHO, трансфицированных плазмидами, кодирующими TRPV1-рецепторы, изучены ответы, вызываемые капсаицином и протонами в отдельности и при их совместной аппликации при разных значениях мембранного потенциала. Методом фиксации потенциала в конфигурации «целая клетка» показано, что вызванные капсаицином и протонами токи суммируются арифметически при потенциалах от 20 до -40 мВ. При потенциалах фиксации ниже -40 мВ наблюдается неаддитивность эффектов агонистов: суммарный ток, регистрируемый при совместной аппликации агонистов, существенно превышает сумму токов, возникающих при аппликации каждого из агонистов в отдельности. Такая потенциал-зависимая потенциация токов через TRPV1-каналы, по всей видимости, лежит в основе сенсибилизации TRPV1-рецепторов при воспалении и боли, когда растут концентрации провоспалительных медиаторов,являющихся агонистами данных рецепторов. Однако деполяризация мембраны, возникающая при активации TRPV1-рецепторов, ограничивает их последующий ответ, что может служить защитным механизмом, ограничивающим их активацию.
Второй активный центр в эндолитической трансгликозилазе gp144 бактериофага phiKZ
Аннотация
Литические трансгликозилазы - распространенный тип пептидогликанлизирующих ферментов, расщепляющих гетерополимеры клеточных стенок бактерий в процессе клеточного метаболизма или инфекции бактериофагом. Молекулярный механизм действия трансгликозилаз предполагает участие в активном центре фермента лишь одного аминокислотного остатка Glu или Asp. Эндолизин gp144 бактериофага phiKZ Pseudomonas aeruginosa принадлежит к группе грамотрицательных трансгликозилаз с модульным строением и С-концевым расположением каталитического домена. Предсказанную роль каталитического аминокислотного остатка в его структуре выполняет Glu115. Однако замена этого остатка не полностью удаляет активность мутантного белка. Направленный мутагенез выявил участие в каталитическом механизме Tyr197, а также второй активный центр с аминокислотными остатками Glu178 и Tyr147. Наличие дублирующего активного центра подтверждено методами компьютерного моделирования, молекулярной динамики конформационных изменений и изменения заряда поверхности и структуры при внесении точечных мутаций.
Поиск поврежденных участков ДНК метил-СpG-связывающим ферментом MBD4
Аннотация
Метил-СpG-связывающий фермент MBD4 инициирует процесс деметилирования ДНК, удаляя модифицированное азотистое основание и формируя апуриновые/апиримидиновые сайты в ДНК. MBD4 содержит два домена - метилцитозинсвязывающий, обеспечивающий локализацию фермента в CpG- доменах ДНК, и ДНК-гликозилазный, отвечающий за каталитическую активность. Изучены механизмы специфического узнавания сайтов деметилирования и образования каталитически активного комплекса между модельными ДНК-субстратами и каталитическим N-гликозилазным доменом MBD4cat. Методом остановленной струи в режиме реального времени по изменению интенсивности флуоресценции остатков триптофана в MBD4cat и флуорофоров в ДНК зарегистрированы конформационные переходы в белке и ДНК-субстратах в процессе их взаимодействия, установлен кинетический механизм и рассчитаны константы скорости образования и распада интермедиатов реакции. Используя дуплексы разной длины, показали, что образованию каталитически активного комплекса MBD4cat предшествует стадия первичного связывания с ДНК, на которой происходят поиск и узнавание модифицированного основания. Установлена природа взаимных конформационных перестроек в процессе взаимодействия ДНК-гликозилазы MBD4cat с ДНК, содержащей модифицированные нуклеотиды.
Краткие сообщения
Картирование в энхансере En1A Drosophila melanogaster модулей, обеспечивающих активацию транскрипции и дистанционное взаимодействие с промотором
Аннотация
Изучена структура нового энхансера En1A из района 1А Х-хромосомы Drosophila melanogaster. В составе En1A картированы элементы, один из которых отвечает за активацию транскрипции, а второй - за специфичное взаимодействие с промотором гена yellow. Полученные данные свидетельствуют в пользу предположения о модульном строении энхансеров, включающих отдельные последовательности, с которыми связываются активаторы транскрипции и особые коммуникаторные элементы, обеспечивающие дистанционные энхансер-промоторные взаимодействия.
Антиретровирусная активность нового производного пиримидил-ди(диазодиспироалкана)
Аннотация
Синтезирован 3,3’-(2-метил-5-нитропиримидин-4,6-диил)бис-3,12-диаза-6,9-диазониа-диспиро[5.2.5.2]гексадекан тетрахлорид дигидрохлорида, соединение, ингибирующее репликацию вирусов различных семейств, использующих гепарансульфатпротеогликаны для прикрепления к клетке хозяина. Это соединение показало высокую эффективность в отношении ряда штаммов ВИЧ.