Acta NaturaeActa NaturaeActa Naturae2075-8251Acta Naturae Ltd2754310.32607/actanaturae.27543Research ArticlesЭкспериментальные статьиResearch ArticleIntegration of HiMoRNA and RNA-Chrom: Validation of the Functional Role of Long Non-coding RNAs in the Epigenetic Regulation of Human Genes Using RNA-Chromatin Interactome DataИнтеграция HiMoRNA и RNA-Chrom: подтверждение функциональной роли длинных некодирующих РНК в эпигенетической регуляции генов человека с помощью данных РНК-хроматинового интерактомаIlnitskiyI. S.ИльницкийИ. С.
Russian Federation
nfsus96@gmail.comRyabykhG. K.РябыхГ. К.
Russian Federation
nfsus96@gmail.comMarakulinaD. A.МаракулинаД. А.
Russian Federation
nfsus96@gmail.comMironovA. A.МироновА. А.
Russian Federation
nfsus96@gmail.comMedvedevaJ. A.МедведеваЮ. А.
Russian Federation
nfsus96@gmail.comLomonosov Moscow State UniversityМосковский государственный университет им. М.В. ЛомоносоваVavilov Institute of General Genetics of the Russian Academy of SciencesИнститут общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наукBiotechnology Federal Research Centre of the Russian Academy of SciencesФедеральный исследовательский центр биотехнологий Российской академии наукMoscow Institute of Physics and TechnologyМосковский физико-технический институт25072025172981092110202431032025Copyright ©; 2025, Ilnitskiy I.S., Ryabykh G.K., Marakulina D.A., Mironov A.A., Medvedeva J.A.Copyright ©; 2025, Ильницкий И.С., Рябых Г.К., Маракулина Д.А., Миронов А.А., Медведева Ю.А.2025Ilnitskiy I.S., Ryabykh G.K., Marakulina D.A., Mironov A.A., Medvedeva J.A.Ильницкий И.С., Рябых Г.К., Маракулина Д.А., Миронов А.А., Медведева Ю.А.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://actanaturae.ru/2075-8251/article/view/27543

Long non-coding RNAs (lncRNAs) play a crucial role in the epigenetic regulation of gene expression by recruiting chromatin-modifying proteins to specific genomic loci. Two databases, previously developed by our groups, HiMoRNA and RNA-Chrom, provide valuable insights into this process. The former contains data on epigenetic modification regions (peaks) correlated with lncRNA expression, while the latter offers genome-wide RNA–chromatin interaction data for tens of thousands of RNAs. This study integrated the two resources to generate experimentally supported, interpretable hypotheses regarding lncRNA-mediated epigenetic gene expression regulation. We adapted the web interfaces of HiMoRNA and RNA-Chrom to enable the retrieval of chromatin contacts for each “lncRNA–epigenetic modification–associated gene” triad from HiMoRNA, either at specific genomic loci or genome-wide via RNA-Chrom. The integration analysis revealed that for the lncRNAs MALAT1, HOXC-AS2, NEAT1, NR2F1-AS1, PVT1, and MEG3, most HiMoRNA peaks are located within 25 kb of their RNA-Chrom contacts. Further investigation confirmed the RNA–chromatin contacts of MIR31HG and PVT1 lncRNAs, with HiMoRNA peaks for H3K27ac and H3K27me3 marks in the loci of the genes GLI2 and LATS2, respectively, which are known to be regulated by these RNAs. Thus, the integration of HiMoRNA and RNA-Chrom offers a powerful platform to elucidate the role of specific lncRNAs in the regulation of histone modifications at both individual loci and genome-wide levels. We expect this integration to help significantly advance the functional annotation of human lncRNAs.

