Роль остатка Ala198 в стабильности и коферментной специфичности бактериальных формиатдегидрогеназ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Согласно данным рентгеноструктурного анализа, остаток Ala198, расположенный в коферментсвязывающем домене NAD+-зависимых формиатдегидрогеназ [КФ 1.2.1.2] (ФДГ) из бактерий Pseudomonas sp. 101 и Moraxella sp. C-1 (PseFDH и MorFDH соответственно), имеет неоптимальные значения углов ψ и φ. Методом направленного мутагенеза этот остаток был заменен на остаток Gly. Мутантные PseFDH A198G и MorFDH A198G экспрессировали в клетках Escherichia coli и получили в высокоочищенном (> 95% чистоты) виде. Исследование кинетики термоинактивации показало, что PseFDH A198G и MorFDH A198G в 2.5 раза более стабильны, чем соответствующие ферменты дикого типа. Анализ кинетических свойств свидетельствует, что введение замены A198G в PseFDH и MorFDH приводит к уменьшению величины Км по NAD+ с 60 до 35 и с 80 до 45 мкМ соответственно, в то время как величина Км по формиату остается неизменной. Замена A198G была введена также в мутантную PseFDH D221S, коферментная специфичность которой была изменена от NAD+ к NADP+. В этом случае также наблюдалось увеличение термостабильности, однако эффект на кинетические параметры был противоположным – константа Михаэлиса по NADP+ увеличилась с 190 до 280 мкМ, а по формиату возросла с 43 до 89 мМ. Полученные данные позволяют с высокой вероятностью предположить, что ФДГ из бактерий Pseudomonas sp. 101 ранее была NADP+-, а не NAD+-зависимым ферментом.

Об авторах

A. A. Алексеева

Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН; ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»

Автор, ответственный за переписку.
Email: vitishkov@gmail.com
Россия

В. В. Федорчук

ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: vitishkov@gmail.com
Россия

С. A. Зарубина

ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: vitishkov@gmail.com
Россия

E. Г. Садыхов

Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН

Email: vitishkov@gmail.com
Россия

A. Д. Маторин

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: vitishkov@gmail.com
Россия

С. С. Савин

Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН; ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: vitishkov@gmail.com
Россия

В. И. Тишков

Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН; ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: vitishkov@gmail.com
Россия

Список литературы

  1. Wierenga R.W., Hol W.G.J. // Nature 1983, V.302, №5911, P.842-844
  2. Lamzin V.S., Dauter Z., Popov V.O., Harutyunyan E.H., Wilson K.S. // J. Mol. Biol. 1994, V.236, №3, P.759-785
  3. Filippova E.V., Polyakov K.M., Tikhonova T.V., Stekhanova T.N., Boiko K.M., Sadykhov E.G., Tishkov V.I., Popov I.O., V.O. I.O., Labrou I.O., N. I.O. // Crystallography Reports. 2006, V.51, №4, P.627-631
  4. Shabalin I.G., Filippova E.V., Polyakov K.M., Sadykhov E.G., Safonova T.N., Tikhonova T.V., Tishkov V.I., Popov V.O. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2009, V.65, №12, P.1315-1325
  5. Shabalin I.G., Polyakov K.M., Tishkov V.I., Popov V.O. // Acta Naturae. 2009, V.1, №3, P.89-93
  6. Matorin A.D. // Mechanism of substrate and coenzyme specificity of bacterial formate dehydrogenase. // Ph.D. Thesis. M.V.Lomonosov Moscow State University, Moscow, 2000, 2000
  7. Alekseeva A.A., Dolina I.A., Zarubina S.A., Matorin A.D., Sadykhov E.G., Savin S.S., Tishkov V.I. // Biochimie. 2015. submitted for publication. 2015
  8. Rojkova A.M., Galkin A.G., Kulakova L.B., Serov A.E., Savitsky P.A., Fedorchuk V.V., Tishkov V.I. // FEBS Lett. 1999, V.445, №1, P.183-188
  9. Rao S.T., Rossmann M.G. // J. Mol. Biol. 1973, V.76, №2, P.241-256
  10. Lesk A.M. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, V.5, №6, P.775-783
  11. Tishkov V.I., Popov V.O. // Biomol. Eng. 2006, V.23, №1, P.89-110
  12. Cornish-Bowden A. // Fundamentals of Enzyme Kinetics. 4th Ed. Wiley-Blackwell, 2012. 2012
  13. Serov A.E., Odintzeva E.R., Uporov I.V., Tishkov V.I. // Biochemistry (Moscow). 2005, V.70, №4, P.804-808
  14. Tishkov V.I., Popov V.O. // Biochemistry (Moscow). 2004, V.69, №11, P.1252-1267
  15. Hatrongjit R., Packdibamrung K. // Enz. Microbial Technol. 2010, V.46, №7, P.557-561
  16. Gul-Karaguler N., Sessions R.B., Clarke A.R., Holbrook J.J. // Biotechnol. Lett. 2001, V.23, №4, P.283-287
  17. Andreadeli A., Platis D., Tishkov V., Popov V., Labrou N.E. // FEBS J. 2008, V.275, №15, P.3859-3869
  18. Serov A.E., Popova A.S., Fedorchuk V.V., Tishkov V.I. // Biochem. J. 2002, V.367, №3, P.841-847
  19. Tishkov V.I., Galkin A.G., Egorov A.M. // Biochimie. 1989, V.71, №4, P.551-557
  20. Serov A.E., Popova A.S., Tishkov V.I. // Dokl. Biochem. Biophys. 2002, V.382, №1-3, P.26-30

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Алексеева A.A., Федорчук В.В., Зарубина С.A., Садыхов E.Г., Маторин A.Д., Савин С.С., Тишков В.И., 2015

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах