Модифицированный метод анализа структуры рРНК позволил выявить новые свойства аналогов C/D-бокс-РНК

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Созревание рибосомных РНК (рРНК) представляет собой сложный процесс, в ходе которого отдельные нуклеотиды подвергаются химическим модификациям по азотистым основаниям или остатку рибозы. Одна из самых распространенных модификаций рРНК - 2’-O-метилирование нуклеотидов - осуществляется рибонуклеопротеидными комплексами, содержащими в своем составе малые ядрышковые C/D-бокс-РНК. Поскольку большая часть 2’-O-метилированных нуклеотидов расположена в наиболее консервативных участках рРНК, формирующих важнейшие функциональные центры рибосом, то изменения в профиле 2’-O-метилирования могут приводить к нарушениию сборки и функционирования рибосом. Один из основных методов выявления положений 2’-O-метилированных нуклеотидов в протяженных РНК - метод терминации обратной транскрипции. В настоящей работе этот метод адаптирован к использованию флуоресцентно меченных праймеров и анализу продуктов терминации капиллярным гель-электрофорезом на автоматическом генном анализаторе. С помощью разработанного подхода проанализировано действие синтетических аналогов C/D-бокс-РНК на посттранскрипционные модификации 28S рРНК человека в клетках линии MCF-7. Установлено, что трансфекция клеток MCF-7 аналогом C/D-бокс-РНК приводит к увеличению глубины модификации отдельных сайтов 2’-O-метилирования в рРНК-мишени. Наблюдаемый эффект воздействия синтетических РНК на 2’-O-метилирование нуклеотидов рРНК в клетках человека указывает на возможность направленной регуляции посттранскрипционного созревания рРНК. Представленный подход может найти применение в разработке методов выявления заболеваний человека.

Об авторах

Ю. A. Филиппова

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН; Новосибирский государственный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: filippova@niboch.nsc.ru
Россия

Г. A. Степанов

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: filippova@niboch.nsc.ru
Россия

Д. В. Семенов

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: filippova@niboch.nsc.ru
Россия

O. A. Коваль

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН; Новосибирский государственный университет

Email: filippova@niboch.nsc.ru
Россия

E. В. Кулигина

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: filippova@niboch.nsc.ru
Россия

И. В. Рабинов

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: filippova@niboch.nsc.ru
Россия

В. A. Рихтер

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Email: filippova@niboch.nsc.ru
Россия

Список литературы

  1. Lapeyre B. // Top. Curr. Genet. 2005, V.12, P.85-91
  2. Baxter-Roshek J.L., Petrov A.N., Dinman J.D. // PLoS One. 2007, V.2, №1, P.e174
  3. Piekna-Przybylska D., Decatur W.A., Fournier M.J. // Nucleic Acids Research 2008, V.36, P.D178-D183
  4. Decatur W.A., Fournier M.J. // Trends Biochem. Sci. 2002, V.27, №7, P.344-351
  5. Liang X.H., Liu Q., Fournier M.J. // Molecular Cell 2007, V.28, №6, P.965-977
  6. Esguerra J., Warringer J., Blomberg A. // RNA. 2008, V.14, №4, P.649-656
  7. Liang X.H., Liu Q., Fournier M.J. // RNA. 2009, V.15, №9, P.1716-1728
  8. Song X., Nazar R.N. // FEBS Lett. 2002, V.523, №1-3, P.182-186
  9. Kiss-Laszlo Z., Henry Y., Bachellerie J.P., Caizergues-Ferrer M., Kiss T. // Cell. 1996, V.85, №7, P.1077-1088
  10. Makarova J.A., Kramerov D.A. // Molekulyarnaya Biologiya (Mosk.). 2007, V.41, №2, P.246-259
  11. Reichow S.L., Hamma T., Ferre´-D’Amare´ A.R., Varani G. // Nucleic Acids Research 2007, V.35, №5, P.1452-1464
  12. Su H., Xu T., Ganapathy S., Shadfan M., Long M., Huang T.H., Thompson I., Yuan Z.M. // Oncogene. 2014, V.33, №11, P.1348-1358
  13. Marcel V., Ghayad S.E., Belin S., Therizols G., Morel A.P. // Cell. 2013, V.24, №3, P.318-330
  14. Belin S., Beghin A., Solano-Gonzalez E., Bezin L., Brunet-Manquat S. // PLoS One. 2009, V.4, №9, P.e7147
  15. Teittinen K.J., Laiho A., Uusimaki A., Pursiheimo J.P., Gyenesei A., Lohi O. // Cell. Oncol. (Dordr). 2013, V.36, №1, P.55-63
  16. Montanaro L., Trere D., Derenzini M. // Am. J. Pathol. 2008, V.173, №2, P.301-310
  17. Freed E.F., Bleichert F., Dutca L.M., Baserga S.J. // Mol. Biosyst. 2010, V.6, №3, P.481-493
  18. Stepanov G.A., Semenov D.V., Kuligina E.V., Koval O.A., Rabinov I.V., Kit Y.Y., Richter V.A. // Acta Naturae. 2012, V.4, №1(12), P.34-43
  19. Stepanov G.A., Semenov D.V., Savelyeva A.V., Koval O.A., Kuligina E.V., Rabinov I.V., Richter V.A. // Biomed. Res. Int. ID:656158 2013
  20. Maden B.E., Corbett M.E., Heeney P.A., Pugh K., Ajuh P.M. // Biochimie. 1995, V.77, №1-2, P.22-29
  21. Maden B.E. // Methods. 2001, V.25, №3, P.374-382
  22. Cavaille J., Nicoloso M., Bachellerie J.P. // Nature 1996, V.383, №6602, P.732-735
  23. Liu B., Fournier M.J. // RNA. 2004, V.10, №7, P.1130-1141
  24. Graifer D., Molotkov M., Styazhkina V., Demeshkina N., Bulygin K., Eremina A., Ivanov A., Laletina E., Venyaminova A., Karpova G. // Nucleic Acids Research 2004, V.32, №11, P.3282-3293
  25. Bulygin K., Malygin A., Hountondji C., Graifer D., Karpova G. // Biochimie. 2013, V.95, №2, P.195-203
  26. Lestrade L., Weber M.J. // Nucleic Acids Research 2006, V.34, P.D158-D162
  27. Liu B., Ni J., Fournier M. J. // Methods. 2001, V.23, №3, P.276-286
  28. Liu B., Liang X.H., Piekna-Przybylska D., Liu Q., Fournier M.J. // RNA Biol. 2008, V.5, №4, P.249-254
  29. Rodriguez-Galan O., Garcia-Gomez J.J., de la Cruz J. // Biochim. Biophys. Acta. 2013, V.1829, №8, P.775-790
  30. Williams G.T., Farzaneh F. // Nat. Rev. Cancer. 2012, V.12, №2, P.84-88
  31. Mannoor K., Liao J., Jiang F. // Biochim. Biophys. Acta. 2012, V.1826, №1, P.121-128
  32. Qu G., van Nues R.W., Watkins N.J., Maxwell E.S. // Mol. Cell. Biol. 2011, V.31, №2, P.365-374

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Филиппова Ю.A., Степанов Г.A., Семенов Д.В., Коваль O.A., Кулигина E.В., Рабинов И.В., Рихтер В.A., 2015

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах