Поиск ингибиторов лактатдегидрогеназы A человека с использованием компьютерного моделирования

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Изоформа А лактатдегидрогеназы человека играет важную роль в жизнеобеспечении опухолевых клеток с анаэробным метаболизмом, поэтому поиск эффективных ингибиторов фермента является перспективным направлением создания новых лекарственных препаратов. С целью выявления новых ингибиторов, конкурентных по отношению к субстрату и к кофактору, созданы полноатомные модели лактатдегидрогеназы А (со связанной молекулой NADH и без нее), разработаны структурные критерии отбора потенциальных ингибиторов и проведен компьютерный скрининг библиотеки низкомолекулярных соединений. Это позволило обнаружить потенциальный ингибитор STK381370, положение которого стабилизировано дополнительными взаимодействиями с петлей 96-111, обеспечивающей переход из открытой конформации в закрытую.

Об авторах

Д. K. Нилов

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Автор, ответственный за переписку.
Email: nilov@belozersky.msu.ru
Россия

E. A. Прохорова

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: nilov@belozersky.msu.ru
Россия

В. K. Швядас

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: nilov@belozersky.msu.ru
Россия

Список литературы

  1. Warburg O. // Science. 1956, V.124, P.269-270
  2. Goldman R.D., Kaplan N.O., Hall T.C. // Cancer Research 1964, V.24, P.389-399
  3. Koukourakis M.I., Giatromanolaki A., Sivridis E., Bougioukas G., Didilis V., Gatter K.C., Harris A.L. // Br. J. Cancer. 2003, V.89, P.877-885
  4. Fantin V.R., St-Pierre J., Leder P. // Cancer Cell. 2006, V.9, P.425-434
  5. Le A., Cooper C.R., Gouw A.M., Dinavahi R., Maitra A., Deck L.M., Royer R.E., Vander Jagt D.L., Semenza G.L., Dang C.V. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010, V.107, P.2037-2042
  6. Miao P., Sheng S., Sun X., Liu J., Huang G. // IUBMB Life. 2013, V.65, P.904-910
  7. Read J.A., Winter V.J., Eszes C.M., Sessions R.B., Brady R.L. // Proteins. 2001, V.43, P.175-185
  8. Dunn C.R., Wilks H.M., Halsall D.J., Atkinson T., Clarke A.R., Muirhead H., Holbrook J.J. // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 1997, V.332, P.177-184
  9. Gerstein M., Chothia C. // J. Mol. Biol. 1991, V.220, P.133-149
  10. Dempster S., Harper S., Moses J.E., Dreveny I. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2014, V.70, P.1484-1490
  11. Granchi C., Bertini S., Macchia M., Minutolo F. // Curr. Med. Chem. 2010, V.17, P.672-697
  12. Eszes C.M., Sessions R.B., Clarke A.R., Moreton K.M., Holbrook J.J. // FEBS Lett. 1996, V.399, P.193-197
  13. Yu Y., Deck J.A., Hunsaker L.A., Deck L.M., Royer R.E., Goldberg E., Vander Jagt D.L. // Biochem. Pharmacol. 2001, V.62, P.81-89
  14. Choi S.R., Beeler A.B., Pradhan A., Watkins E.B., Rimoldi J.M., Tekwani B., Avery M.A. // J. Comb. Chem. 2007, V.9, P.292-300
  15. Ward R.A., Brassington C., Breeze A.L., Caputo A., Critchlow S., Davies G., Goodwin L., Hassall G., Greenwood R., Holdgate G.A. // J. Med. Chem. 2012, V.55, P.3285-3306
  16. Kohlmann A., Zech S.G., Li F., Zhou T., Squillace R.M., Commodore L., Greenfield M.T., Lu X., Miller D.P., Huang W.S. // J. Med. Chem. 2013, V.56, P.1023-1040
  17. Dragovich P.S., Fauber B.P., Corson L.B., Ding C.Z., Eigenbrot C., Ge H., Giannetti A.M., Hunsaker T., Labadie S., Liu Y. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2013, V.23, P.3186-3194
  18. Fauber B.P., Dragovich P.S., Chen J., Corson L.B., Ding C.Z., Eigenbrot C., Giannetti A.M., Hunsaker T., Labadie S., Liu Y. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2013, V.23, P.5533-5539
  19. Dragovich P.S., Fauber B.P., Boggs J., Chen J., Corson L.B., Ding C.Z., Eigenbrot C., Ge H., Giannetti A.M., Hunsaker T. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2014, V.24, P.3764-3771
  20. Case D.A., Darden T.A., Cheatham T.E., III I.O., Simmerling C.L., Wang J., Duke R.E., Luo R., Crowley M., Walker R.C., Zhang W. // AMBER 10. University of California, San Francisco. 2008
  21. Hornak V., Abel R., Okur A., Strockbine B., Roitberg A., Simmerling. C. // Proteins. 2006, V.65, P.712-725
  22. Walker R.C., de Souza M.M., Mercer I.P., Gould I.R., Klug D.R. // J. Phys. Chem. B. 2002, V.106, P.11658-11665
  23. Wang J., Wolf R.M., Caldwell J.W., Kollman P.A., Case D.A. // J. Comput. Chem. 2004, V.25, P.1157-1174
  24. // ACD/ChemSketch Freeware, version 8.17. Advanced Chemistry Development, Inc., 2005, url www.acdlabs.com
  25. // ST(K/L) collection. Vitas-M Laboratory, Ltd 2012, url www.vitasmlab.com
  26. O’Boyle N.M., Banck M., James C.A., Morley C., Vandermeersch T., Hutchison G.R. // J. Cheminform. 2011, V.3, P.33
  27. Sadowski J., Gasteiger J., Klebe G. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994, V.34, P.1000-1008
  28. // ACD/Spectrus DB, version 14.01. Advanced Chemistry Development, Inc. 2012, url www.acdlabs.com
  29. Lipinski C.A. // Drug Discov. Today Technol. 2004, V.1, P.337-341
  30. Stroganov O.V., Novikov F.N., Stroylov V.S., Kulkov V., Chilov G.G. // J. Chem. Inf. Model. 2008, V.48, P.2371-2385
  31. Humphrey W., Dalke A., Schulten K. // J. Mol. Graphics. 1996, V.14, №1, P.33-38
  32. Guex N., Peitsch M.C. // Electrophoresis. 1997, V.18, P.2714-2723
  33. Buonfiglio R., Ferraro M., Falchi F., Cavalli A., Masetti M., Recanatini M. // J. Chem. Inf. Model. 2013, V.53, P.2792-2797
  34. Rodríguez-Páez L., Chena-Taboada M.A., Cabrera-Hernández A., Cordero-Martínez J., Wong C. // J. Enzyme Inhib. Med. Chem. 2011, V.26, P.579-586
  35. Wong C., Rodríguez-Páez L., Nogueda B., Pérez A., Baeza I. // Biochim. Biophys. Acta. 1997, V.1343, P.16-22

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Нилов Д.K., Прохорова E.A., Швядас В.K., 2015

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах