Консенсусная интеграза нового генетического варианта CRF63_02A1 ВИЧ-1

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Высокая генетическая изменчивость вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) приводит к по стоянному появлению новых генетических вариантов, к числу которых относится рекомбинантный вирус CRF63_02A1, широко распространенный на территории Сибирского федерального округа России. Нами изучена интеграза CRF63_02A1 ВИЧ-1, катализирующая встраивание вирусной ДНК в геном инфициро ванной клетки. Проведен дизайн консенсусной последовательности, получен препарат рекомбинантной ин тегразы и охарактеризована ее ДНК-связывающая и каталитическая активность. Стабильность комплекса интегразы CRF63_02A1 с ДНК-субстратом такая же, как у комплексов интеграз подтипов А и В, однако ско рость его образования существенно выше. Более высокими оказались скорости и эффективности реакций, катализируемых этой интегразой: 3’-процессинга и переноса цепи. Это может быть связано с характерными для интегразы CRF63_02A1 аминокислотными заменами в N-концевом домене, играющем важную роль в мультимеризации фермента и его связывании с ДНК-субстратом. Установлено также, что мутации лекар ственной устойчивости Q148K/G140S и G118R/E138K существенно снижают каталитическую активность интегразы CRF63_02A1 и ее чувствительность к ингибитору интеграции ралтегравиру. При этом наиболее сильное снижение чувствительности обеспечивает двойная мутация Q148K/G140S.

Полный текст

ВВЕДЕНИЕ Вирус иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1) обладает высокой генетической изменчиво стью, что приводит к существованию различных его подтипов, циркулирующих рекомбинантных форм (СRF) и уникальных рекомбинантных форм (URF) [1]. Широкое разнообразие генетических вариан тов ВИЧ-1 формируется за счет высокой скорости репликации, склонности к рекомбинации и ошибок в работе обратной транскриптазы [2-4]. Различные подтипы ВИЧ-1 имеют определенное географиче ское распределение. На территории бывшего СССР преобладает подтип А [5, 6], но присутствуют и раз личные СRF [7-9]. С 2010-2012 гг. на территориях страны с наибольшими темпами развития эпиде мии - Кемеровской, Новосибирской, Томской обла-стей, Алтайского края - доминирует генетический вариант CRF63_02A1 [10-12], который из-за своего быстрого распространения нуждается в углубленном изучении. Важным этапом исследования новой формы ви руса является характеристика его ферментов, один из которых - интеграза (ИН), катализирует встраи вание вирусной ДНК в геном зараженной клетки [13]. В клинической практике используют три ингибитора ИН: ралтегравир, элвитегравир и долутегравир [14], к которым, однако, развивается устойчивость виру са [15, 16]. Известно, что как мутации лекарственной устойчивости, так и механизмы их возникновения у вирусов разных подтипов могут различаться [17- 22]. В этой связи актуально изучение влияния есте ственного полиморфизма ИН на ее свойства. В настоящей работе охарактеризована ИН гене тического варианта CRF63_02A1 ВИЧ-1 (ИН_CRF) и проведено ее сравнение с ИН ВИЧ-1 подтипа А (ИН_A), также широко распространенного на тер ритории России. Работа включает изучение влияния структурных различий между ферментами на их ДНК-связывающую и каталитическую активность. Изучено также влияние мутаций устойчивости к применяемым на практике ингибиторам интегра ции на каталитическую и ДНК-связывающую актив ности ИН_CRF, а также на ее чувствительность к ин гибитору ралтегравиру. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ Дизайн консенсусной последовательности ИН_CRF Подтип ВИЧ-1 определяли с использованием фило генетического, рекомбинационного анализа как опи сано ранее [10, 11, 23]. Консенсусная последователь ность ИН создана с использованием программного обеспечения BioEdit (Ibis Biosciences, США). РНК ВИЧ-1 выделяли с использованием набора РеалБест ДельтаМаг ВГВ/ВГС/ВИЧ (АО «Вектор- Бест», Россия) из 250 мкл двух клинических образцов плазмы крови пациентов, инфицированных виру сом, у которого ген ИН имеет максимальное сходство с рассчитанной консенсусной нуклеотидной последо вательностью гена ИН_CRF. Кодирующие ИН фраг менты ДНК размером 878 п.н., дополненные сайтами рестрикции для последующего клонирования, полу чали с помощью ОТ-ПЦР, используя коммерческий набор LongRange 2Step RT-PCR (Qiagen, США). Получение вектора для экспрессии ИН_CRF Фрагменты ДНК, кодирующие ИН_CRF, встра ивали в плазмиду pCR_2.1Topo с использовани ем коммерческого набора TOPO® TA Cloning® Kit (pCR™2.1-TOPO®, Thermo Fisher Scientific Inc., США). Плазмидную ДНК из плазмид pCR_2.1Topo_ ИН, по 30 мкг для каждого образца ВИЧ-1, вы деляли с помощью коммерческого набора Plasmid Purification Mini Kit (Qiagen, США). По резуль татам секвенирования гена ИН выбрана плазмида pCR_2.1Topo_ИН_CRF*, содержащая последова тельность ИН, отличающуюся от консенсусной двумя аминокислотными заменами, для субклонирования в экспрессирующий вектор pET_15b, в структуру ко торого включен гистидиновый таг (His-tag) (Novagen, США). Вектор pET_15b_ИН_CRF с консенсусной по следовательностью ИН_CRF получали, после довательно вводя мутации, приводящие к ами нокислотным заменам I32V и I259V в вектор pET-15b_ИН_CRF*. Конструкции, кодирующие ИН с заменами Q148K/G140S и G118R/E138K, по лучали сайт-направленным мутагенезом плазми ды pET_15b_ИН_CRF с использованием набора QuikChange II Site-Directed Mutagenesis kit (Agilent Technologies, США). Плазмида pET_15b, содержащая ген консенсус ной ИН_A, любезно предоставлена М.Г. Беликовой- Исагулянц (НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского, Россия). Получение рекомбинантных белков Препараты белков ИН_А и ИН_CRF с консен сусными последовательностями и с мутациями Q148K/G140S и G118R/E138K выделяли из клеток штамма-продуцента Rosetta (DE3) Escherichia coli и очищали согласно [24, 25]. Белки анализировали методом электрофореза в 12% ПААГ по Лэммли с по следующим окрашиванием SimplyBlueTM SafeStain (Invitrogen, США). Олигодезоксирибонуклеотиды Олигодезоксирибонуклеотиды U5B (5’-GTGTGGAAAATCTCTAGCAGT- 3’), U5B с остатком флу оресцеина на 5’-конце (5’-Fl-U5B) , U5B-2 (5’-GTGTGGAAAATCTCTAGCA-3’) и U5A (5’-ACTGCTAGAGATTTTCCACAC-3’), формиру ющие ДНК-субстраты ИН, и все праймеры («ДНК синтез», Россия). Радиоактивную 32P-метку вводили на 5’-конец олигонуклеотидов U5B и U5B-2 и формировали ДНК-субстраты ИН как описано в [25]. Анализ ДНК-связывающей активности интегразы Изучение скорости связывания ИН с ДНК субстратом методом поляризации флуоресценции проводили на спектрофлуориметре Cary Eclipse (Varian, США) по методике [26]. Дуплекс 5’-Fl U5B/U5A (10 нМ) смешивали с 100 нМ ИН в 200 мкл буфера А (20 мМ HEPES (pH 7.2), 10 мМ DТТ, 7.5 мМ MgCl2) и измеряли значения поляризации флуоресценции флуоресцеина (λex = 492 нм, λem = 520 нм) через определенные промежутки времени при 25°С. Строили кривую зависимости изменения поляризации флуоресценции от времени и определяли константу скорости связывания (kon) ИН с субстратом согласно уравнению [IN/DNA] = [DNA]0 × (1 - e-kon*t) [27]. Определение Кd комплекса ИН с субстратом проводили методом DRaCALA (Differential Radial Capillary Action of Ligand Assay) [28]. Дуплекс 5’-32Р-U5B/U5A (5 нМ) инкубировали с ИН в концен трации от 0 до 500 нМ в 10 мкл буфера А в течение 20 мин при 25°С. По 5 мкл смеси наносили на нитро целлюлозную мембрану AmershamTM HybondTM-ECL. Мембрану визуализировали на приборе Typhoon FLA 9500 PhosphorImager (Molecular Dynamics, США). Определение каталитической активности интегразы Для реакции 3’-концевого процессинга 5 нМ дуплекс 5’-32Р-U5B/U5A инкубировали со 100 нМ ИН в буфе ре А как описано в [25]. ДНК осаждали и анализиро вали электрофорезом в 20% денатурирующем ПААГ. Гель визуализировали на приборе Typhoon FLA 9500 PhosphorImager (Molecular Dynamics, США). По со отношению интенсивностей излучения полос, со ответствующих U5B и U5B-2, определяли эффек тивность процессинга с использованием программы Quantity One 4.6.6. (Bio-Rad Laboratories, США). При анализе кинетики накопления продуктов 3’-процессинга реакционную смесь инкубировали при 37°С от 5 мин до 7 ч, строили графики зависи мости эффективности реакции от времени, опреде ляли начальную скорость реакции по углу наклона начального участка кривой (~60 мин). Зависимость эффективности 3’-процессинга от концентрации субстрата определяли, варьи руя концентрацию ДНК (0; 2.5; 4; 10; 20; 50; 100 нМ). Строили графики зависимости эффективности ре акции от концентрации субстрата, определяли мак симальную скорость реакции (Vmax) и константу Михаэлиса (KM). Для реакции переноса цепи 10 нМ ДНК-дуплекс [5’-32Р]-U5B-2/U5A инкубировали со 100 нМ ИН в бу фере А в течение 2 и 4 ч при 37°С. Выделение и ана лиз продуктов реакции проводили как описано выше. Ингибирование переноса цепи Реакцию переноса цепи проводили как описано выше в течение 2 ч в присутствии возрастающих концентраций ингибитора (ралтегравир, Santa Cruz Biotechnology Inc., США). По результатам трех не зависимых экспериментов определяли значение IC50. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ Дизайн консенсусной последовательности ИН_CRF и получение белка Последовательности гена ИН получены из 324 образ цов ВИЧ-1, выделенных на территориях Сибирского (250) и Уральского (74) федеральных округов России от ВИЧ-инфицированных, не получавших антире тровирусную терапию. Филогенетический анализ по казал, что выборка вирусных последовательностей, включенных в исследование, содержала генетиче ские варианты подтипов А (24.3%) и В (3.3%), а также рекомбинантные формы CRF63_02A1 (55.3%) и раз личные URF, образованные в результате вторич ной рекомбинации вирусов CRF63_02A1 и подтипа А (6.7%). Проведено множественное выравнивание иденти фицированных нуклеотидных последовательностей ИН_CRF, трансляция, построение аминокислотной консенсусной последовательности и ее выравнивание с последовательностями ИН подтипов А и В (рис. 1). Обнаружены мутации, характерные для этого ге новарианта вируса: E11D (в 93.8% случаев), K14R (81.3%), S24N (100%) и M50I (75%). Замена L74I, специфичная для ИН_А, найдена лишь в 4% случаев ИН_CRF. Среди исследованных последовательностей ВИЧ-1 отобран вариант, последовательность ИН у которого максимально близка к консенсусной ИН_CRF ВИЧ-1. Наработка целевого фрагмента ДНК ИН_CRF и по следовательные клонирования позволили получить экспрессирующий вектор pET-15b_ИН_CRF*, вве дение замен I32V и I259V в который привело к по лучению вектора pET-15b_ИН_CRF с консенсусной последовательностью ИН. На его основе получены конструкции, содержащие мутации лекарствен ной устойчивости, - G118R/E138K и Q148K/G140S. Полученные векторы использовались для прокарио тической экспрессии белков с последующей очисткой на Ni-NTA-агарозе. Степень чистоты полученных препаратов ИН не менее 90% (рис. 2). Характеристика ДНК-связывающей активности ИН_CRF Ретровирусные интегразы в процессе функциониро вания связываются с концами вирусной ДНК, а затем взаимодействуют с клеточной ДНК, причем послед нее взаимодействие не является специфичным к по следовательности [29]. Рекомбинантная ИН ВИЧ-1 обычно имеет одинаковое сродство к ДНК-дуплексам разной структуры [30]. Мы оценивали способность ИН_CRF связывать 21-звенный ДНК-субстрат, представляющий собой концевую последователь ность участка U5 LTR вирусной ДНК. Параллельно проводили эксперименты с ИН_А. Стабильность комплексов определяли методом DRaCALA (Differential Radial Capillary Action of Ligand Assay) [28], ранее успешно использованным для характеристики комплексов ИН_В с ДНК [31]. Значения Kd комплексов ИН/ДНК оказались сравни мыми в случае ИН_CRF и ИН_А (рис. 3A и табл. 1), а также ИН_В [32]. Кинетику связывания ИН с субстратом изучали с помощью метода поляризации флуоресценции. В качестве ДНК-субстрата использовали флуорес центно меченный дуплекс 5’-Fl-U5B/U5A. Скорость связывания ДНК у ИН_CRF оказалась выше, чем у ИН_А, константы скорости связывания (kon) у них различались в 2.8 раза (рис. 3Б и табл. 1). При этом константа скорости связывания kon для ИН_А (0.24 мин-1) близка к значению, полученному ранее для ИН_В (0.18 мин-1) [27]. Последовательности ИН подтипов А и В ВИЧ- 1 отличаются 16 аминокислотными остатка ми, из которых 11 находятся в каталитическом, два - в С-концевом и три - в N-концевом домене, причем последние три замены синонимичные: D3E, R20K, V31I (рис. 1). ИН_CRF отличается от ИН_А и ИН_В 4 уникальными аминокислотными замена ми E11D, K14R, S24N и M50I в N-концевом домене (рис. 1). Учитывая, что скорости связывания ДНК субстрата с ИН_А и ИН_В сравнимы, а с ИН_CRF существенно различаются, можно предположить, что на эту скорость влияет главным образом струк тура N-концевого домена ИН. Этот домен опреде ляет мультимерное состояние ИН, важное для ее каталитической активности [33], и участвует в свя зывании ИН с ДНК-субстратом (вирусной ДНК) [34- 36]. В структуре ИН_CRF в первую очередь обраща ют на себя внимание замены S24N и M50I. Наличие амидной группы в Asn и разветвленной цепи Ile мо жет влиять на межсубъединичные взаимодействия при образовании каталитически активного состояния ИН. Помимо этого, К14 непосредственно контакти рует с вирусной ДНК и играет важную роль в про цессе мультимеризации ИН [35, 37]. В ИН_CRF в по ложении 14 вместо Lys находится Arg. Хотя обе эти аминокислоты положительно заряжены, остаток Arg более объемный, менее гидрофобный и обладает более высоким pKa, чем Lys [38, 39]. Для Arg также характерна делокализация положительного заряда по гуанидиновой группировке и возможность образо вания множественных водородных связей в разных направлениях [40, 41], что может способствовать свя зыванию ДНК-субстрата. Таким образом, аминокислотные замены, в силу природного полиморфизма присущие ИН_CRF, не сказываются на стабильности ее комплекса с ДНК-субстратом, но при этом существенно влияют на скорость его образования. Характеристика каталитической активности ИН_CRF В процессе репликации вируса ИН осуществляет две последовательные реакции: 3’-концевой процессинг, при котором происходит отщепление динуклеотида GT с 3’-концов вирусной ДНК, и перенос цепи, кото рый заключается во встраивании процессированной вирусной ДНК в клеточную ДНК. Обе эти реакции можно имитировать in vitro по стандартным мето дикам [25]. Для проведения реакции 3’-процессинга в качестве аналога вирусной ДНК использован стан дартный дуплекс [5’-32P]-U5B/U5A, радиоактивно меченный по 5’-концу процессируемой цепи U5B, которая в результате реакции превращалась в про дукт, укороченный на два нуклеотида. В реакции переноса цепи в качестве и субстрата, и мишени ис пользовался дуплекс [5’-32P]-U5B-2/U5A, в котором цепь U5B уже была укорочена на два нуклеотида (U5B-2). Изучение кинетики 3’-процессинга показало, что ИН_CRF эффективнее и быстрее процессирует свой субстрат, чем ИН_А (рис. 4, табл. 1). С целью более детального выяснения причин увеличения эф фективности реакции были определены кинетиче ские параметры реакции 3’-процессинга: KM и Vmax. Оказалось, что KM для ИН_CRF в 1.8 раза ниже, а Vmax в 1.6 раза выше, чем для ИН_А (табл. 1). Следовательно, для ИН_CRF характерна более вы сокая скорость 3’-процессинга, но достигается она при более низких значениях концентрации субстра та. Соответственно параметр каталитической эф фективности (Vmax/KM) для ИН_CRF оказался почти втрое выше, чем для ИН_А (табл. 1). Мы полагаем, что столь высокая активность ИН_CRF не может объясняться только более высокой скоростью свя зывания субстрата (рис. 3), тем более что константы диссоциации комплексов с ДНК у обоих ферментов практически одинаковы. Как уже упоминалось ранее, N-концевой домен ИН отвечает за ее мультимерное состояние, которое изменяется при связывании ИН с ДНК-субстратом [42, 43], в результате чего фор мируется каталитически активный фермент-суб стратный комплекс. Возможно, присутствующие в N-концевом домене ИН_CRF аминокислотные за мены способствуют образованию такого комплекса, стимулируя тем самым более эффективное протека ние реакции. При изучении реакции переноса цепи опреде ляли эффективность и скорость реакции, а так же характер образуемых продуктов, отражаю щий место встраивания субстрата в ДНК-мишень. Эффективность и скорость переноса цепи вновь ока зались выше у ИН_CRF, а характер продуктов был одинаковым (рис. 5). ИН_А и ИН_В различались ха рактером продуктов переноса цепи [25]. Разные про фили продуктов этой реакции могут наблюдаться, если по-разному формируется комплекс ИН с ДНК мишенью, в которую происходит встраивание суб страта. В связывании ДНК-мишени участвуют ката литический и особенно С-концевой домены ИН [36], которые у ИН_А и ИН_CRF имеют близкую струк туру и существенно отличаются от ИН_В (рис. 1). Таким образом, в комплексе с ИН_CRF ДНК-мишень располагается аналогичным с ИН_А образом, но от личается от расположения в комплексе ДНК с ИН_В. Влияние мутаций лекарственной устойчивости на активность ИН_CRF и ее чувствительность к ралтегравиру Данные о мутациях, обеспечивающих его лекар ственную устойчивость, изучаемого нами гене тического варианта вируса отсутствуют, поэтому мы ввели в состав ИН мутации устойчивости к при меняемым сегодня ингибиторам интеграции, извест ным для других подтипов ВИЧ-1. В качестве мута ций устойчивости к ралтегравиру и элвитегравиру были выбраны первичная мутация Q148K и компен саторная к ней вторичная G140S [44, 45]. В случае до лутегравира выбраны мутации G118R и E138K [46, 47]. Получены варианты ИН_CRF, содержащие двой ные замены Q148K/G140S и G118R/E138K (рис. 2), и исследована эффективность связывания ДНК субстрата и зависимость эффективности 3’-конце вого процессинга от концентрации ИН и времени. Оказалось, что введенные мутации не влияли на ста бильность фермент-субстратного комплекса, но су щественно снижали каталитическую активность ферментов (табл. 2). При этом в случае ИН_CRF с заменами Q148K/G140S потеря активности была более существенной, чем у фермента с заменами G118R/E138K. Начальная скорость 3’-процессинга для мутантных ИН снижалась в 7.1 и 3.4 раза соот ветственно по сравнению с исходным ферментом. Ранее было показано снижение каталитической ак тивности ИН_А в реакции 3’-процессинга при введе нии мутаций Q148K/G140S и G118R/E138K, однако оно было одинаковым для обеих пар мутаций (в 3.8 раза) [25]. Замены Q148K/G140S и G118R/E138K существен но снижали и эффективность реакции переноса цепи, катализируемой ИН_CRF (табл. 2), как и в случае ИН_А [25]. Снижение было несколько сильнее в случае пары мутаций G118R/E138K, чем Q148K/G140S: в 4.6 и 3.7 раза соответственно. Интересно, что в слу чае ИН_В замены G118R/E138K крайне незначи тельно влияли на эффективность переноса цепи [25]. Сильный отрицательный эффект этих мутаций в случае как ИН_CRF, так и ИН_А, связан, очевид но, с природным полиморфизмом S119P (рис. 1), приводящим к более жесткой конформации актив ного центра и сниженной способности обеих интеграз адаптироваться к мутации G118R. Возможно, именно жесткая конформация активного центра ограничи вает способность ИН_CRF и ИН_А, несущих замены G118R/E138K, связывать ДНК-мишень, что выра жается в резком уменьшении количества продуктов переноса цепи для мутантов G118R/E138K (рис. 6 и [25]). Мутации Q148K/G140S не вызывают измене ний в характере продуктов этой реакции по сравне нию с исходной ИН (рис. 6). Мы также изучили чувствительность ИН_CRF и ее мутантов Q148K/G140S и G118R/E138K к ин гибированию ралтегравиром, который применяет ся в терапии ВИЧ-инфицированных в Российской Федерации. Обнаружено, что ИН_CRF эффективно ингибируется ралтегравиром (табл. 2), значение IC50 близко к значениям, полученным ранее для ИН_А и ИН_В [25]. Введение мутаций устойчивости Q148K/G140S, обнаруженных у других подтипов вируса, приводило к возникновению устойчивости и ИН_CRF. Мы наблюдали 70-кратное увеличение значения IC50, что согласуется с полученными ра нее данными для ИН_A [25]. Мутации G118R/E138K также снижали чувствительность ИН_CRF к ралте гравиру, однако не так значительно (FC=7, табл. 2). Следует отметить, что в случае ИН_А с мутациями G118R/E138K практически не наблюдалось сниже ния чувствительности к ралтегравиру [25]. ЗАКЛЮЧЕНИЕ В данной работе впервые выделена и охарактери зована рекомбинантная ИН ВИЧ-1 нового генетиче ского варианта CRF63_02A1, стремительно распро страняющегося на территории Сибири. Установлено, что ИН_CRF быстрее и эффективнее, чем ИН подти па А, катализирует реакции 3’-процессинга и пере носа цепи. Очевидно, высокие скорости обеих реак ций обеспечиваются как более быстрым связыванием ДНК-субстрата, так и более высокой каталитической эффективностью, характерными для ИН_CRF. По видимому, все эти изменения объясняются амино кислотными заменами E11D, K14R и S24N, M50I, расположенными в N-концевом домене ИН_CRF, который играет важную роль в мультимеризации фермента и связывании вирусной ДНК. При этом из-за отсутствия значимых различий в каталитиче ских и С-концевых доменах ИН_CRF и ИН_А набор продуктов переноса цепи, характеризующий способ позиционирования ДНК-мишени в активном центре фермент-субстратного комплекса, у этих ферментов не меняется. Полученные результаты позволяют предполо жить, что устойчивость генетического варианта ВИЧ-1 CRF63_02A1 к применяемому ингибитору интеграции ралтегравиру в первую очередь мо жет развиваться по пути возникновения мутаций Q148K/G140S, как это описано для других подтипов [48]. Введение этих мутаций в состав ИН_CRF при вело к 70-кратному росту устойчивости к действию ингибитора по сравнению с исходным ферментом. Мутации G118R/E138K увеличивали устойчивость ИН_CRF к ралтегравиру всего в 7 раз.

×

Об авторах

Ю. Ю. Агапкина

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова; Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

Email: gottikh@belozersky.msu.ru
Россия

M. A. Пустоварова

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова; Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

Email: gottikh@belozersky.msu.ru
Россия

С. П. Королев

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова; Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

Email: gottikh@belozersky.msu.ru
Россия

Д. П. Зырянова

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»

Email: gottikh@belozersky.msu.ru
Россия

В. В. Ивлев

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»

Email: gottikh@belozersky.msu.ru
Россия

A. В. Тотменин

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»

Email: gottikh@belozersky.msu.ru
Россия

Н. M. Гашникова

Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»

Email: gottikh@belozersky.msu.ru
Россия

M. Б. Готтих

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова; Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова

Автор, ответственный за переписку.
Email: gottikh@belozersky.msu.ru
Россия

Список литературы

  1. Foley B., Leitner T., Apetrei C., Hahn B., Mizrachi I., Mullins J., Rambaut A., Wolinsky S., Korber B. // Theoretical Biology and Biophysics Group. Los Alamos: Los Alamos National Laboratory. 2013 url https://www.hiv.lanl.gov/content/ sequence/HIV/CRFs/CRFs.html
  2. Onafuwa-Nuga A., Telesnitsky A. // Microbiol Mol Biol Rev. 2009, V.73, №3, P.451-480
  3. Li G., Piampongsant S., Faria N.R., Voet A., Pineda-Peňa A.C., Khouri R., Lemey P., Vandamme A.M., Theys K. // Retrovirology. 2015, V.12, P.18
  4. Hemelaar J. // Trends Mol Med. 2012, V.13, №3, P.182-192
  5. Diez-Fuertes F., Cabello M., Thompson M.M. // Infect Genet Evol. 2015, V.33, P.197-205
  6. Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. // Infect Genet Evol. 2016, V.46, P.150-158
  7. Bobkova M. // AIDS Rev. 2013, V.15, №4, P.204-212
  8. Baryshev P. B., Bogachev V. V., Gashnikova N. M. // Russia Arch Virol. 2012, V.157, №12, P.2335-2341
  9. Baryshev P. B., Bogachev V. V., Gashnikova N. M. // AIDS Res Hum Retroviruses. 2014, V.30, №6, P.592-597
  10. Gashnikova N.M., Bogachev V.V., Baryshev P.B., Totmenin A.V., Gashnikova M.P., Kazachinskaya A.G., Ismailova T.N., Stepanova S.A., Chernov A.S., Mikheev V.N. // Russia AIDS Res Hum Retroviruses. 2015, V.31, №4, P.456-460
  11. Gashnikova N.M., Zyryanova D.P., Astakhova E.M., Ivlev V.V., Gashnikova M.P., Moskaleva N.V., Aikin S.S., Bulatova T.N., Pustylnikov S.V., Bocharov EF., Totmenin AV. // Arch Virol. 2017, V.162, №2, P.379-390
  12. Kazennova E. V., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. // AIDS Res Hum Retroviruses. 2014, V.30, №8, P.742-752
  13. Krishnan L., Engelman A. // J. Biol. Chem. 2012, V.287, №49, P.40858-40866
  14. Lennox J.L. // Curr Opin HIV AIDS. 2012, V.7, №5, P.409-414
  15. Quashie P.K., Mesplède T., Wainberg M.A. // Curr Opin Infect. Dis. 2013, V.26, №1, P.43-49
  16. Anstett K., Brenner B., Mesplede T., Wainberg M.A. // Retrovirology. 2017, V.14, №1, P.36
  17. Maiga I., Malet I., Soulie C., Derache A., Koita V., Amellal B., Tchertanov L., Delelis O., Morand-Joubert L., Mouscadet J.F. // Antivir Ther. 2009, V.14, №1, P.123-129
  18. Brenner B.G., Lowe M., Moisi D., Hardy I., Gagnon S., Charest H., Baril J.G., Wainberg M.A., Roger M. // J Med Virol. 2011, V.83, №5, P.751-759
  19. Bar-Magen T., Donahue D.A., McDonough E.I., Kuhl B.D., Faltenbacher V.H., Xu H., Michaud V., Sloan R.D., Wainberg M.A. // AIDS. 2010, V.24, №14, P.2171-2179
  20. Quashie P.K., Oliviera M., Veres T., Osman N., Han Y.S., Hassounah S., Lie Y., Huang W., Mesplede T., Wainberg M.A. // J Virol. 2015, V.89, №6, P.3163-3175
  21. Depatureaux A., Mesplede T., Quashie P., Oliveira M., Moisi D., Brenner B., Wainberg M. // J. Int. AIDS Soc. 2014, V.17, №4, P.19738
  22. Depatureaux A., Mesplede T., Quashie P., Oliveira M., Moisi D., Plantier J.C., Brenner B., Wainberg M.A. // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2015, V.70, №1, P.9-15
  23. Gashnikova N.M., Astakhova E.M., Gashnikova M.P., Bocharov E.F., Petrova S.V., Pun’ko O.A., Popkov A.V., Totmenin A.V. // Biomed. Res. Int. 2016, 2496280
  24. Leh H., Brodin P., Bischerour J., Deprez E., Tauc P., Brochon J.C., LeCam E., Coulaud D., Auclair C., Mouscadet J.F. // Biochemistry. 2000, V.39, №31, P.9285-9294
  25. Shadrina O. A., Zatsepin T. S., Agapkina Y. Y., Isaguliants M. G., Gottikh M. B. // Acta Naturae. 2015, V.7, №1, P.43-52
  26. Deprez E., Barbe S., Kolaski M., Leh H., Zouhiri F., Auclair C., Brochon J.C., Le Bret M., Mouscadet J.F. // Mol Pharmacol. 2004, V.65, №1, P.85-98
  27. Smolov M., Gottikh M., Tashlitskii V., Korolev S., Demidyuk I., Brochon J.C., Mouscadet J.F., Deprez E. // FEBS J. 2006, V.273, №6, P.1137-1151
  28. Donaldson G.P., Roelofs K.G., Luo Y., Sintim H.O., Lee V.T. // Nucleic Acids Res. 2012, V.40, №7, P.e48
  29. Khan E., Mack J.P., Katz R.A., Kulkosky J., Skalka A.M. // Nucleic Acids Res. 1991, V.19, №4, P.851-860
  30. Agapkina J., Smolov M., Barbe S., Zubin E., Zatsepin T., Deprez E., Le Bret M., Mouscadet JF., Gottikh M. // J Biol Chem. 2006, V.281, №17, P.11530-11540
  31. Agapkina J., Yanvarev D., Anisenko A., Korolev S., Vepsäläinen J., Kochetkov S., Gottikh M. // Eur J Med Chem. 2014, V.73, P.73-82
  32. Shadrina O., Krotova O., Agapkina J., Knyazhanskaya E., Korolev S., Starodubova E., Viklund A., Lukashov V., Magnani M., Medstrand P. // Biochimie. 2014, V.102, P.92-101
  33. Zheng R., Jenkins T.M., Craigie R. // Proc Natl Acad Sci USA. 1996, V.93, №24, P.13659-13664
  34. Lesbats P., Engelman A.N., Cherepanov P. // Chem. Rev. 2016, V.116, №20, P.12730-12757
  35. Zhao Z., McKee C.J., Kessl J.J., Santos W.L., Daigle J.E., Engelman A., Verdine G., Kvaratskhelia M. // J Biol Chem. 2008, V.29, №283, P.5632-5641
  36. Passos D.O., Li M., Yang R., Rebensburg S.V., Ghirlando R., Jeon Y., Shkriabai N., Kvaratskhelia M., Craigie R., Lyumkis D. // Science. 2017, V.355, №6320, P.89-92
  37. McKee C.J., Kessl J.J., Shkriabai N., Dar M.J., Engelman A., Kvaratskhelia M. // J Biol Chem. 2008, V.283, №46, P.31802-31812
  38. Sokalingam S., Raghunathan G., Soundrarajan N., Lee S.G. // PLoS One. 2012, V.7, №7, e40410
  39. Mant C.T., Kovacs J.M., Kim H.M., Pollock D.D., Hodges R.S. // Biopolymers. 2009, V.92, №6, P.573-595
  40. Dougherty D.A. // J Nutr. 2007, V.137, P.1504S-1508S
  41. Chan D.I., Prenner E.J., Vogel H.J. // Biochim Biophys Acta. 2006, V.1758, P.1184-1202
  42. Deprez E., Tauc P., Leh H., Mouscadet J.F., Auclair C., Hawkins M.E., Brochon J.C. // Proc Natl Acad Sci U S A. 2001, V.98, №18, P.10090-10095
  43. Guiot E., Carayon K., Delelis O., Simon F., Tauc P., Zubin E., Gottikh M., Mouscadet J.F., Brochon J.C., Deprez E. // J Biol Chem. 2006, V.281, №32, P.22707-22719
  44. Malet I., Delelis O., Valantin M.A., Montes B., Soulie C., Wirden M., Tchertanov L., Peytavin G., Reynes J., Mouscadet J.F. // Antimicrob Agents Chemother. 2008, V.52, №4, P.1351-1358
  45. Nakahara K., Wakasa-Morimoto C., Kobayashi M., Miki S., Noshi T., Seki T., Kanamori-Koyama M., Kawauchi S., Suyama A., Fujishita T. // Antiviral Res. 2009, V.81, №2, P.141-146
  46. Quashie P.K., Mesplède T., Han Y.S., Veres T., Osman N., Hassounah S., Sloan R.D., Xu H.T., Wainberg M.A. // Antimicrob Agents Chemother. 2013, V.57, №12, P.6223-6235
  47. Wainberg M.A., Han Y.S. // J Virus Erad. 2015, V.1, №1, P.13-16
  48. Malet I., Gimferrer Arriaga L., Artese A., Costa G., Parrotta L., Alcaro S., Delelis O., Tmeizeh A., Katlama C., Valantin M.A. // J Antimicrob Chemother 2014, V.69, №8, P.2118-2122

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Агапкина Ю.Ю., Пустоварова M.A., Королев С.П., Зырянова Д.П., Ивлев В.В., Тотменин A.В., Гашникова Н.M., Готтих M.Б., 2019

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах