Эпигенетика плюрипотентных клеток

Обложка
  • Авторы: Медведев С.П.1,2,3, Покушалов E.A.1,2,3, Закиян С.M.1,2,3
  • Учреждения:
    1. Институт цитологии и генетики СО РАН
    2. Новосибирский научно-исследовательский институт патологии кровообращения им. академика Е.Н. Мешалкина Минздравсоцразвития Российской Федерации
    3. Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН
  • Выпуск: Том 4, № 4 (2012)
  • Страницы: 28-46
  • Раздел: Обзоры
  • Дата подачи: 17.01.2020
  • Дата публикации: 15.12.2012
  • URL: https://actanaturae.ru/2075-8251/article/view/10610
  • DOI: https://doi.org/10.32607/20758251-2012-4-4-28-46
  • ID: 10610

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Плюрипотентность клеток поддерживается сложнейшей системой, включающей генетический и эпигенетический уровни. Исследования последних лет показывают, что генетический уровень, включающий транскрипционные факторы, сигнальные пути и микроРНК, тесно взаимодействует с системой ферментов и других специфических белков, участвующих в формировании структуры хроматина. Взаимодействие этих двух систем формирует уникальное состояние хроматина, существующее в плюрипотентных клетках. В представленном обзоре рассмотрены особенности эпигенетики эмбриональных стволовых и индуцированных плюрипотентных стволовых клеток. Особое внимание уделено взаимодействию транскрипционных факторов OCT4, SOX2 и NANOG с белками группы Polycomb и другими молекулами, участвующими в регуляции структуры хроматина. Обсуждено участие транскрипционных факторов системы поддержания плюрипотентности в процессе инактивации X-хромосомы. Рассмотрены также эпигенетические события, происходящие при репрограммировании соматических клеток к плюрипотентному состоянию, и проблемы, связанные с «эпигенетической памятью».

Об авторах

С. П. Медведев

Институт цитологии и генетики СО РАН; Новосибирский научно-исследовательский институт патологии кровообращения им. академика Е.Н. Мешалкина Минздравсоцразвития Российской Федерации; Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: zakian@bionet.nsc.ru
Россия

E. A. Покушалов

Институт цитологии и генетики СО РАН; Новосибирский научно-исследовательский институт патологии кровообращения им. академика Е.Н. Мешалкина Минздравсоцразвития Российской Федерации; Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: zakian@bionet.nsc.ru
Россия

С. M. Закиян

Институт цитологии и генетики СО РАН; Новосибирский научно-исследовательский институт патологии кровообращения им. академика Е.Н. Мешалкина Минздравсоцразвития Российской Федерации; Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: zakian@bionet.nsc.ru
Россия

Список литературы

  1. Boiani M., Scholer H.R. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005. V. 6. № 11. P. 872-884.
  2. Evans M.J., Kaufman M.H. // Nature. 1981. V. 292. № 5819. P. 154-156.
  3. Martin G.R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1981. V. 78. № 12. P. 7634-7638.
  4. Thomson J.A., Itskovitz-Eldor J., Shapiro S.S., Waknitz M.A., Swiergiel J.J., Marshall V.S., Jones J.M. // Science. 1998. V. 282. № 5391. P. 1145-1147.
  5. Cohen D.E., Melton D. // Nat. Rev Genet. 2011. V. 12. № 4. P. 243-252.
  6. Grskovic M., Javaherian A., Strulovici B., Daley G.Q. //Nat. Rev. Drug. Discov. 2011. V. 10. № 12. P. 915-929.
  7. Tiscornia G., Vivas E.L., Belmonte J.C. // Nat. Med. 2011. V. 17. № 12. P. 1570-1576.
  8. Boyer L.A., Lee T.I., Cole M.F., Johnstone S.E., Levine S.S., Zucker J.P., Guenther M.G., Kumar R.M., Murray H.L., Jenner R.G., et al. // Cell. 2005. V. 122. № 6. P. 947-956.
  9. Loh Y.H., Wu Q., Chew J.L., Vega V.B., Zhang W., Chen X., Bourque G., George J., Leong B., Liu J., et al. // Nat. Genet. 2006. V. 38. № 4. P. 431-440.
  10. Takahashi K., Yamanaka S. // Cell. 2006. V. 126. № 4. P. 663-676.
  11. Takahashi K., Tanabe K., Ohnuki M., Narita M., Ichisaka T., Tomoda K., Yamanaka S. // Cell. 2007. V. 131. № 5. P. 861-872.
  12. Yu J., Vodyanik M.A., Smuga-Otto K., Antosiewicz-Bourget J., Frane J.L., Tian S., Nie J., Jonsdottir G.A., Ruotti V., Stewart R., et al. // Science. 2007. V. 318. № 5858. P. 1917-1920.
  13. Maherali N., Hochedlinger K. // Cell Stem. Cell. 2008. V. 3. № 6. P. 595-605.
  14. Anokye-Danso F., Trivedi C.M., Juhr D., Gupta M., Cui Z., Tian Y., Zhang Y., Yang W., Gruber P.J., Epstein J.A., et al. // Cell Stem. Cell. 2011. V. 8. № 4. P. 376-388.
  15. Miyoshi N., Ishii H., Nagano H., Haraguchi N., Dewi D.L., Kano Y., Nishikawa S., Tanemura M., Mimori K., Tanaka F., et al. // Cell Stem. Cell. 2011. V. 8. № 6. P. 633-638.
  16. Aasen T., Raya A., Barrero M.J., Garreta E., Consiglio A., Gonzalez F., Vassena R., Bilic J., Pekarik V., Tiscornia G., et al. // Nat. Biotechnol. 2008. V. 26. № 11. P. 1276-1284.
  17. Utikal J., Maherali N., Kulalert W., Hochedlinger K. // J. Cell Sci. 2009. V. 122. Pt 19. P. 3502-3510.
  18. Huangfu D., Osafune K., Maehr R., Guo W., Eijkelenboom A., Chen S., Muhlestein W., Melton D.A. // Nat. Biotechnol. 2008. V. 26. № 11. P. 1269-1275.
  19. Loh Y.H., Hartung O., Li H., Guo C., Sahalie J.M., Manos P.D., Urbach A., Heffner G.C., Grskovic M., Vigneault F., et al. // Cell Stem. Cell. 2010. V. 7. № 1. P. 15-19.
  20. Medvedev S.P., Grigor'eva E.V., Shevchenko A.I., Malakhova A.A., Dementyeva E.V., Shilov A.A., Pokushalov E.A., Zaidman A.M., Aleksandrova M.A., Plotnikov E.Y., et al. // Stem. Cells Dev. 2011. V. 20. № 6. P. 1099-1112.
  21. Stadtfeld M., Brennand K., Hochedlinger K. // Curr Biol. 2008. V. 18. № 12. P. 890-894.
  22. Hanna J., Markoulaki S., Schorderet P., Carey B.W., Beard C., Wernig M., Creyghton M.P., Steine E.J., Cassady J.P., Foreman R., et al. // Cell. 2008. V. 133. № 2. P. 250-264.
  23. Maherali N., Ahfeldt T., Rigamonti A., Utikal J., Cowan C., Hochedlinger K. // Cell Stem. Cell. 2008. V. 3. № 3. P. 340-345.
  24. Yamanaka S. // Cell. 2009. V. 137. № 1. P. 13-17.
  25. Boland M.J., Hazen J.L., Nazor K.L., Rodriguez A.R., Gifford W., Martin G., Kupriyanov S., Baldwin K.K. // Nature. 2009. V. 461. № 7260. P. 91-94.
  26. Kang L., Wang J., Zhang Y., Kou Z., Gao S. // Cell Stem. Cell. 2009. V. 5. № 2. P. 135-138.
  27. Zhao X.Y., Li W., Lv Z., Liu L., Tong M., Hai T., Hao J., Guo C.L., Ma Q.W., Wang L., et al. // Nature. 2009. V. 461. № 7260. P. 86-90.
  28. Bernstein B.E., Mikkelsen T.S., Xie X., Kamal M., Huebert D.J., Cuff J., Fry B., Meissner A., Wernig M., Plath K., et al. // Cell. 2006. V. 125. № 2. P. 315-326.
  29. Azuara V., Perry P., Sauer S., Spivakov M., Jorgensen H.F., John R.M., Gouti M., Casanova M., Warnes G., Merkenschlager M., et al. // Nat. Cell Biol. 2006. V. 8. № 5. P. 532-538.
  30. Pan G., Tian S., Nie J., Yang C., Ruotti V., Wei H., Jonsdottir G.A., Stewart R., Thomson J.A. // Cell Stem. Cell. 2007. V. 1. № 3. P. 299-312.
  31. Zhao X.D., Han X., Chew J.L., Liu J., Chiu K.P., Choo A., Orlov Y.L., Sung W.K., Shahab A., Kuznetsov V.A., et al. // Cell Stem. Cell. 2007. V. 1. № 3. P. 286-298.
  32. Creyghton M.P., Markoulaki S., Levine S.S., Hanna J., Lodato M.A., Sha K., Young R.A., Jaenisch R., Boyer L.A. // Cell. 2008. V. 135. № 4. P. 649-661.
  33. Mikkelsen T.S., Ku M., Jaffe D.B., Issac B., Lieberman E., Giannoukos G., Alvarez P., Brockman W., Kim T.K., Koche R.P., et al. // Nature. 2007. V. 448. № 7153. P. 553-560.
  34. Mohn F., Weber M., Rebhan M., Roloff T.C., Richter J., Stadler M.B., Bibel M., Schubeler D. // Mol. Cell. 2008. V. 30. № 6. P. 755-766.
  35. Liang J., Wan M., Zhang Y., Gu P., Xin H., Jung S.Y., Qin J., Wong J., Cooney A.J., Liu D., et al. // Nat. Cell. Biol. 2008. V. 10. № 6. P. 731-739.
  36. Pardo M., Lang B., Yu L., Prosser H., Bradley A., Babu M.M., Choudhary J. // Cell Stem. Cell. 2010. V. 6. № 4. P. 382-395.
  37. Wang J., Rao S., Chu J., Shen X., Levasseur D.N., Theunissen T.W., Orkin S.H. // Nature. 2006. V. 444. № 7117. P. 364-368.
  38. van den Berg D.L., Snoek T., Mullin N.P., Yates A., Bezstarosti K., Demmers J., Chambers I., Poot R.A. // Cell Stem. Cell. 2010. V. 6. № 4. P. 369-381.
  39. Ringrose L. // Bioessays. 2006. V. 28. № 4. P. 330-334.
  40. Ringrose L. // Curr. Opin. Cell Biol. 2007. V. 19. № 3. P. 290-297.
  41. Hauenschild A., Ringrose L., Altmutter C., Paro R., Rehmsmeier M. // PLoS Biol. 2008. V. 6. № 10. P. e261.
  42. de Napoles M., Mermoud J.E., Wakao R., Tang Y.A., Endoh M., Appanah R., Nesterova T.B., Silva J., Otte A.P., Vidal M., et al. // Dev. Cell. 2004. V. 7. № 5. P. 663-676.
  43. Wang H., Wang L., Erdjument-Bromage H., Vidal M., Tempst P., Jones R.S., Zhang Y. // Nature. 2004. V. 431. № 7010. P. 873-878.
  44. Elderkin S., Maertens G.N., Endoh M., Mallery D.L., Morrice N., Koseki H., Peters G., Brockdorff N., Hiom K. // Mol. Cell. 2007. V. 28. № 1. P. 107-120.
  45. Voncken J.W., Roelen B.A., Roefs M., de Vries S., Verhoeven E., Marino S., Deschamps J., van Lohuizen M. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. № 5. P. 2468-2473.
  46. Lessard J., Sauvageau G. // Nature. 2003. V. 423. № 6937. P. 255-260.
  47. Park I.K., Qian D., Kiel M., Becker M.W., Pihalja M., Weissman I.L., Morrison S.J., Clarke M.F. // Nature. 2003. V. 423. № 6937. P. 302-305.
  48. Dovey J.S., Zacharek S.J., Kim C.F., Lees J.A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2008. V. 105. № 33. P. 11857-11862.
  49. Molofsky A.V., Pardal R., Iwashita T., Park I.K., Clarke M.F., Morrison S.J. // Nature. 2003. V. 425. № 6961. P. 962-967.
  50. Liu J., Cao L., Chen J., Song S., Lee I.H., Quijano C., Liu H., Keyvanfar K., Chen H., Cao L.Y., et al. // Nature. 2009. V. 459. № 7245. P. 387-392.
  51. Endoh M., Endo T.A., Endoh T., Fujimura Y., Ohara O., Toyoda T., Otte A.P., Okano M., Brockdorff N., Vidal M., et al. // Development. 2008. V. 135. № 8. P. 1513-1524.
  52. Morey L., Pascual G., Cozzuto L., Roma G., Wutz A., Benitah S.A., Di Croce L. // Cell Stem. Cell. 2012. V. 10. № 1. P. 47-62.
  53. O'Loghlen A., Munoz-Cabello A.M., Gaspar-Maia A., Wu H.A., Banito A., Kunowska N., Racek T., Pemberton H.N., Beolchi P., Lavial F., et al. // Cell Stem. Cell. 2012. V. 10. № 1. P. 33-46.
  54. Morey L., Helin K. // Trends Biochem. Sci. 2010. V. 35. № 6. P. 323-332.
  55. Camahort R., Cowan C.A. // Cell Stem. Cell. 2012. V. 10. № 1. P. 4-6.
  56. Pasini D., Bracken A.P., Hansen J.B., Capillo M., Helin K. // Mol. Cell Biol. 2007. V. 27. № 10. P. 3769-3779.
  57. Shumacher A., Faust C., Magnuson T. // Nature. 1996. V. 383. № 6597. P. 250-253.
  58. Faust C., Schumacher A., Holdener B., Magnuson T. // Development. 1995. V. 121. № 2. P. 273-285.
  59. Chamberlain S.J., Yee D., Magnuson T. // Stem. Cells. 2008. V. 26. № 6. P. 1496-1505.
  60. Shen X., Liu Y., Hsu Y.J., Fujiwara Y., Kim J., Mao X., Yuan G.C., Orkin S.H. // Mol. Cell. 2008. V. 32. № 4. P. 491-502.
  61. Peng J.C., Valouev A., Swigut T., Zhang J., Zhao Y., Sidow A., Wysocka J. // Cell. 2009. V. 139. № 7. P. 1290-1302.
  62. Shen X., Kim W., Fujiwara Y., Simon M.D., Liu Y., Mysliwiec M.R., Yuan G.C., Lee Y., Orkin S.H. // Cell. 2009. V. 139. № 7. P. 1303-1314.
  63. Pasini D., Cloos P.A., Walfridsson J., Olsson L., Bukowski J.P., Johansen J.V., Bak M., Tommerup N., Rappsilber J., Helin K. // Nature. 2010. V. 464. № 7286. P. 306-310.
  64. Zhang Z., Jones A., Sun C.W., Li C., Chang C.W., Joo H.Y., Dai Q., Mysliwiec M.R., Wu L.C., Guo Y., et al. // Stem. Cells. 2011. V. 29. № 2. P 229-240.
  65. Li G., Margueron R., Ku M., Chambon P., Bernstein B.E., Reinberg D. // Genes Dev. 2010. V. 24. № 4. P. 368-380.
  66. Landeira D., Sauer S., Poot R., Dvorkina M., Mazzarella L., Jorgensen H.F., Pereira C.F., Leleu M., Piccolo F.M., Spivakov M., et al. // Nat. Cell Biol. 2010. V. 12. № 6. P. 618-624.
  67. Zhang Z., Jones A., Sun C.W., Li C., Chang C.W., Joo H.Y., Dai Q., Mysliwiec M.R., Wu L.C., Guo Y., et al. // Stem. Cells. 2011. V. 29. № 2. P. 229-240.
  68. Landeira D., Fisher A.G. // Trends Cell Biol. 2011. V. 21. № 2. P. 74-80.
  69. Stock J.K., Giadrossi S., Casanova M., Brookes E., Vidal M., Koseki H., Brockdorff N., Fisher A.G., Pombo A. // Nat. Cell Biol. 2007. V. 9. № 12. P. 1428-1435.
  70. Guenther M.G., Levine S.S., Boyer L.A., Jaenisch R., Young R.A. // Cell. 2007. V. 130. № 1. P. 77-88.
  71. Boyer L.A., Plath K., Zeitlinger J., Brambrink T., Medeiros L.A., Lee T.I., Levine S.S., Wernig M., Tajonar A., Ray M.K., et al. // Nature. 2006. V. 441. № 7091. P. 349-353.
  72. Lee T.I., Jenner R.G., Boyer L.A., Guenther M.G., Levine S.S., Kumar R.M., Chevalier B., Johnstone S.E., Cole M.F., Isono K., et al. // Cell. 2006. V. 125. № 2. P. 301-313.
  73. Ringrose L., Paro R. // Annu Rev. Genet. 2004. V. 38. P. 413-443.
  74. Ang Y.S., Tsai S.Y., Lee D.F., Monk J., Su J., Ratnakumar K., Ding J., Ge Y., Darr H., Chang B., et al. // Cell. 2011. V. 145. № 2. P. 183-197.
  75. Dou Y., Milne T.A., Ruthenburg A.J., Lee S., Lee J.W., Verdine G.L., Allis C.D., Roeder R.G. // Nat. Struct. Mol. Biol. 2006. V. 13. № 8. P. 713-719.
  76. Cao F., Chen Y., Cierpicki T., Liu Y., Basrur V., Lei M., Dou Y. // PLoS One. 2010. V. 5. № 11. P. e14102.
  77. Pullirsch D., Hartel R., Kishimoto H., Leeb M., Steiner G., Wutz A. // Development. 2010. V. 137. № 6. P. 935-943.
  78. Wysocka J., Swigut T., Milne T.A., Dou Y., Zhang X., Burlingame A.L., Roeder R.G., Brivanlou A.H., Allis C.D. // Cell. 2005. V. 121. № 6. P. 859-872.
  79. Kim J.K., Huh S.O., Choi H., Lee K.S., Shin D., Lee C., Nam J.S., Kim H., Chung H., Lee H.W., et al. // Mol. Cell Biol. 2001. V. 21. № 22. P. 7787-7795.
  80. Wu J.I., Lessard J., Olave I.A., Qiu Z., Ghosh A., Graef I.A., Crabtree G.R. // Neuron. 2007. V. 56. № 1. P. 94-108.
  81. Wu J.I., Lessard J., Crabtree G.R. // Cell. 2009. V. 136. № 2. P. 200-206.
  82. Lessard J., Wu J.I., Ranish J.A., Wan M., Winslow M.M., Staahl B.T., Wu H., Aebersold R., Graef I.A., Crabtree G.R. // Neuron. 2007. V. 55. № 2. P. 201-215.
  83. Ho L., Jothi R., Ronan J.L., Cui K., Zhao K., Crabtree G.R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009. V. 106. № 13. P. 5187- 5191.
  84. Ho L., Ronan J.L., Wu J., Staahl B.T., Chen L., Kuo A., Lessard J., Nesvizhskii A.I., Ranish J., Crabtree G.R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009. V. 106. № 13. P. 5181-5186.
  85. Roberts C.W., Galusha S.A., McMenamin M.E., Fletcher C.D., Orkin S.H. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V. 97. № 25. P. 13796-13800.
  86. Bultman S.J., Gebuhr T.C., Pan H., Svoboda P., Schultz R.M., Magnuson T. // Genes Dev. 2006. V. 20. № 13. P. 1744-1754.
  87. Gao X., Tate P., Hu P., Tjian R., Skarnes W.C., Wang Z. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2008. V. 105. № 18. P. 6656-6661.
  88. Guidi C.J., Sands A.T., Zambrowicz B.P., Turner T.K., Demers D.A., Webster W., Smith T.W., Imbalzano A.N., Jones S.N. // Mol. Cell Biol. 2001. V. 21. № 10. P. 3598-3603.
  89. Fazzio T.G., Huff J.T., Panning B. // Cell. 2008. V. 134. № 1. P. 162-174.
  90. Schaniel C., Ang Y.S., Ratnakumar K., Cormier C., James T., Bernstein E., Lemischka I.R., Paddison P.J. // Stem. Cells. 2009. V. 27. № 12. P. 2979-2991.
  91. Seki Y., Kurisaki A., Watanabe-Susaki K., Nakajima Y., Nakanishi M., Arai Y., Shiota K., Sugino H., Asashima M. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010. V. 107. № 24. P. 10926-10931.
  92. Hu G., Kim J., Xu Q., Leng Y., Orkin S.H., Elledge S.J. // Genes Dev. 2009. V. 23. № 7. P. 837-848.
  93. Singhal N., Graumann J., Wu G., Arauzo-Bravo M.J., Han D.W., Greber B., Gentile L., Mann M., Scholer H.R. // Cell. 2010. V. 141. № 6. P. 943-955.
  94. He L., Liu H., Tang L. // Stem. Cell Rev. 2012. V. 8. № 1. P. 128-136.
  95. Matsuda T., Nakamura T., Nakao K., Arai T., Katsuki M., Heike T., Yokota T. // EMBO J. 1999. V. 18. № 15. P. 4261- 4269.
  96. Ho L., Miller E.L., Ronan J.L., Ho W.Q., Jothi R., Crabtree G.R. // Nat. Cell Biol. 2011. V. 13. № 8. P. 903-913.
  97. Denslow S.A., Wade P.A. // Oncogene. 2007. V. 26. № 37. P. 5433-5438.
  98. McDonel P., Costello I., Hendrich B. // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2009. V. 41. № 1. P. 108-116.
  99. Kaji K., Caballero I.M., MacLeod R., Nichols J., Wilson V.A., Hendrich B. // Nat. Cell Biol. 2006. V. 8. № 3. P. 285-292.
  100. Zhu D., Fang J., Li Y., Zhang J. // PLoS One. 2009. V. 4. № 11. P. e7684.
  101. Kaji K., Nichols J., Hendrich B. // Development. 2007. V. 134. № 6. P. 1123-1132.
  102. Reynolds N., Salmon-Divon M., Dvinge H., Hynes-Allen A., Balasooriya G., Leaford D., Behrens A., Bertone P., Hendrich B. // EMBO J. 2011. V. 31. № 3. P. 593-605.
  103. Yildirim O., Li R., Hung J.H., Chen P.B., Dong X., Ee L.S., Weng Z., Rando O.J., Fazzio T.G. // Cell. 2011. V. 147. № 7. P. 1498-1510.
  104. Bhutani N., Burns D.M., Blau H.M. // Cell. 2011. V. 146. № 6. P. 866-872.
  105. Tahiliani M., Koh K.P., Shen Y., Pastor W.A., Bandukwala H., Brudno Y., Agarwal S., Iyer L.M., Liu D.R., Aravind L., et al. // Science. 2009. V. 324. № 5929. P. 930-935.
  106. Ito S., D'Alessio A.C., Taranova O.V., Hong K., Sowers L.C., Zhang Y. // Nature. 2010. V. 466. № 7310. P. 1129-1133.
  107. Koh K.P., Yabuuchi A., Rao S., Huang Y., Cunniff K., Nardone J., Laiho A., Tahiliani M., Sommer C.A., Mostoslavsky G., et al. // Cell Stem. Cell. 2011. V. 8. № 2. P. 200-213.
  108. Inoue A., Zhang Y. // Science. 2011. V. 334. № 6053. P. 194.
  109. Iqbal K., Jin S.G., Pfeifer G.P., Szabo P.E. // Proc. Natl.Acad. Sci. USA. 2011. V. 108. № 9. P. 3642-3647.
  110. Ikura T., Ogryzko V.V., Grigoriev M., Groisman R., Wang J., Horikoshi M., Scully R., Qin J., Nakatani Y. // Cell. 2000. V. 102. № 4. P. 463-473.
  111. Cai Y., Jin J., Tomomori-Sato C., Sato S., Sorokina I., Parmely T.J., Conaway R.C., Conaway J.W. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. № 44. P. 42733-42736.
  112. Sapountzi V., Logan I.R., Robson C.N. // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2006. V. 38. № 9. P. 1496-1509.
  113. Squatrito M., Gorrini C., Amati B. // Trends Cell Biol. 2006. V. 16. № 9. P. 433-442.
  114. Herceg Z., Hulla W., Gell D., Cuenin C., Lleonart M., Jackson S., Wang Z.Q. // Nat. Genet. 2001. V. 29. № 2. P. 206-211.
  115. Gorrini C., Squatrito M., Luise C., Syed N., Perna D., Wark L., Martinato F., Sardella D., Verrecchia A., Bennett S., et al. // Nature. 2007. V. 448. № 7157. P. 1063-1067.
  116. Loh Y.H., Zhang W., Chen X., George J., Ng H.H. // Genes Dev. 2007. V. 21. № 20. P. 2545-2557.
  117. Chen X., Xu H., Yuan P., Fang F., Huss M., Vega V.B., Wong E., Orlov Y.L., Zhang W., Jiang J., et al. // Cell. 2008. V. 133. № 6. P. 1106-1117.
  118. Sims R.J., 3rd, Chen C.F., Santos-Rosa H., Kouzarides T., Patel S.S., Reinberg D. // J. Biol. Chem. 2005. V. 280. № 51. P. 41789-41792.
  119. Gaspar-Maia A., Alajem A., Polesso F., Sridharan R., Mason M.J., Heidersbach A., Ramalho-Santos J., McManus M.T., Plath K., Meshorer E., et al. // Nature. 2009. V. 460. № 7257. P. 863-868.
  120. Kooistra S.M., van den Boom V., Thummer R.P., Johannes F., Wardenaar R., Tesson B.M., Veenhoff L.M., Fusetti F., O'Neill L.P., Turner B.M., et al. // Stem. Cells. 2010. V. 28. № 10. P. 1703-1714.
  121. Nishimoto M., Fukushima A., Okuda A., Muramatsu M. // Mol. Cell Biol. 1999. V. 19. № 8. P. 5453-5465.
  122. Cedar H., Bergman Y. // Nat. Rev. Genet. 2009. V. 10. № 5. P. 295-304.
  123. Bestor T.H. // Hum. Mol. Genet. 2000. V. 9. № 16. P. 2395-2402.
  124. Li E., Bestor T.H., Jaenisch R. // Cell. 1992. V. 69. № 6. P. 915-926.
  125. Lippman Z., Gendrel A.V., Black M., Vaughn M.W., Dedhia N., McCombie W.R., Lavine K., Mittal V., May B., Kasschau K.D., et al. // Nature. 2004. V. 430. № 6998. P. 471-476.
  126. Okano M., Bell D.W., Haber D.A., Li E. // Cell. 1999. V. 99. № 3. P. 247-257.
  127. Reik W. // Nature. 2007. V. 447. № 7143. P. 425-432.
  128. Straussman R., Nejman D., Roberts D., Steinfeld I., Blum B., Benvenisty N., Simon I., Yakhini Z., Cedar H. // Nat. Struct. Mol. Biol. 2009. V. 16. № 5. P. 564-571.
  129. Fouse S.D., Shen Y., Pellegrini M., Cole S., Meissner A., van Neste L., Jaenisch R., Fan G. // Cell Stem. Cell. 2008. V. 2. № 2. P. 160-169.
  130. Hattori N., Nishino K., Ko Y.G., Ohgane J., Tanaka S., Shiota K. // J. Biol. Chem. 2004. V. 279. № 17. P. 17063-17069.
  131. Hattori N., Imao Y., Nishino K., Ohgane J., Yagi S., Tanaka S., Shiota K. // Genes Cells. 2007. V. 12. № 3. P. 387-396.
  132. Li J.Y., Pu M.T., Hirasawa R., Li B.Z., Huang Y.N., Zeng R., Jing N.H., Chen T., Li E., Sasaki H., et al. // Mol. Cell Biol. 2007. V. 27. № 24. P. 8748-8759.
  133. Li E., Beard C., Jaenisch R. // Nature. 1993. V. 366. № 6453. P. 362-365.
  134. Kaneda M., Okano M., Hata K., Sado T., Tsujimoto N., Li E., Sasaki H. // Nature. 2004. V. 429. № 6994. P. 900-903.
  135. Ueda Y., Okano M., Williams C., Chen T., Georgopoulos K., Li E. // Development. 2006. V. 133. № 6. P. 1183-1192.
  136. Tsumura A., Hayakawa T., Kumaki Y., Takebayashi S., Sakaue M., Matsuoka C., Shimotohno K., Ishikawa F., Li E., Ueda H.R., et al. // Genes Cells. 2006. V. 11. № 7. P. 805-814.
  137. Feldman N., Gerson A., Fang J., Li E., Zhang Y., Shinkai Y., Cedar H., Bergman Y. // Nat. Cell Biol. 2006. V. 8. № 2. P. 188-194.
  138. Bird A. // Genes Dev. 2002. V. 16. № 1. P. 6-21.
  139. Meissner A., Mikkelsen T.S., Gu H., Wernig M., Hanna J., Sivachenko A., Zhang X., Bernstein B.E., Nusbaum C., Jaffe D.B., et al. // Nature. 2008. V. 454. № 7205. P. 766-770.
  140. Thomson J.P., Skene P.J., Selfridge J., Clouaire T., Guy J., Webb S., Kerr A.R., Deaton A., Andrews R., James K.D., et al. // Nature. 2010. V. 464. № 7291. P. 1082-1086.
  141. Ooi S.K., Qiu C., Bernstein E., Li K., Jia D., Yang Z., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Lin S.P., Allis C.D., et al.// Nature. 2007. V. 448. № 7154. P. 714-717.
  142. Ramsahoye B.H., Biniszkiewicz D., Lyko F., Clark V., Bird A.P., Jaenisch R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V. 97. № 10. P. 5237-5242.
  143. Lister R., Pelizzola M., Dowen R.H., Hawkins R.D., Hon G., Tonti-Filippini J., Nery J.R., Lee L., Ye Z., Ngo Q.M., et al. // Nature. 2009. V. 462. № 7271. P. 315-322.
  144. Lister R., Pelizzola M., Kida Y.S., Hawkins R.D., Nery J.R., Hon G., Antosiewicz-Bourget J., O'Malley R., Castanon R., Klugman S., et al. // Nature. 2011. V. 471. № 7336. P. 68-73.
  145. Ziller M.J., Muller F., Liao J., Zhang Y., Gu H., Bock C., Boyle P., Epstein C.B., Bernstein B.E., Lengauer T., et al. // PLoS Genet. 2011. V. 7. № 12. P. e1002389.
  146. Mikkelsen T.S., Hanna J., Zhang X., Ku M., Wernig M., Schorderet P., Bernstein B.E., Jaenisch R., Lander E.S., Meissner A. // Nature. 2008. V. 454. № 7200. P. 49-55.
  147. Lagarkova M.A., Shutova M.V., Bogomazova A.N., Vassina E.M., Glazov E.A., Zhang P., Rizvanov A.A., Chestkov I.V., Kiselev S.L. // Cell Cycle. 2010. V. 9. № 5. P. 937-946.
  148. Okita K., Ichisaka T., Yamanaka S. // Nature. 2007. V. 448. № 7151. P. 313-317.
  149. Bhutani N., Brady J.J., Damian M., Sacco A., Corbel S.Y., Blau H.M. // Nature. 2010. V. 463. № 7284. P. 1042-1047.
  150. Shi Y., Desponts C., Do J.T., Hahm H.S., Scholer H.R., Ding S. // Cell Stem. Cell. 2008. V. 3. № 5. P. 568-574.
  151. Sado T., Wang Z., Sasaki H., Li E. // Development. 2001. V. 128. № 8. P. 1275-1286.
  152. Mak W., Nesterova T.B., de Napoles M., Appanah R., Yamanaka S., Otte A.P., Brockdorff N. // Science. 2004. V. 303. № 5658. P. 666-669.
  153. Okamoto I., Otte A.P., Allis C.D., Reinberg D., Heard E. // Science. 2004. V. 303. № 5658. P. 644-649.
  154. Chureau C., Prissette M., Bourdet A., Barbe V., Cattolico L., Jones L., Eggen A., Avner P., Duret L. // Genome Res. 2002. V. 12. № 6. P. 894-908.
  155. Brockdorff N., Ashworth A., Kay G.F., McCabe V.M., Norris D.P., Cooper P.J., Swift S., Rastan S. // Cell. 1992. V. 71. № 3. P. 515-526.
  156. Lee J.T., Davidow L.S., Warshawsky D. // Nat. Genet. 1999. V. 21. № 4. P. 400-404.
  157. Lee J.T., Lu N. // Cell. 1999. V. 99. № 1. P. 47-57.
  158. Silva S.S., Rowntree R.K., Mekhoubad S., Lee J.T. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2008. V. 105. № 12. P. 4820-4825.
  159. Maherali N., Sridharan R., Xie W., Utikal J., Eminli S., Arnold K., Stadtfeld M., Yachechko R., Tchieu J., Jaenisch R., et al. // Cell Stem. Cell. 2007. V. 1. № 1. P. 55-70.
  160. Tchieu J., Kuoy E., Chin M.H., Trinh H., Patterson M., Sherman S.P., Aimiuwu O., Lindgren A., Hakimian S., Zack J.A., et al. // Cell Stem. Cell. 2010. V. 7. № 3. P. 329-342.
  161. Lengner C.J., Gimelbrant A.A., Erwin J.A., Cheng A.W., Guenther M.G., Welstead G.G., Alagappan R., Frampton G.M., Xu P., Muffat J., et al. // Cell. 2010. V. 141. № 5. P. 872-883.
  162. Hanna J., Cheng A.W., Saha K., Kim J., Lengner C.J., Soldner F., Cassady J.P., Muffat J., Carey B.W., Jaenisch R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010. V. 107. № 20. P. 9222-9227.
  163. Navarro P., Chambers I., Karwacki-Neisius V., Chureau C., Morey C., Rougeulle C., Avner P. // Science. 2008. V. 321. № 5896. P. 1693-1695.
  164. Navarro P., Moffat M., Mullin N.P., Chambers I. // Hum. Genet. 2011. V. 130. № 2. P. 255-264.
  165. Barakat T.S., Gunhanlar N., Pardo C.G., Achame E.M., Ghazvini M., Boers R., Kenter A., Rentmeester E., Grootegoed J.A., Gribnau J. // PLoS Genet. 2011. V. 7. № 1. P. e1002001.
  166. Orkin S.H., Hochedlinger K. // Cell. 2011. V. 145. № 6. P. 835-850.
  167. Navarro P., Oldfield A., Legoupi J., Festuccia N., Dubois A., Attia M., Schoorlemmer J., Rougeulle C., Chambers I., Avner P. // Nature. 2010. V. 468. № 7322. P. 457-460.
  168. Donohoe M.E., Silva S.S., Pinter S.F., Xu N., Lee J.T. // Nature. 2009. V. 460. № 7251. P. 128-132.
  169. Tesar P.J., Chenoweth J.G., Brook F.A., Davies T.J., Evans E.P., Mack D.L., Gardner R.L., McKay R.D. // Nature. 2007. V. 448. № 7150. P. 196-199.
  170. Mattout A., Biran A., Meshorer E. // J. Mol. Cell Biol. 2011. V. 3. № 6. P. 341-350.
  171. Shi Y., Do J.T., Desponts C., Hahm H.S., Scholer H.R., Ding S. // Cell Stem. Cell. 2008. V. 2. № 6. P. 525-528.
  172. Huangfu D., Maehr R., Guo W., Eijkelenboom A., Snitow M., Chen A.E., Melton D.A. // Nat. Biotechnol. 2008. V. 26. № 7. P. 795-797.
  173. Mali P., Chou B.K., Yen J., Ye Z., Zou J., Dowey S., Brodsky R.A., Ohm J.E., Yu W., Baylin S.B., et al. // Stem. Cells. 2010. V. 28. № 4. P. 713-720.
  174. Wang T., Chen K., Zeng X., Yang J., Wu Y., Shi X., Qin B., Zeng L., Esteban M.A., Pan G., et al. // Cell Stem. Cell. 2011. V. 9. № 6. P. 575-587.
  175. Esteban M.A., Wang T., Qin B., Yang J., Qin D., Cai J., Li W., Weng Z., Chen J., Ni S., et al. // Cell Stem. Cell. 2010. V. 6. № 1. P. 71-79.
  176. Hong H., Takahashi K., Ichisaka T., Aoi T., Kanagawa O., Nakagawa M., Okita K., Yamanaka S. // Nature. 2009. V. 460. № 7259. P. 1132-1135.
  177. Kawamura T., Suzuki J., Wang Y.V., Menendez S., Morera L.B., Raya A., Wahl G.M., Belmonte J.C. // Nature. 2009. V. 460. № 7259. P. 1140-1144.
  178. Marion R.M., Strati K., Li H., Murga M., Blanco R., Ortega S., Fernandez-Capetillo O., Serrano M., Blasco M.A. // Nature. 2009. V. 460. № 7259. P. 1149-1153.
  179. Li H., Collado M., Villasante A., Strati K., Ortega S., Canamero M., Blasco M.A., Serrano M. // Nature. 2009. V. 460. № 7259. P. 1136-1139.
  180. Ruiz S., Panopoulos A.D., Herrerias A., Bissig K.D., Lutz M., Berggren W.T., Verma I.M., Izpisua Belmonte J.C. // Curr. Biol. 2011. V. 21. № 1. P. 45-52.
  181. Onder T.T., Kara N., Cherry A., Sinha A.U., Zhu N., Bernt K.M., Cahan P., Mancarci O.B., Unternaehrer J., Gupta P.B., et al. // Nature. 2012. V. 483. № 7391. P. 598-602.
  182. Guenther M.G., Frampton G.M., Soldner F., Hockemeyer D., Mitalipova M., Jaenisch R., Young R.A. // Cell Stem. Cell. 2010. V. 7. № 2. P. 249-257.
  183. Chin M.H., Mason M.J., Xie W., Volinia S., Singer M., Peterson C., Ambartsumyan G., Aimiuwu O., Richter L., Zhang J., et al. // Cell Stem. Cell. 2009. V. 5. № 1. P. 111-123.
  184. Newman A.M., Cooper J.B. // Cell Stem. Cell. 2010. V. 7. № 2. P. 258-262.
  185. Bock C., Kiskinis E., Verstappen G., Gu H., Boulting G., Smith Z.D., Ziller M., Croft G.F., Amoroso M.W., Oakley D.H., et al. // Cell. 2011. V. 144. № 3. P. 439-452.
  186. Nishino K., Toyoda M., Yamazaki-Inoue M., Fukawatase Y., Chikazawa E., Sakaguchi H., Akutsu H., Umezawa A. // PLoS Genet. 2011. V. 7. № 5. P. e1002085.
  187. Kim K., Doi A., Wen B., Ng K., Zhao R., Cahan P., Kim J., Aryee M.J., Ji H., Ehrlich L.I., et al. // Nature. 2010. V. 467. № 7313. P. 285-290.
  188. Bar-Nur O., Russ H.A., Efrat S., Benvenisty N. // Cell Stem. Cell. 2011. V. 9. № 1. P. 17-23.
  189. Stadtfeld M., Apostolou E., Akutsu H., Fukuda A., Follett P., Natesan S., Kono T., Shioda T., Hochedlinger K. // Nature. 2010. V. 465. № 7295. P. 175-181.
  190. Polo J.M., Liu S., Figueroa M.E., Kulalert W., Eminli S., Tan K.Y., Apostolou E., Stadtfeld M., Li Y., Shioda T., et al. // Nat. Biotechnol. 2010. V. 28. № 8. P. 848-855.
  191. Marchetto M.C., Yeo G.W., Kainohana O., Marsala M., Gage F.H., Muotri A.R. // PLoS One. 2009. V. 4. № 9. P. e7076.
  192. Hu Q., Friedrich A.M., Johnson L.V., Clegg D.O. // Stem. Cells. 2010. V. 28. № 11. P. 1981-1991.
  193. Kim K., Zhao R., Doi A., Ng K., Unternaehrer J., Cahan P., Hongguang H., Loh Y.H., Aryee M.J., Lensch M.W., et al. // Nat. Biotechnol. 2011. V. 29. № 12. P. 1117-1119.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Медведев С.П., Покушалов E.A., Закиян С.M., 2012

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах