High-throughput RNA proximity ligation assays are molecular methods that are used to simultaneously analyze the spatial proximity of many RNAs in living cells. Their principle is based on cross-linking, fragmentation, and subsequent religation of RNAs, followed by high-throughput sequencing. The generated fragments have two different types of splits, one resulting from pre-mRNA splicing and the other formed by the ligation of spatially close RNA strands. Here, we present RNAcontacts, a universal pipeline for detecting RNA–RNA contacts in high-throughput RNA proximity ligation assays. RNAcontacts circumvents the inherent problem of mapping sequences with two distinct types of splits using a two-pass alignment, in which splice junctions are inferred from a control RNA-seq experiment on the first pass and then provided to the aligner as
Конформационное секвенирование (КС) РНК – группа молекулярных методов высокопроизводительного анализа пространственной сближенности РНК в живых клетках. Эти методы основаны на сшивке, фрагментации и последующем лигировании пространственно сближенных молекул. Чтения, получаемые в результате высокопроизводительного секвенирования, содержат два разных типа разрывов, один из которых образуется в результате сплайсинга, а второй – в результате лигирования. Нами разработан RNAcontacts – универсальный вычислительный конвейер для обнаружения контактов РНК–РНК в данных КС РНК. RNAcontacts решает задачу картирования последовательностей с двумя различными типами разрывов с помощью двухпроходного выравнивания. На первом проходе из контрольного эксперимента секвенирования РНК определяют экзон-экзонные соединения, которые затем передают картировщику на втором проходе как уже известные интроны. Этот подход позволяет с большей чувствительностью обнаруживать контакты РНК и обладает более высокой специфичностью в отношении интронов, присутствующих в биологическом образце, по сравнению с уже существующими методами. RNAcontacts в автоматическом режиме извлекает контакты, кластеризует точки лигирования, вычисляет поддержку чтениями и визуализирует результаты. Он реализован в воспроизводимой и масштабируемой системе управления рабочими процессами Snakemake, которая позволяет быстро и единообразно обрабатывать сразу несколько наборов данных. Разработанный вычислительный конвейер применим к любым данным КС, если одним из взаимодействующих партнеров является РНК. RNAcontacts доступен через репозиторий github по адресу https://github.com/smargasyuk/RNAcontacts/