Роль остатка Ala198 в стабильности и коферментной специфичности бактериальных формиатдегидрогеназ
- Авторы: Алексеева A.A.1,2, Федорчук В.В.2,3, Зарубина С.A.2,3, Садыхов E.Г.1, Маторин A.Д.3, Савин С.С.1,2,3, Тишков В.И.1,2,3
-
Учреждения:
- Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН
- ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»
- Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
- Выпуск: Том 7, № 1 (2015)
- Страницы: 60-69
- Раздел: Экспериментальные статьи
- Дата подачи: 17.01.2020
- Дата публикации: 15.03.2015
- URL: https://actanaturae.ru/2075-8251/article/view/10513
- DOI: https://doi.org/10.32607/20758251-2015-7-1-60-69
- ID: 10513
Цитировать
Аннотация
Согласно данным рентгеноструктурного анализа, остаток Ala198, расположенный в коферментсвязывающем домене NAD+-зависимых формиатдегидрогеназ [КФ 1.2.1.2] (ФДГ) из бактерий Pseudomonas sp. 101 и Moraxella sp. C-1 (PseFDH и MorFDH соответственно), имеет неоптимальные значения углов ψ и φ. Методом направленного мутагенеза этот остаток был заменен на остаток Gly. Мутантные PseFDH A198G и MorFDH A198G экспрессировали в клетках Escherichia coli и получили в высокоочищенном (> 95% чистоты) виде. Исследование кинетики термоинактивации показало, что PseFDH A198G и MorFDH A198G в 2.5 раза более стабильны, чем соответствующие ферменты дикого типа. Анализ кинетических свойств свидетельствует, что введение замены A198G в PseFDH и MorFDH приводит к уменьшению величины Км по NAD+ с 60 до 35 и с 80 до 45 мкМ соответственно, в то время как величина Км по формиату остается неизменной. Замена A198G была введена также в мутантную PseFDH D221S, коферментная специфичность которой была изменена от NAD+ к NADP+. В этом случае также наблюдалось увеличение термостабильности, однако эффект на кинетические параметры был противоположным – константа Михаэлиса по NADP+ увеличилась с 190 до 280 мкМ, а по формиату возросла с 43 до 89 мМ. Полученные данные позволяют с высокой вероятностью предположить, что ФДГ из бактерий Pseudomonas sp. 101 ранее была NADP+-, а не NAD+-зависимым ферментом.
Об авторах
A. A. Алексеева
Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН; ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»
Автор, ответственный за переписку.
Email: vitishkov@gmail.com
Россия
В. В. Федорчук
ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: vitishkov@gmail.com
Россия
С. A. Зарубина
ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: vitishkov@gmail.com
Россия
E. Г. Садыхов
Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН
Email: vitishkov@gmail.com
Россия
A. Д. Маторин
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: vitishkov@gmail.com
Россия
С. С. Савин
Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН; ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: vitishkov@gmail.com
Россия
В. И. Тишков
Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН; ООО «Инновации и высокие технологии МГУ»; Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
Email: vitishkov@gmail.com
Россия
Список литературы
- Wierenga R.W., Hol W.G.J. // Nature 1983, V.302, №5911, P.842-844
- Lamzin V.S., Dauter Z., Popov V.O., Harutyunyan E.H., Wilson K.S. // J. Mol. Biol. 1994, V.236, №3, P.759-785
- Filippova E.V., Polyakov K.M., Tikhonova T.V., Stekhanova T.N., Boiko K.M., Sadykhov E.G., Tishkov V.I., Popov I.O., V.O. I.O., Labrou I.O., N. I.O. // Crystallography Reports. 2006, V.51, №4, P.627-631
- Shabalin I.G., Filippova E.V., Polyakov K.M., Sadykhov E.G., Safonova T.N., Tikhonova T.V., Tishkov V.I., Popov V.O. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2009, V.65, №12, P.1315-1325
- Shabalin I.G., Polyakov K.M., Tishkov V.I., Popov V.O. // Acta Naturae. 2009, V.1, №3, P.89-93
- Matorin A.D. // Mechanism of substrate and coenzyme specificity of bacterial formate dehydrogenase. // Ph.D. Thesis. M.V.Lomonosov Moscow State University, Moscow, 2000, 2000
- Alekseeva A.A., Dolina I.A., Zarubina S.A., Matorin A.D., Sadykhov E.G., Savin S.S., Tishkov V.I. // Biochimie. 2015. submitted for publication. 2015
- Rojkova A.M., Galkin A.G., Kulakova L.B., Serov A.E., Savitsky P.A., Fedorchuk V.V., Tishkov V.I. // FEBS Lett. 1999, V.445, №1, P.183-188
- Rao S.T., Rossmann M.G. // J. Mol. Biol. 1973, V.76, №2, P.241-256
- Lesk A.M. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, V.5, №6, P.775-783
- Tishkov V.I., Popov V.O. // Biomol. Eng. 2006, V.23, №1, P.89-110
- Cornish-Bowden A. // Fundamentals of Enzyme Kinetics. 4th Ed. Wiley-Blackwell, 2012. 2012
- Serov A.E., Odintzeva E.R., Uporov I.V., Tishkov V.I. // Biochemistry (Moscow). 2005, V.70, №4, P.804-808
- Tishkov V.I., Popov V.O. // Biochemistry (Moscow). 2004, V.69, №11, P.1252-1267
- Hatrongjit R., Packdibamrung K. // Enz. Microbial Technol. 2010, V.46, №7, P.557-561
- Gul-Karaguler N., Sessions R.B., Clarke A.R., Holbrook J.J. // Biotechnol. Lett. 2001, V.23, №4, P.283-287
- Andreadeli A., Platis D., Tishkov V., Popov V., Labrou N.E. // FEBS J. 2008, V.275, №15, P.3859-3869
- Serov A.E., Popova A.S., Fedorchuk V.V., Tishkov V.I. // Biochem. J. 2002, V.367, №3, P.841-847
- Tishkov V.I., Galkin A.G., Egorov A.M. // Biochimie. 1989, V.71, №4, P.551-557
- Serov A.E., Popova A.S., Tishkov V.I. // Dokl. Biochem. Biophys. 2002, V.382, №1-3, P.26-30