кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник
Since the addition of the CRISPR/Cas9 technology to the genetic engineering toolbox, the problems of low efficiency and off-target effects hamper its widespread use in all fields of life sciences. Furthermore, essential gene knockout usually results in failure and it is often not obvious whether the gene of interest is an essential one. Here, we report on a new strategy to improve the CRISPR/Cas9 genome editing, which is based on the idea that editing efficiency is tightly linked to how essential the gene to be modified is. The more essential the gene, the less the efficiency of the editing and the larger the number of off-targets, due to the survivorship bias. Considering this, we generated deletions of three essential genes in
Система редактирования на основе CRISPR/Cas9 в последние годы стала основным инструментом манипуляций с геномами разных организмов. Однако при использовании данного метода исследователи часто сталкиваются с низкой эффективностью внесения изменений и с разрезами в нецелевых участках генома (off-target). Более того, редактирование жизненно важных генов часто заканчивается неудачей вследствие повышенной летальности при эффективном разрезании обoих аллелей гена интереса (ГИ). В статье предложена новая стратегия геномного редактирования с помощью CRISPR/Cas9-системы, основанная на том, что чем более важен ген для выживания организма, тем с меньшей эффективностью детектируются успешные случаи его редактирования и параллельно наблюдается все большее число разрезания нецелевых участков, что по сути является «ошибкой выжившего». В представленном методе в геном редактируемого организма предварительно вносят дополнительную копию ГИ, способную обеспечить уровень экспрессии гена, достаточный для выживания организма. Последующее применение CRISPR/Cas9-системы на фоне избыточной экспрессии ГИ позволило получить успешно редактированные линии дрозофилы с делециями трех жизненно важных генов –