Известно, что длинные некодирующие РНК, или lncRNA (long non-coding RNA), могут привлекать белки-модификаторы хроматина к определенным геномным локусам, участвуя таким образом в эпигенетической регуляции экспрессии генов. Ранее были созданы две базы данных HiMoRNA и RNA-Chrom. Первая содержит области эпигенетических модификаций (пики), скоррелированные с экспрессией длинных некодирующих РНК, вторая – полногеномные взаимодействия десятков тысяч РНК с хроматином. В данной работе мы интегрировали эти два ресурса, что позволило сгенерировать интерпретируемые и поддерживаемые экспериментальными данными гипотезы о механизмах эпигенетической регуляции экспрессии генов длинными некодирующими РНК. С этой целью мы адаптировали веб-интерфейс HiMoRNA и RNA-Chrom таким образом, чтобы для каждой триады «lncRNA–эпигенетическая модификация–ассоциированный с модификацией ген» из HiMoRNA можно было получить контакты соответствующей lncRNA с конкретным геномным локусом или со всем геномом в RNA-Chrom. В частности, нами показано, что для lncRNA MALAT1, HOXC-AS2, NEAT1, NR2F1-AS1, PVT1, MEG3 большинство пиков HiMoRNA находятся на расстоянии до 25 т.п.н. от контактов данных lncRNA из RNA-Chrom. Подробно исследованы и подтверждены контакты lncRNA MIR31HG и PVT1 c пиками HiMoRNA для меток H3K27ac и H3K27me3 в локусах генов GLI2 и LATS2 соответственно, которые, как показано, регулируются данными РНК. Таким образом, интеграция баз HiMoRNA и RNA-Chrom позволяет прояснить роль конкретных lncRNA в регуляции гистоновых модификаций на уровне как отдельных локусов, так и полного генома. Мы считаем, что данная интеграция является удобным и ценным инструментом, который может значительно облегчить функциональную аннотацию lncRNA человека.

long non-coding RNAhistone modificationRNA-chromatin interactionдлинная некодирующая РНКмодификация гистоноввзаимодействие РНК с хроматиномRussian Science FoundationРоссийский научный фонд23-14-00371Carninci P., Sandelin A., Lenhard B., Katayama S., Shimokawa K., Ponjavic J., Semple C.A.M., Salmena L., Nishida M., Hayashizaki Y., et al. // Science. 2005. V. 309. № 5740. P. 1559–1563. doi: 10.1126/science.1112014.Carninci P., Sandelin A., Lenhard B., Katayama S., Shimokawa K., Ponjavic J., Semple C.A.M., Salmena L., Nishida M., Hayashizaki Y., et al. // Science. 2005. V. 309. № 5740. P. 1559–1563. doi: 10.1126/science.1112014Hon C.-C., Ramilowski J.A., Harshbarger J., Bertin N., Rackham O.J.L., Garmire L.X., Forrest A.R.R., Carninci P., Kawaji H., Hayashizaki Y., et al. // Nature. 2017. V. 543. № 7644. P. 199–204. doi: 10.1038/nature21374.Hon C.-C., Ramilowski J.A., Harshbarger J., Bertin N., Rackham O.J.L., Garmire L.X., Forrest A.R.R., Carninci P., Kawaji H., Hayashizaki Y., et al. // Nature. 2017. V. 543. № 7644. P. 199–204. doi: 10.1038/nature21374Cabili M.N., Trapnell C., Goff L., Koziol M., Tazon-Vega B., Regev A., Rinn J.L. // Genes Dev. 2011. V. 25. № 18. P. 1915–1927. doi: 10.1101/gad.17446611.Cabili M.N., Trapnell C., Goff L., Koziol M., Tazon-Vega B., Regev A., Rinn J.L. // Genes Dev. 2011. V. 25. № 18. P. 1915–1927. doi: 10.1101/gad.17446611Andersson R., Gebhard C., Miguel-Escalada I., Hoof I., Bornholdt J., Boyd M., Chen Y., Zhao X., Schmidl C., Suzuki T., et al. // Nat. Commun. 2014. V. 5. № 1. P. 5336. doi: 10.1038/ncomms6336.Andersson R., Gebhard C., Miguel-Escalada I., Hoof I., Bornholdt J., Boyd M., Chen Y., Zhao X., Schmidl C., Suzuki T., et al. // Nat. Commun. 2014. V. 5. № 1. P. 5336. doi: 10.1038/ncomms6336Ulitsky I., Shkumatava A., Jan C.H., Sive H., Bartel D.P. // Cell. 2011. V. 147. № 7. P. 1537–1550. doi: 10.1016/j.cell.2011.11.055.Ulitsky I., Shkumatava A., Jan C.H., Sive H., Bartel D.P. // Cell. 2011. V. 147. № 7. P. 1537–1550. doi: 10.1016/j.cell.2011.11.055Quinn J.J., Ilik I.A., Qu K., Georgiev P., Chu C., Akhtar A., Chang H.Y. // Genes Dev. 2016. V. 30. № 2. P. 191–207. doi: 10.1101/gad.272187.115.Quinn J.J., Ilik I.A., Qu K., Georgiev P., Chu C., Akhtar A., Chang H.Y. // Genes Dev. 2016. V. 30. № 2. P. 191–207. doi: 10.1101/gad.272187.115Alam T., Medvedeva Y.A., Jia H., Brown J.B., Lipovich L., Baillie J.K. // PLoS One. 2014. V. 9. № 10. P. e109443. doi: 10.1371/journal.pone.0109443.Alam T., Medvedeva Y.A., Jia H., Brown J.B., Lipovich L., Baillie J.K. // PLoS One. 2014. V. 9. № 10. P. e109443. doi: 10.1371/journal.pone.0109443Ramilowski J.A., Yip C.W., Agrawal S., Chang J.-C., Ciani Y., Kulakovskiy I.V., Mendez M., Ooi J.L.C., Ouyang J.F., Nguyen A., et al. // Genome Res. 2020. V. 30. № 7. P. 1060–1072. doi: 10.1101/gr.254516.119.Ramilowski J.A., Yip C.W., Agrawal S., Chang J.-C., Ciani Y., Kulakovskiy I.V., Mendez M., Ooi J.L.C., Ouyang J.F., Nguyen A., et al. // Genome Res. 2020. V. 30. № 7. P. 1060–1072. doi: 10.1101/gr.254516.119Khalil A.M., Guttman M., Huarte M., Garber M., Raj A., Rivea Morales D., Thomas K., Presser A., Bernstein B.E., van Oudenaarden A., et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009. V. 106. № 28. P. 11667–11672. doi: 10.1073/pnas.0904715106.Khalil A.M., Guttman M., Huarte M., Garber M., Raj A., Rivea Morales D., Thomas K., Presser A., Bernstein B.E., van Oudenaarden A., et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009. V. 106. № 28. P. 11667–11672. doi: 10.1073/pnas.0904715106Grote P., Herrmann B.G. // RNA Biol. 2013. V. 10. № 10. P. 1579–1585. doi: 10.4161/rna.26165.Grote P., Herrmann B.G. // RNA Biol. 2013. V. 10. № 10. P. 1579–1585. doi: 10.4161/rna.26165Mondal T., Subhash S., Vaid R., Enroth S., Uday S., Reinius B., Mitra S., Mohammed A., James A.R., Hoberg E., et al. // Nat. Commun. 2015. V. 6. № 1. P. 7743. doi: 10.1038/ncomms8743.Mondal T., Subhash S., Vaid R., Enroth S., Uday S., Reinius B., Mitra S., Mohammed A., James A.R., Hoberg E., et al. // Nat. Commun. 2015. V. 6. № 1. P. 7743. doi: 10.1038/ncomms8743Goff L.A., Rinn J.L. // Genome Res. 2015. V. 25. № 10. P. 1456–1465. doi: 10.1101/gr.191122.115.Goff L.A., Rinn J.L. // Genome Res. 2015. V. 25. № 10. P. 1456–1465. doi: 10.1101/gr.191122.115Mazurov E., Sizykh A., Medvedeva Y.A. // Non-Coding RNA. 2022. V. 8. № 1. P. 18. doi: 10.3390/ncrna8010018.Mazurov E., Sizykh A., Medvedeva Y.A. // Non-Coding RNA. 2022. V. 8. № 1. P. 18. doi: 10.3390/ncrna8010018Engreitz J.M., Pandya-Jones A., McDonel P., Shishkin A., Sirokman K., Surka C., Kadri S., Xing J., Goren A., Lander E.S., et al. // Science. 2013. V. 341. № 6147. P. 1237973. doi: 10.1126/science.1237973.Engreitz J.M., Pandya-Jones A., McDonel P., Shishkin A., Sirokman K., Surka C., Kadri S., Xing J., Goren A., Lander E.S., et al. // Science. 2013. V. 341. № 6147. P. 1237973. doi: 10.1126/science.1237973Simon M.D., Wang C.I., Kharchenko P.V., West J.A., Chapman B.A., Alekseyenko A.A., Borowsky M.L., Kuroda M.I., Kingston R.E. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2011. V. 108. № 51. P. 20497–20502. doi: 10.1073/pnas.1113536108.Simon M.D., Wang C.I., Kharchenko P.V., West J.A., Chapman B.A., Alekseyenko A.A., Borowsky M.L., Kuroda M.I., Kingston R.E. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2011. V. 108. № 51. P. 20497–20502. doi: 10.1073/pnas.1113536108Chu C., Qu K., Zhong F.L., Artandi S.E., Chang H.Y. // Mol. Cell. 2011. V. 44. № 4. P. 667–678. doi: 10.1016/j.molcel.2011.08.027.Chu C., Qu K., Zhong F.L., Artandi S.E., Chang H.Y. // Mol. Cell. 2011. V. 44. № 4. P. 667–678. doi: 10.1016/j.molcel.2011.08.027Quinn J.J., Qu K., Chang H.Y. // Nat. Biotechnol. 2014. V. 32. № 9. P. 933–940. doi: 10.1038/nbt.2943.Quinn J.J., Qu K., Chang H.Y. // Nat. Biotechnol. 2014. V. 32. № 9. P. 933–940. doi: 10.1038/nbt.2943Chu H.-P., Cifuentes-Rojas C., Kesner B., Aeby E., Lee H.- G., Wei C., Oh H.J., Boukhali M., Haas W., Lee J.T., et al. // Cell. 2017. V. 170. № 1. P. 86–101. doi: 10.1016/j.cell.2017.06.017.Chu H.-P., Cifuentes-Rojas C., Kesner B., Aeby E., Lee H.-G., Wei C., Oh H.J., Boukhali M., Haas W., Lee J.T., et al. // Cell. 2017. V. 170. № 1. P. 86–101. doi: 10.1016/j.cell.2017.06.017Sridhar B., Rivas-Astroza M., Nguyen T.C., Chen W., Yan Z., Cao X., Hebert L., Zhong S. // Curr. Biol. 2017. V. 27. № 4. P. 602–609. doi: 10.1016/j.cub.2017.01.011.Sridhar B., Rivas-Astroza M., Nguyen T.C., Chen W., Yan Z., Cao X., Hebert L., Zhong S. // Curr. Biol. 2017. V. 27. № 4. P. 602–609. doi: 10.1016/j.cub.2017.01.011Li X., Zhou B., Chen L., Gou L.-T., Li H., Fu X.-D. // Nat. Biotechnol. 2017. V. 35. № 10. P. 940–950. doi: 10.1038/nbt.3968.Li X., Zhou B., Chen L., Gou L.-T., Li H., Fu X.-D. // Nat. Biotechnol. 2017. V. 35. № 10. P. 940–950. doi: 10.1038/nbt.3968Bell J.C., Jukam D., Teran N.A., Risca V.I., Smith O.K., Johnson W.L., Skotheim J.M., Greenleaf W.J., Straight A.F. // eLife. 2018. V. 7. P. e27024. doi: 10.7554/eLife.27024.Bell J.C., Jukam D., Teran N.A., Risca V.I., Smith O.K., Johnson W.L., Skotheim J.M., Greenleaf W.J., Straight A.F. // eLife. 2018. V. 7. P. e27024. doi: 10.7554/eLife.27024Yan Z., Huang N., Wu W., Chen W., Jiang Y., Zhang J., Zhang X., Zhang Y., Zhang Q., Zhang L., et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2019. V. 116. № 8. P. 3328–3337. doi: 10.1073/pnas.1819788116.Yan Z., Huang N., Wu W., Chen W., Jiang Y., Zhang J., Zhang X., Zhang Y., Zhang Q., Zhang L., et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2019. V. 116. № 8. P. 3328–3337. doi: 10.1073/pnas.1819788116Bonetti A., Agostini F., Suzuki A.M., Hashimoto K., Pascarella G., Gimenez J., Roos L., Nash A.J., Ghazanfar S., Carninci P., et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. № 1. P. 1018. doi: 10.1038/s41467-020-14337-6.Bonetti A., Agostini F., Suzuki A.M., Hashimoto K., Pascarella G., Gimenez J., Roos L., Nash A.J., Ghazanfar S., Carninci P., et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. № 1. P. 1018. doi: 10.1038/s41467-020-14337-6Gavrilov A.A., Zharikova A.A., Galitsyna A.A., Luzhin A.V., Rubanova N.M., Golov A.K., Petrova N.V., Kantidze O.L., Ulianov S.V., Misteli T., et al. // Nucl. Acids Res. 2020. V. 48. № 12. P. 6699–6714. doi: 10.1093/nar/gkaa456.Gavrilov A.A., Zharikova A.A., Galitsyna A.A., Luzhin A.V., Rubanova N.M., Golov A.K., Petrova N.V., Kantidze O.L., Ulianov S.V., Misteli T., et al. // Nucl. Acids Res. 2020. V. 48. № 12. P. 6699–6714. doi: 10.1093/nar/gkaa456Ryabykh G.K., Zharikova A.A., Galitsyna A.A., Ulianov S.V., Razin S.V., Gavrilov A.A. // Mol. Biol. 2022. V. 56. № 2. P. 210–228. doi: 10.1134/S002689332202017X.Ryabykh G.K., Zharikova A.A., Galitsyna A.A., Ulianov S.V., Razin S.V., Gavrilov A.A. // Mol. Biol. 2022. V. 56. № 2. P. 210–228. doi: 10.1134/S002689332202017XRyabykh G.K., Dikstein N., Zharikova A.A., Galitsyna A.A., Ulianov S.V., Razin S.V., Gavrilov A.A. // Database J. Biol. Databases Curation. 2023. V. 2023. P. baad025. doi: 10.1093/database/baad025.Ryabykh G.K., Dikstein N., Zharikova A.A., Galitsyna A.A., Ulianov S.V., Razin S.V., Gavrilov A.A. // Database J. Biol. Databases Curation. 2023. V. 2023. P. baad025. doi: 10.1093/database/baad025Gavrilov A.A., Golov A.K., Luzhin A.V., Zharikova A.A., Galitsyna A.A., Rubanova N.M., Kantidze O.L., Ulianov S.V., Razin S.V., Misteli T., et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2022. V. 119. № 1. P. e2116222119. doi: 10.1073/pnas.2116222119.Gavrilov A.A., Golov A.K., Luzhin A.V., Zharikova A.A., Galitsyna A.A., Rubanova N.M., Kantidze O.L., Ulianov S.V., Razin S.V., Misteli T., et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2022. V. 119. № 1. P. e2116222119. doi: 10.1073/pnas.2116222119Mylarshchikov D.E., Baumgart S.J., Mazurov E., Saveliev A., Medvedeva Y.A. // NAR Genomics Bioinforma. 2024. V. 6. № 2. P. lqae054. doi: 10.1093/nargab/lqae054.Mylarshchikov D.E., Baumgart S.J., Mazurov E., Saveliev A., Medvedeva Y.A. // NAR Genomics Bioinforma. 2024. V. 6. № 2. P. lqae054. doi: 10.1093/nargab/lqae054Hartana C.A., Rassadkina Y., Gao C., Yashiro-Ohtani Y., Mercier F., Deng S., Li X., Lin 7. R.H., Das S., Lian C., et al. // J. Clin. Invest. 2021. V. 131. № 9. P. e146136. doi: 10.1172/JCI146136.Hartana C.A., Rassadkina Y., Gao C., Yashiro-Ohtani Y., Mercier F., Deng S., Li X., Lin 7. R.H., Das S., Lian C., et al. // J. Clin. Invest. 2021. V. 131. № 9. P. e146136. doi: 10.1172/JCI146136Chen W., Zhang J., Xu H., Dai X., Zhang X., Wang W., Wu Y., Li Y., Wang X., Zhang Y., et al. // Oncogene. 2024. V. 43. № 18. P. 1328–1340. doi: 10.1038/s41388-024-02986-2.Chen W., Zhang J., Xu H., Dai X., Zhang X., Wang W., Wu Y., Li Y., Wang X., Zhang Y., et al. // Oncogene. 2024. V. 43. № 18. P. 1328–1340. doi: 10.1038/s41388-024-02986-2Li B., Jiang Q., Liu X., Yang X., Li Z., Li J., Zhang Y., Wu Y., Li X., Zhang Y., et al. // Cell Death Dis. 2020. V. 11. № 10. P. 823. doi: 10.1038/s41419-020-03031-6.Li B., Jiang Q., Liu X., Yang X., Li Z., Li J., Zhang Y., Wu Y., Li X., Zhang Y., et al. // Cell Death Dis. 2020. V. 11. № 10. P. 823. doi: 10.1038/s41419-020-03031-6Li Z., Guo X., Wu S. // Stem Cell Res. Ther. 2020. V. 11. № 1. P. 435. doi: 10.1186/s13287-020-01953-8.Li Z., Guo X., Wu S. // Stem Cell Res. Ther. 2020. V. 11. № 1. P. 435. doi: 10.1186/s13287-020-01953-8Nylund P., Gimenez G., Laine I., Massinen S., Gordon S., Kuusela M., Kontturi S., Rusanen A., Vettenranta K., Lohi O., et al. // Haematologica. 2024. V. 109. № 2. P. 567–577. doi: 10.3324/haematol.2022.282375.Nylund P., Gimenez G., Laine I., Massinen S., Gordon S., Kuusela M., Kontturi S., Rusanen A., Vettenranta K., Lohi O., et al. // Haematologica. 2024. V. 109. № 2. P. 567–577. doi: 10.3324/haematol.2022.282375Ang C.E., Trevino A.E., Chang S., Soeung M., Ma L., Chidambaram S., Young C., Wernig M., Sudhof T.C., Chang H.Y., et al. // eLife. 2019. V. 8. P. e41770. doi: 10.7554/eLife.41770.Ang C.E., Trevino A.E., Chang S., Soeung M., Ma L., Chidambaram S., Young C., Wernig M., Sudhof T.C., Chang H.Y., et al. // eLife. 2019. V. 8. P. e41770. doi: 10.7554/eLife.41770Wongtrakoongate P., Riddick G., Hashem O., Harris R., Jones S., Ramjaun A., Bunjobpol W., Felsenfeld G., Turner B.M., Schwabe J.W.R., et al. // PLoS Genet. 2015. V. 11. № 10. P. e1005615. doi: 10.1371/journal.pgen.1005615.Wongtrakoongate P., Riddick G., Hashem O., Harris R., Jones S., Ramjaun A., Bunjobpol W., Felsenfeld G., Turner B.M., Schwabe J.W.R., et al. // PLoS Genet. 2015. V. 11. № 10. P. e1005615. doi: 10.1371/journal.pgen.1005615Alfeghaly C., Bozec D., Forterre M., Muller Q., Bernard D., Munch M., Schulte M.L., Nollet M., Paul N., Regnault B., et al. // Nucl. Acids Res. 2021. V. 49. № 9. P. 4954–4970. doi: 10.1093/nar/gkab267.Alfeghaly C., Bozec D., Forterre M., Muller Q., Bernard D., Munch M., Schulte M.L., Nollet M., Paul N., Regnault B., et al. // Nucl. Acids Res. 2021. V. 49. № 9. P. 4954–4970. doi: 10.1093/nar/gkab267Huang Y., Zheng Y., Jia L., Li W. // Sci. Rep. 2017. V. 7. № 1. P. 8080. doi: 10.1038/s41598-017-08131-6.Huang Y., Zheng Y., Jia L., Li W. // Sci. Rep. 2017. V. 7. № 1. P. 8080. doi: 10.1038/s41598-017-08131-6Kanehisa M., Furumichi M., Tanabe M., Sato Y., Morishima K. // Nucl. Acids Res. 2016. V. 44. № D1. P. D457–D462. doi: 10.1093/nar/gkv1070.Kanehisa M., Furumichi M., Tanabe M., Sato Y., Morishima K. // Nucl. Acids Res. 2016. V. 44. № D1. P. D457–D462. doi: 10.1093/nar/gkv1070Kolberg L., Raudvere U., Kuzmin I., Vilo J., Peterson H. // Nucl. Acids Res. 2023. V. 51. № W1. P. W207–W212. doi: 10.1093/nar/gkad347.Kolberg L., Raudvere U., Kuzmin I., Vilo J., Peterson H. // Nucl. Acids Res. 2023. V. 51. № W1. P. W207–W212. doi: 10.1093/nar/gkad347Wan L., Zhang L., Fan K., Cheng Z.X., Sun Q.C., Wang J.J. // Mol. Cancer Ther. 2016. V. 15. № 5. P. 1082–1094. doi: 10.1158/1535-7163.MCT-15-0509.Wan L., Zhang L., Fan K., Cheng Z.X., Sun Q.C., Wang J.J. // Mol. Cancer Ther. 2016. V. 15. № 5. P. 1082–1094. doi: 10.1158/1535-7163.MCT-15-0509Kent W.J., Sugnet C.W., Furey T.S., Roskin K.M., Pringle T.H., Zahler A.M., Haussler D. // Genome Res. 2002. V. 12. № 6. P. 996–1006. doi: 10.1101/gr.229102.Kent W.J., Sugnet C.W., Furey T.S., Roskin K.M., Pringle T.H., Zahler A.M., Haussler D. // Genome Res. 2002. V. 12. № 6. P. 996–1006. doi: 10.1101/gr.229102Antonov I.V., Mazurov E., Borodovsky M., Medvedeva Y.A. // Brief. Bioinform. 2019. V. 20. № 2. P. 551–564. doi: 10.1093/bib/bbx132.Antonov I.V., Mazurov E., Borodovsky M., Medvedeva Y.A. // Brief. Bioinform. 2019. V. 20. № 2. P. 551–564. doi: 10.1093/bib/bbx132Antonov I., Medvedeva Y.A. // Genes. 2020. V. 11. № 12. P. E1483. doi: 10.3390/genes11121483.Antonov I., Medvedeva Y.A. // Genes. 2020. V. 11. № 12. P. E1483. doi: 10.3390/genes11121483Matveishina E., Antonov I., Medvedeva Y.A. // Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. № 3. P. 830. doi: 10.3390/ijms21030830.Matveishina E., Antonov I., Medvedeva Y.A. // Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. № 3. P. 830. doi: 10.3390/ijms21030830Ogunleye A.J., Romanova E., Medvedeva Y.A. // F1000Research. 2021. V. 10. P. 204. doi: 10.12688/f1000research.51844.1.Ogunleye A.J., Romanova E., Medvedeva Y.A. // F1000Research. 2021. V. 10. P. 204. doi: 10.12688/f1000research.51844.1Marakulina D., Vorontsova Y., Mazurov E., Anisenko A., Korchagina A., Medvedeva Y.A., Kolmykov S., Fishman V., Kulakovskiy I.V., Meshcheryakov R., et al. // Nucl. Acids Res. 2023. V. 51. № D1. P. D564–D570. doi: 10.1093/nar/gkac809.Marakulina D., Vorontsova Y., Mazurov E., Anisenko A., Korchagina A., Medvedeva Y.A., Kolmykov S., Fishman V., Kulakovskiy I.V., Meshcheryakov R., et al. // Nucl. Acids Res. 2023. V. 51. № D1. P. D564–D570. doi: 10.1093/nar/gkac809Favorov A., Mularoni L., Cope L.M., Medvedeva Y.A., Mironov A.A., Makeev V.J., Wheelan S.J. // PLoS Comput. Biol. 2012. V. 8. № 5. P. e1002529. doi: 10.1371/journal.pcbi.1002529.Favorov A., Mularoni L., Cope L.M., Medvedeva Y.A., Mironov A.A., Makeev V.J., Wheelan S.J. // PLoS Comput. Biol. 2012. V. 8. № 5. P. e1002529. doi: 10.1371/journal.pcbi.1002529Stavrovskaya E.D., Tepliuk N., Mironov A.A., Panchenko A.R., Favorov A.V., Makeev V.J. // Bioinforma. Oxf. Engl. 2017. V. 33. № 20. P. 3158–3165. doi: 10.1093/bioinformatics/btx379.Stavrovskaya E.D., Tepliuk N., Mironov A.A., Panchenko A.R., Favorov A.V., Makeev V.J. // Bioinforma. Oxf. Engl. 2017. V. 33. № 20. P. 3158–3165. doi: 10.1093/bioinformatics/btx379Gel B., Díez-Villanueva A., Serra E., Buschbeck M., Peinado M.A., Malinverni R. // Bioinforma. Oxf. Engl. 2016. V. 32. № 2. P. 289–291. doi: 10.1093/bioinformatics/btv562.Gel B., Díez-Villanueva A., Serra E., Buschbeck M., Peinado M.A., Malinverni R. // Bioinforma. Oxf. Engl. 2016. V. 32. № 2. P. 289–291. doi: 10.1093/bioinformatics/btv562