Gold Nanoparticle Clusters in Quasinematic Layers of Liquid-Crystalline Dispersion Particles of Double-Stranded Nucleic Acids

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

This work is devoted to the investigation of the methanogenic archaea involved in anaerobic digestion of cattle manure and maize straw on the basis of terminal restriction fragment length polymorphism (TRFLP) analysis of archaeal 16S rRNA genes. The biological diversity and dynamics of methanogenic communities leading to anaerobic degradation of agricultural organic wastes with biogas production were evaluated in laboratory-scale digesters. T-RFLP analysis, along with the establishment of archaeal 16S rRNA gene clone libraries, showed that the methanogenic consortium consisted mainly of members of the genera Methanosarcina and Methanoculleus, with a predominance of Methanosarcina spp. throughout the experiment.

About the authors

Yu. M. Yevdokimov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: yevdokim@eimb.ru
Russian Federation

V. I. Salyanov

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: yevdokim@eimb.ru
Russian Federation

E. I. Katz

Landau Institute for Theoretical Physics, Russian Academy of Sciences

Email: yevdokim@eimb.ru
Russian Federation

S. G. Skuridin

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: yevdokim@eimb.ru
Russian Federation

References

  1. Дыкман Л.А., Богатырев В.А., Щеголев С.Ю., Хлебцов Н.Г Золотые наночастицы: синтез, свойства, биомедицинское применение. М.: Наука, 2008. 318 с.
  2. Wiwanitkit V., Sereemaspun A., Rojanathanes R. // Fertil. Steril. 2009. V. 91. № 1. P. e7-e8.
  3. Захидов С.Т., Маршак Т.Л., Малонина Е.А., Кулибин А.Ю., Зеленина И.А., Павлюченкова О.В., Рудой В.М., Дементьева О.В., Скуридин С.Г., Евдокимов Ю.М. // Биол. мембраны. 2010. Т. 27. № 4. С. 349-353.
  4. Kang B., Mackey M.A., El-Sayed M.A. // J. Am. Chem. Soc. 2010. V. 132. № 5. P 1517-1519.
  5. Tsoli M., Kuhn H., Brandau W., Esche H., Schmid G. // Small. 2005. V. 1. № 8-9. P 841-844.
  6. Yevdokimov Yu.M., Skuridin S.G., Salyanov V.I., Popenko V.I., Rudoy V.M., Dement’eva O.V., Shtykova E.V. // J. Biomater. Nanobiotechnol. 2011. V. 2. № 4. P. 461-471.
  7. Евдокимов Ю.М., Салянов В.И., Семенов С.В., Скуридин С.Г Жидкокристаллические дисперсии и наноконструкции ДНК. М.: Радиотехника, 2008. 296 с.
  8. Livolant F., Leforestier A. // Prog. Polym. Sci. 1996. V. 21. № 6. P 1115-1164.
  9. Leforestier A., Livolant F. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009. V. 106. № 23. P. 9157-9162.
  10. Leforestier A., Livolant F. // J. Mol. Biol. 2010. V. 396. № 2. P. 384-395.
  11. Schmid G., Klein N., Korste L. // Polyhedron. 1988. V. 7. № 8. P. 605-608.
  12. Li H., Rothberg L. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. V. 101. № 39. P. 14036-14039.
  13. Storhoff J.J., Mucic R.C., Mirkin C.A. // J. Cluster Sci. 1997. V. 8. № 2. P. 179-216.
  14. Keating C.D., Kovaleski K.M., Natan M.J. // J. Phys. Chem. B. 1998. V. 102. № 47. P. 9404-9413.
  15. Harada G., Sakurai H., Matsushita M.M., Izuoka A., Sug-awara T. // Chem. Lett. 2002. V. 31. № 10. P. 1030-1031.
  16. Tkachenko A.G., Xie H., Coleman D., Glomm W., Ryan J., Anderson M.F., Franzen S., Feldheim D.L. // J. Am. Chem. Soc. 2003. V. 125. № 16. P. 4700-4701.
  17. Katz E., Willner I. // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2004. V. 43. № 45. P. 6042-6108.
  18. Хлебцов Н.Г., Дыкман Л.А., Краснов Я.М., Мельников А.Г. // Коллоид. журн. 2000. Т. 62. № 6. С. 765-779.
  19. Westcott S.L., Oldenburg S.J., Lee T.R., Halas N. J.J. // Chem. Phys. Lett. 1999. V. 300. № 5-6. P. 651-655.
  20. Kelly K.L., do Coronado E., Zhao L.L., Schatz G.C. // J. Phys. Chem. B. 2003. V. 107. № 3. P. 668-677.
  21. Schmitt J., Decher G., Dressick W. J., Brandow S.L., Geer R.E., Shashidhar R., Calvert J.M. // Adv. Mater. 1991. V. 9. № 1. P. 61-65.
  22. Grabar K.C., Freeman R.G., Hommer M.B., Natan M.J. // Anal. Chem. 1995. V. 67. № 4. P. 735-743.
  23. Turkevich J., Stevenson P.C., Hillier J. // Discuss. Faraday Soc. 1951. V. 11. P. 55-75.
  24. Brown K.R., Walter D.G., Natan M.J. // Chem. Mater. 2000. V. 12. № 2. P. 306-313.
  25. Duff D.G., Baiker A., Edwards P.P. // Langmuir. 1993. V. 9. № 9. P. 2301-2309.
  26. Noginov M.A., Zhu G., Belgrave A.M., Bakker R., Shalaev V.M., Narimanov E. E., Stout S., Herz E., Suteewong T., Wiesner U. // Nature. 2009. V. 460. № 7259. P. 1110-1113.
  27. Grasso D., Fasone S., La Rosa C., Salyanov V. // Liq. Crystals. 1991. V. 9. № 2. P 299-305.
  28. Grasso D., Campisi R.G., La Rosa C. // Thermochim. Acta. 1992. V. 19. № 1. P 239-245.
  29. Loweth C.J., Caldwell W.B., Peng X., Alivisatos A.P, Schultz P.G. // Angew. Chem. Int. Ed. 1999. V. 38. № 12. P. 1808-1812.
  30. Kumar A., Pattarkine M., Bhadbhade M., Mandale A.B., Ganesh K.N., Datar S.S., Dharmadhikari C.V., Sastry M. // Adv. Mater. 2001. V. 13. № 5. P. 341-344.
  31. Liu Y., Meyer-Zaika W., Franzka S., Schmid G., Tsoli M., Kuhn H. // Angew. Chem. Int. Ed. 2003. V. 42. № 25. P. 28532857.
  32. Скуридин С.Г., Дубинская В.А., Рудой В.М., Дементьева О.В., Захидов С.Т., Маршак Т.Л., Кузьмин В.А., Попенко В.И., Евдокимов Ю.М. // Докл. АН. 2010. Т. 432. № 6. С. 838-841.
  33. Жеренкова Л.В., Комаров П.В., Халатур П.Г. // Коллоид. журн. 2007. Т. 69. № 5. С. 753-765.
  34. Herne T.M., Tarlov M.J. // J. Am. Chem. Soc. 1997. V. 119. № 38. P 8916-8920.
  35. Petrovykh D.Y., Kimura-Suda H., Whitman L.J., Tarlov M.J. // J. Am. Chem. Soc. 2003. V. 125. № 17. P. 5219-5226.
  36. Parak W.J., Pellegrino T., Micheel C.M., Gerion D., Williams S.C., Alivisatos A. Paul. // Nano Lett. 2003. V. 3. № 1. P. 33-36.
  37. Kira A., Kim H., Yasuda K. // Langmuir. 2009. V. 25. № 3. P. 1285-1288.
  38. Mirkin C.A., Letsinger R.L., Mucic R.C., Storhoff J.J. // Nature. 1996. V. 382. № 6592. P 607-609.
  39. Sastry M., Kumar A., Datar S., Dharmadhikari C.V., Gahesh K.N. // Appl. Phys. Lett. 2001. V. 78. № 19. P. 2943-2945.
  40. Warner M.G., Hutchison J.E. // Nat. Materials. 2003. V. 2. P 272-277. doi: 10.1038/nmat853.
  41. Link S., El-Sayed M.A. // J. Phys. Chem. B. 1999. V. 103. № 40. P. 8410-8426.
  42. Haiss W., Thanh N.T.K., Aveyard J., Fernig D.G. // Anal. Chem. 2007. V. 79. № 11. P. 4215-4221.
  43. Rechberger W., Hohenau A., Leitner A., Krenn J.R., Lamprecht B., Aussenegg F.R. // Opt. Commun. 2003. V. 220. № 1-3. P. 137-141.
  44. Kamat PV. // J. Phys. Chem. B. 2002. V. 106. № 32. P. 7729-7744.
  45. Storhoff J.J., Lazarides A.A., Mucic R.C., Mirkin C.A., Let-singer R.L., Schatz G.C. // J. Am. Chem. Soc. 2000. V. 122. № 19. P. 4640-4650.
  46. Grabar K.C., Smith P.C., Musick M.D., Davis J.A., Walter D.G., Jackson M.A., Guthrie A.P., Natan M.J. // J. Am. Chem. Soc. 1996. V. 118. № 5. P. 1148-1153.
  47. Biggs S., Mulvaney P., Zukovski C.F., Grieser F. // J. Am. Chem. Soc. 1994. V. 116. № 20. P. 9150-9157.
  48. Thompson D.W., Collins I.R. // J. Colloid. Interface Sci. 1992. V. 152. № 1. P. 197-204.
  49. Евдокимов Ю.М., Салянов В.И., Скуридин С.Г. Наноструктуры и наноконструкции на основе ДНК. М.: Сайнс-Пресс, 2010. 254 с.
  50. Maia Neto P.A., Lambrecht A., Reynaud S. // Phys. Rev. А. 2008. V. 78. № 1. 012115. [4 pages].
  51. Casimir H.B.G. // Proc. K. Ned. Akad. Wet. 1948. V. 51. P. 793-795.
  52. Мостепаненко В.М, Трунов Н.Н. // Успехи физ. наук. 1988. Т. 156. № 5. С. 385-426.
  53. Rodriguez A.W., Capasso F., Johnson S.G. // Nat. Photonics. 2011. V. 5. № 4. P. 211-221.
  54. Dzyaloshinskii I.E., Lifshitz E.M., Pitaevskii L.P. // Adv. Phys. 1961. V. 10. № 38. P. 165-209.
  55. Chan H.B., Bao Y., Zou J., Cirelli R.A., Klemens F., Mansfield W.M., Pai C.S. // Phys. Rev. Lett. 2008. V. 101. № 3. 030401.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2012 Yevdokimov Y.M., Salyanov V.I., Katz E.I., Skuridin S.G.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies