Конкуренция внутри интронов: сплайсинг побеждает полиаденилирование

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Кэпирование, сплайсинг и полиаденилирование многих мРНК эукариот сопряжено с транскрипцией. Согласованность этих процессов обеспечивает правильное созревание РНК и создает разнообразие синтезируемых изоформ. Процессинг РНК представляет собой цепь событий, в которой окончание одного этапа связано с началом следующего. В этом контексте связь между сплайсингом и полиаденилированием считается важной для регуляции работы генов. Нами обнаружено, что скрытые сигналы полиаденилирования широко представлены в интронах Drosophila melanogaster. В результате анализа встречаемости генов, полностью расположенных в интронах других генов, установлено, что перекрывание в сигналах полиаденилирования встречается достаточно часто и затрагивает около 17% всех генов. Показано, что активность сигналов полиаденилирования, расположенных внутри интронов, подавлена: они функционируют, находясь в экзонах, но не в интронах. Как в транзиентной репортерной системе, так и в модельных геномных локусах транскрипция не останавливается в интронах in vivо. При удалении 5'-сайта сплайсинга включается использование сигналов полиаденилирования в интронах. Согласно анализу транскриптома Drosophila, сигналы полиаденилирования внутри интронов используются очень редко, и, по всей видимости, данные со-бытия регулируются при помощи особых механизмов. Наши данные подтверждают, что транскрипционный аппарат игнорирует преждевременные сигналы полиаденилирования, расположенные в интроне.

Полный текст

Competition within Introns: Splicing Wins over Polyadenylation via a General Mechanism

×

Об авторах

М. В. Тихонов

Институт биологии гена РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: georgiev_p@mail.ru
Россия

П. Г. Георгиев

Институт биологии гена РАН

Email: georgiev_p@mail.ru
Россия

О. Г. Максименко

Институт биологии гена РАН

Email: mog@genebiology.ru
Россия

Список литературы

  1. Auboeuf D., Dowhan D.H., Dutertre M., Martin N., Berget S.M., O’Malley B.W. // Mol Cell Biol. 2005, V.25, P.5307-5316
  2. Bentley D.L. // Curr Opin Cell Biol. 2005, V.17, P.251-256
  3. Calvo O., Manley J.L. // Genes Dev. 2003, V.17, P.1321-1327
  4. Kornblihtt A.R., de la Mata M., Fededa J.P., Munoz M.J., Nogues G. // RN A. 2004, V.10, P.1489-1498
  5. Maniatis T., Reed R. // Nature 2002, V.416, P.499-506
  6. Dantonel J.C., Murthy K.G., Manley J.L., Tora L. // Nature 1997, V.389, P.399-402
  7. Ujvári A., Luse D.S. // J Biol Chem. 2004, V.279, P.49773-49779
  8. Niwa M., Rose S.D., Berget S.M. // Genes Dev. 1990, V.4, P.1552-1559
  9. Niwa M., Berget S.M. // Genes Dev. 1991, V.5, P.2086-2095
  10. Dye M.J., Proudfoot N.J. // Mol Cell. 1999, V.3, P.371-378
  11. Vagner S., Vagner C.C., Mattaj I.W. // Genes Dev. 2000, V.14, P.403-413
  12. Kyburz A., Friedlein A., Langen H., Keller W. // Mol Cell. 2006, V.23, P.195-205
  13. Millevoi S., Loulergue C., Dettwiler S., Karaa S.Z., Keller W., Antoniou M., Vagner S. // EMBO J. 2006, V.25, P.4854-4864
  14. Rigo F., Martinson H.G. // Mol Cell Biol. 2008, V.28, P.849-862
  15. Rigo F., Martinson H.G. // RN A. 2009, V.15, P.823-836
  16. Awasthi S., Alwine J.C. // RN A. 2003, V.9, P.1400-1409
  17. Guo J., Garrett M., Micklem G., Brogna S. // Mol Cell Biol. 2011, V.31, P.639-651
  18. Andersen P.K., Lykke-Andersen S., Jensen T.H. // Genes Dev. 2012, V.26, P.2169-79
  19. Gunderson S.I., Polycarpou-Schwarz M., Mattaj I.W. // Mol Cell. 1998, V.1, P.255-264
  20. Kaida D., Berg M.G., Younis I., Kasim M., Singh L.N., Wan L., Dreyfuss G. // Nature 2010, V.468, P.664-668
  21. Goraczniak R., Behlke M.A., Gunderson S.I. // Nat Biotechnol. 2009, V.27, P.257-263
  22. Abad X., Vera M., Jung S.P., Oswald E., Romero I., Amin V., Fortes P., Gunderson S.I. // Nucleic Acids Res. 2008, V.36, P.2338-2352
  23. Tian B., Pan Z., Lee J.Y. // Genome Res. 2007, V.17, P.156-165
  24. Berg M.G., Singh L.N., Younis I., Liu Q., Pinto A.M., Kaida D., Zhang Z., Cho S., Sherrill-Mix S., Wan L., Dreyfuss G. // Cell. 2012, V.150, P.53-64
  25. Cheng Y., Miura R.M., Tian B. // Bioinformatics. 2006, V.22, P.2320-2325
  26. McQuilton P., St Pierre S.E., Thurmond J. // Nucleic Acids Res. 2012, V.40, P.D706-D714
  27. Graveley B.R., Brooks A.N., Carlson J.W., Duff M.O., Landolin J.M., Yang L., Artieri C.G., van Baren M.J., Boley N., Booth B.W. // Nature 2011, V.471, P.473-479
  28. Celniker S.E., Dillon L.A., Gerstein M.B., Gunsalus K.C., Henikoff S., Karpen G.H., Kellis M., Lai E.C., Lieb J.D., MacAlpine D.M. // Nature 2009, V.459, P.927-930
  29. Hernandez G., Vazquez-Pianzola P., Sierra J.M., Rivera-Pomar R. // RN A. 2004, V.10, P.1783-1797
  30. Langemeier J., Radtke M., Bohne J. // RN A Biol. 2013, V.10, P.180-184
  31. Langemeier J., Schrom E.M., Rabner A., Radtke M., Zychlinski D., Saborowski A., Bohn G., Mandel-Gutfreund Y., Bodem J., Klein C., Bohne J. // EMBO J. 2012, V.31, P.4035-44
  32. West S., Gromak N., Proudfoot N.J. // Nature 2004, V.432, P.522-525
  33. Luo W., Johnson A.W., Bentley D.L. // Genes Dev. 2006, V.20, P.954-965
  34. Dye M.J., Gromak N., Proudfoot N.J. // Mol Cell. 2006, V.21, P.849-59

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Тихонов М.В., Георгиев П.Г., Максименко О.Г., 2013

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах