Acta NaturaeActa NaturaeActa Naturae2075-8251Acta Naturae Ltd1182210.32607/actanaturae.11822ReviewsОбзорыReview ArticleDNA Methylation: Genomewide Distribution, Regulatory Mechanism and Therapy TargetМетилирование ДНК: распределение в геноме, механизм регуляции и мишень для терапииKaplunDaria S.КаплунДарья Сергеевна
Russian Federation
kaplun.dascha@gmail.comKaluzhnyDmitry N.КалюжныйДмитрий Николаевич
Russian Federation
uzhny@mail.ruProkhortchoukEgor B.ПрохорчукЕгор Борисович
Russian Federation
prokhortchouk@gmail.comZheniloSvetlana V.ЖенилоСветлана Валерьевна
Russian Federation
zhenilo@biengi.ac.ruInstitute of Bioengineering, Research Center of Biotechnology, Russian Academy of SciencesФИЦ Биотехнологии РАНInstitute of Gene Biology, Russian Academy of SciencesИнститут биологии гена РАНEngelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of SciencesИнститут молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН261220221444190710202201122022Copyright ©; 2023, Kaplun D.S., Kaluzhny D.N., Prokhortchouk E.B., Zhenilo S.V.Copyright ©; 2023, Каплун Д.С., Калюжный Д.Н., Прохорчук Е.Б., Женило С.В.2023Kaplun D.S., Kaluzhny D.N., Prokhortchouk E.B., Zhenilo S.V.Каплун Д.С., Калюжный Д.Н., Прохорчук Е.Б., Женило С.В.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://actanaturae.ru/2075-8251/article/view/11822

DNA methylation is the most important epigenetic modification involved in the regulation of transcription, imprinting, establishment of X-inactivation, and the formation of a chromatin structure. DNA methylation in the genome is often associated with transcriptional repression and the formation of closed heterochromatin. However, the results of genome-wide studies of the DNA methylation pattern and transcriptional activity of genes have nudged us toward reconsidering this paradigm, since the promoters of many genes remain active despite their methylation. The differences in the DNA methylation distribution in normal and pathological conditions allow us to consider methylation as a diagnostic marker or a therapy target. In this regard, the need to investigate the factors affecting DNA methylation and those involved in its interpretation becomes pressing. Recently, a large number of protein factors have been uncovered, whose ability to bind to DNA depends on their methylation. Many of these proteins act not only as transcriptional activators or repressors, but also affect the level of DNA methylation. These factors are considered potential therapeutic targets for the treatment of diseases resulting from either a change in DNA methylation or a change in the interpretation of its methylation level. In addition to protein factors, a secondary DNA structure can also affect its methylation and can be considered as a therapy target. In this review, the latest research into the DNA methylation landscape in the genome has been summarized to discuss why some DNA regions avoid methylation and what factors can affect its level or interpretation and, therefore, can be considered a therapy target.

Метилирование – важнейшая эпигенетическая модификация ДНК, участвующая в регуляции транскрипции, импринтинге, установлении Х-инактивации, формировании структуры хроматина. Метилирование ДНК в геноме чаще всего ассоциировано с подавлением транскрипции и с формированием закрытого гетерохроматина. Однако результаты полногеномных исследований профиля метилирования ДНК, транскрипционной активности генов заставили пересмотреть эту парадигму. Промоторы многих генов остаются активными, несмотря на их метилирование. Отличия в распределении метилирования ДНК в норме и патологии позволяют рассматривать метилирование в качестве диагностического маркера или терапевтической мишени. Все это повышает интерес к изучению факторов, влияющих на метилирование ДНК и участвующих в его интерпретации. За последнее время найдено большое количество белковых факторов, способность которых связываться с ДНК зависит от метилирования. Многие из этих белков выступают не только как активаторы или репрессоры транскрипции, но и влияют на уровень метилирования ДНК. Эти факторы рассматриваются как потенциальные терапевтические мишени при заболеваниях, в основе которых лежат или изменение метилирования ДНК, или изменение активности белков, связывающихся с метилированной ДНК. Помимо белковых факторов, на метилирование ДНК может влиять вторичная структура ДНК, которая также служит терапевтической мишенью. В представленном обзоре обобщены результаты последних исследований профиля метилирования геномной ДНК, обсуждаются причины избегания метилирования некоторыми участками ДНК, а также факторы, способные влиять на уровень метилирования ДНК и использоваться в качестве мишени для терапии.

DNA methylationDNA methyltransferasesG-quadruplexesTET dioxydenasesmethyl-DNA binding proteinsметилирование ДНКтранскрипционный факторДНК-метилтрансферазыG-квадруплексыTET-диоксигеназыметил-ДНК-связывающие белкиРоссийский фонд фундаментальных исследованийRussian Foundation for Basic Research19-29-04139Российский научный фондRussian Scientific Foundation19-74-30026Lister R., Mukamel E.A., Nery J.R., Urich M., Puddifoot C.A., Johnson N.D., Lucero J., Huang Y., Dwork A.J., Schultz M.D., et al.// Science. 2013. V. 341. № 6146. 1237905.Gershman A., Sauria M.E.G., Guitart X., Vollger M.R., Hook P.W., Hoyt S.J., Jaun M., Shumate A., Razaghi R., Koren S., et al. // Science. 2022. V. 376. № 6588. eabj5089.Yagi M., Kabata M., Tanaka A., Ukai T., Ohta S., Nakabayashi K., Shimizu M., Hata K., Meissner A., Yamamoto T., et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. № 1. P. 3199.Kato Y., Kaneda M., Hata K., Kumaki K., Hisano M., Kohara Y., Okano M., Li E., Nozaki M., Sasaki H. // Hum. Mol. Genet. 2007. V. 16. № 19. P. 2272–2280.Dodd T., Yan C., Kossmann B.R., Martin K., Ivanov I. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2018. V. 115. № 23. P. 5974–5979.Shi D.-Q., Ali I., Tang J., Yang W.-C. // Front. Genet. 2017. V. 8. P. 100.Velasco G., Grillo G., Touleimat N., Ferry L., Ivkovic I., Ribierre F., Deleuze J.-F., Chantalat S., Picard C., Francastel C. // Hum. Mol. Genet. 2018. V. 27. № 14. P. 2409–2424.Sun Z., Wu Y., Ordog T., Baheti S., Nie J., Duan X., Hojo K., Kocher J.-P., Dyck P.J., Klein C.J. // Epigenetics. 2014. V. 9. № 8. P. 1184–1193.Wang X., Zhao C., Zhang C., Mei X., Song J., Sun Y., Wu Z., Shi W. // Cell Commun. Signal. 2019. V. 17. № 1. P. 1183–1193.Salameh Y., Bejaoui Y., Hajj E.N. // Front. Genet. 2020. V. 11. P. 171.Nishiyama A., Nakanishi M. // Trends Genet. 2021. V. 37. № 11. P. 1012–1027.Hwang J.-Y., Zukin R.S. // Curr. Opin. Neurobiol. 2018. V. 48. P. 193–200.Day J.J., Sweatt D.J. // Nat. Neurosci. 2010. P. 1319–1323.Rollins R.A., Haghighi F., Edwards J.R., Das R., Zhang M.Q., Ju J., Bestor T.H. // Genome Res. 2006. V. 16. № 2. P. 157–163.Toubiana S., Larom G., Smoom R., Duszynski R.J., Godley L.A., Francastel C., Velasco G., Selig S. // Hum. Mol. Genet. 2020. V. 29. № 19. P. 3197–3210.Toubiana S., Velasco G., Chityat A., Kaindl A.M., Hershtig N., Tzur-Gilat A., Francastel C., Selig S. // Hum. Mol. Genet. 2018. V. 27. № 20. P. 3568–3581.Rajshekar S., Yao J., Arnold P.K., Payne S.G., Zhang Y., Bowman T.V., Schmitz R.J., Edwards J.R., Goll M. // eLife. 2018. V. 7. e39658. doi: 10.7554/elife.39658Scelfo A., Fachinetti D. // Cells. 2019. V. 8. № 8. P. 912.Guenther M.G., Levine S.S., Boyer L.A., Jaenisch R., Young R.A. // Cell. 2007. V. 130. № 1. P. 77–88.Mohn F., Weber M., Rebhan M., Roloff T.C., Richter J., Stadler M.B., Bibel M., Schübeler D. // Mol. Cell. 2008. V. 30. № 6. P. 755–766.Sproul D., Nestor C., Culley J., Dickson J.H., Dixon M., Harrison D.J., Meehan R.R., Sims A.H., Ramsahoye B.H. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2011. V. 108. P. 4364–4369.Wan J., Oliver V.F., Wang G., Zhu H., Zack D.J., Merbs S.L., Qian J. // BMC Genomics. 2015. V. 16. № 1. P. 49.Illingworth R.S., Gruenewald-Schneider U., Webb S., Kerr A.R.W., James K.D., Turner D.J., Smith C., Harrison D.J., Andrews R., Bird A.P., et al. // PLoS Genet. 2010. V. 6. № 9. e1001134.Jeziorska D.M., Murray R.J.S., De Gobbi M., Gaentzsch R., Garrick D., Ayyub H., Chen T., Li E., Telenius J., Lynch M., et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2017. V. 114. № 36. P. E7526–E7535.Wu H., Coskun V., Tao J., Xie W., Ge W., Yoshikawa K., Li E., Zhang Y., Sun Y.E. // Science. 2010. V. 329. № 5990. P. 444–448.Bell J.S.K., Vertino P.M. // Epigenetics. 2017. V. 12. № 6. P. 449–464.Pachano T., Sánchez-Gaya V., Ealo T., Mariner-Faulí M., Bleckwehl T., Asenjo H.G., Respuela P., Cruz-Molina S., Muñoz-San Martín M., Haro E., et al. // Nat. Genet. 2021. V. 53. № 7. P. 1036–1049.Zhang Y., Jurkowska R., Soeroes S., Rajavelu A., Dhayalan A., Bock I., Rathert P., Brandt O., Reinhardt R., Fischle W., et al. // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. № 13. P. 4246–4253.Otani J., Nankumo T., Arita K., Inamoto S., Ariyoshi M., Shirakawa M. // EMBO Rep. 2009. V. 10. № 11. P. 1235–1241.Zhang Z.-M., Liu S., Lin K., Luo Y., Perry J.J., Wang Y., Song J. // J. Mol. Biol. 2015. V. 427. № 15. P. 2520–2531.Long H.K., Blackledge N.P., Klose R.J. // Biochem. Soc. Trans. 2013. V. 41. № 3. P. 727–740.Brown D.A., Di Cerbo V., Feldmann A., Ahn J., Ito S., Blackledge N.P., Nakayama M., McClellan M., Dimitrova E., Turberfield A.H., et al. // Cell Rep. 2017. V. 20. № 10. P. 2313–2327.Clouaire T., Webb S., Skene P., Illingworth R., Kerr A., Andrews R., Lee J.-H., Skalnik D., Bird A. // Genes Dev. 2012. V. 26. № 15. P. 1714–1728.Costa Y., Ding J., Theunissen T.W., Faiola F., Hore T.A, Shliaha P.V., Fidalgo M., Saunders A., Lawrence M., Dietmann S., et al. // Nature. 2013. V. 495. P. 370–374.Costa Y., Ding J., Theunissen T.W., Faiola F., Hore T.A., Shliaha P.V., Fidalgo M., Saunders A., Lawrence M., Dietmann S., et al. // Nature. 2013. V. 495. P. 370–374.Deplus R., Delatte B., Schwinn M.K., Defrance M., Méndez J., Murphy N., Dawson M.A., Volkmar M., Putmans P., Calonne E., et al. // EMBO J. 2013. V. 32. № 5. P. 645–655.Sardina J.L., Collombet S., Tian T.V., Gómez A., Di Stefano B., Berenguer C., Brumbaugh J., Stadhouders R., Segura-Morales C., Gut M., et al. // Cell Stem Cell. 2018. V. 23. № 6. P. 727–741.e9.Fernandez Garcia M., Moore C.D., Schulz K.N., Alberto O., Donague G., Harrison M.M., Zhu H., Zaret K.S. // Mol. Cell. 2019. V. 75. № 5. P. 921–932.e6.Michael A.K., Grand R.S., Isbel L., Cavadini S., Kozicka Z., Kempf G., Bunker R. D., Schenk A.D., Graff-Meyer A., Pathare G.R., et al. // Science. 2020. V. 368. № 6498. P. 1460–1465.Michael A.K., Grand R.S., Isbel L., Cavadini S., Kozicka Z., Kempf G., Bunker R.D., Schenk A.D., Graff-Meyer A., Pathare G.R., et al. // Science. 2020. V. 368. № 6498. P. 1460–1465.Donovan B.T., Chen H., Jipa C., Bai L., Poirier M.G. // Elife. 2019. V. 8. № 7. e43008.VandenBosch L.S., Wohl S.G., Wilken M.S., Hooper M., Finkbeiner C., Cox K., Chipman L., Reh T.A. // Sci. Rep. 2020. V. 1. P. 13615.Metzakopian E., Bouhali K., Alvarez-Saavedra M., Whitsett J.A., Picketts D.J., Ang S.-L. // Development. 2015. V. 142. № 7. P. 1315–1324.Yin Y., Morgunova E., Jolma A., Kaasinen E., Sahu B., Khund-Sayeed S., Das P.K., Kivioja T., Dave K., Zhong F., et al. // Science. 2017. V. 356. № 6337. aaj2239.Lu F., Liu Y., Jiang L., Yamaguchi S., Zhang Y. // Genes Dev. 2014. V. 28. № 19. P. 2103–2119.Arab K., Karaulanov E., Musheev M., Trnka P., Schäfer A., Grummt I., Niehrs C. // Nat. Genet. 2019. V. 51. P. 217–223.Marsico G., Chambers V.S., Sahakyan A.B., McCauley P., Boutell J.M., Antonio M.D., Balasubramanian S. // Nucl. Acids Res. 2019. V. 47. № 8. P. 3862–3874.Chashchina G.V., Beniaminov A.D., Kaluzhny D.N. // Biochemistry (Moscow). 2019. V. 84. № 5. P. 562–569.Чащина Г.В., Бениаминов А.Д., Калюжный Д.Н. // Биохимия. 2019. Т. 84. № 5. С. 730–738.Chambers V.S., Marsico G., Boutell J.M., Di Antonio M., Smith G.P., Balasubramanian S. // Nat. Biotechnol. 2015. V. 33. № 8. P. 877–881.Isaakova E., Varizhuk A., Pozmogova G. // Signif. Bioeng. Biosci. 2018. V. 1. № 3. Р. 1–7.Chashchina G.V., Shchyolkina A.K., Kolosov S.V., Beniaminov A.D., Kaluzhny D.N. // Front. Microbiol. 2021. V. 12. P. 647851.Wu F., Niu K., Cui Y., Li C., Lyu M., Ren Y., Chen Y., Deng H., Huang L., Zheng S., et al. // Commun. Biol. 2021. V. 4. № 1. P. 98.Stevens A.J., de Jong L., Kennedy M.A. // Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. № 5. P. 2407.Hasegawa H., Sasaki I., Tsukakoshi K., Ma Y., Nagasawa K., Numata S., Inoue Y., Kim Y., Ikebukuro K. // Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. № 23. P. 13159.Mao S.-Q., Ghanbarian A.T., Spiegel J., Martínez Cuesta S., Beraldi D., Di Antonio M., Marsico G., Hänsel-Hertsch R., Tannahill D., Balasubramanian S. // Nat. Struct. Mol. Biol. 2018. V. 25. P. 951–957.Cree S.L., Fredericks R., Miller A., Pearce F.G., Filichev V., Fee C., Kennedy M. A. // FEBS Lett. 2016. V. 590. № 17. P. 2870–2883.Cree S.L., Fredericks R., Miller A., Pearce F.G., Filichev V., Fee C., Kennedy M.A. // FEBS Lett. 2016. V. 590. № 17. P. 2870–2883.Jara-Espejo M., Line S.R. // FEBS J. 2020. V. 287. № 3. P. 483–495.Haggerty C., Kretzmer H., Riemenschneider C., Kumar A.S., Mattei A.L., Bailly N., Gottfreund J., Giesselmann P., Weigert R., Brändl B., et al. // Nat. Struct. Mol. Biol. 2021. V. 28. № 7. P. 594–603.Tian H.-P., Lun S.-M., Huang H.-J., He R., Kong P.-Z., Wang Q.-S., Li X.-Q., Feng Y.-M. // J. Biol. Chem. 2015. V. 290. № 31. P. 19173–19183.Lienert F., Wirbelauer C., Som I., Dean A., Mohn F., Schübeler D. // Nat. Genet. 2011. V. 43. № 11. P. 1091–1097.Braccioli L., de Wit E. // Essays Biochem. 2019. V. 63. № 1. P. 157–165.Schoenherr C.J., Levorse J.M., Tilghman S.M. // Nat. Genet. 2003. V. 33. № 1. P. 66–69.Fedoriw A.M., Stein P., Svoboda P., Schultz R.M., Bartolomei M.S. // Science. 2004. V. 303. № 5655. P. 238–240.Freschi A., Del Prete R., Pignata L., Cecere F., Manfrevola F., Mattia M., Cobellis G.,. Sparago A., Bartolomei M.S., Riccio A., et al. // Hum. Mol. Genet. 2021. V. 30. № 16. P. 1509–1520.Damaschke N.A., Gawdzik J., Avilla M., Yang B., Svaren J., Roopra A., Luo J.-H., Yu Y.P., Keles S., Jarrard D.F., et al. // Clin. Epigenetics. 2020. V. 12. № 1. P. 80.Luo X., Zhang T., Zhai Y., Wang F., Zhang S., Wang G. // Front. Genet. 2021. V. 12. P. 639461.Hashimoto H., Wang D., Horton J.R., Zhang X., Corces V.G., Cheng X. // Mol. Cell. 2017. V. 66. № 5. P. 711–720.Stadler M.B., Murr R., Burger L., Ivanek R., Lienert F., Schöler A., van Nimwegen E., Wirbelauer C., Oakeley E.J., Gaidatzis D., et al. // Nature. 2011. V. 480. P. 490–495.Reshef Y.A., Finucane H.K., Kelley D.R., Gusev A., Kotliar D., Ulirsch J.C., Hormozdiari F., Nasser J., O’Connor L., van de Geijn B., et al. // Nat. Genet. 2018. V. 50. № 10. P. 1483–1493.Kurukuti S., Tiwari V.K., Tavoosidana G., Pugacheva E., Murrell A., Zhao Z., Lobanenkov V., Reik W., Ohlsson R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006. V. 103. № 28. P. 10684–10689.Schmitz K.-M., Mayer C., Postepska A., Grummt I. // Genes Dev. 2010. V. 24. № 20. P. 2264–2269.Baubec T., Colombo D.F., Wirbelauer C., Schmidt J., Burger L., Krebs A.R., Akalin A., Schubeler D. // Nature. 2015. V. 520. P. 243–247.Weinberg D.N., Papillon-Cavanagh S., Chen H., Yue Y., Chen X., Rajagopalan K.N., Horth C., McGuire J.T., Xu X., Nikbakht H. // Nature. 2019. V. 573. P. 281–286.Li Y., Chen X., Lu C. // EMBO Rep. 2021. V. 22. № 5. e51803.Hervouet E., Vallette F.M., Cartron P.-F. // Epigenetics. 2009. V. 4. № 7. P. 487–499.Sato N., Kondo M., Arai K.-I. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006. V. 344. № 3. P. 845–851.Gu P., Le Menuet D., Chung A.C.-K., Cooney A.J. // Mol. Cell. Biol. 2006. V. 26. № 24. P. 9471–9483.Tullius T., Parker S. // Faculty Opinions – Post-Publication Peer Review of the Biomedical Literature. 2013. V. 152. № 1–2.Hudson N.O., Buck-Koehntop B.A. // Molecules. 2018. V. 23. № 10. P. 2555.Prokhortchouk A., Hendrich B., Jørgensen H., Ruzov A., Wilm M., Georgiev G., Bird A., Prokhortchouk E. // Genes Dev. 2001. V. 15. № 13. P. 1613–1618.Filion G.J.P., Zhenilo S., Salozhin S., Yamada D., Prokhortchouk E., Defossez P.-A. // Mol. Cell Biol. 2006. V. 26. № 1. P. 169–181.Daniel J.M., Spring C.M., Crawford H.C., Reynolds A.B., Baig A. // Nucl. Acids Res. 2002. V. 30. № 13. P. 2911–2919.Nikolova E.N., Stanfield R.L., Dyson H.J., Wright P.E. // Biochemistry. 2018. V. 57. № 14. P. 2109–2120.Liu Y., Toh H., Sasaki H., Zhang X., Cheng X. // Genes Dev. 2012. V. 26. № 21. P. 2374–2379.Zhenilo S., Deyev I., Litvinova E., Zhigalova N., Kaplun D., Sokolov A., Mazur A., Prokhortchouk E. // Cell Death Differ. 2018. V. 25. № 11. P. 1938–1951.Yoon H.-G., Chan D.W., Reynolds A.B., Qin J., Wong J. // Mol. Cell. 2003. V. 12. № 3. P. 723–734.Raghav S.K., Waszak S.M., Krier I., Gubelmann C., Isakova A., Mikkelsen T.S., Deplancke B. // Mol. Cell. 2012. V. 46. № 3. P. 335–350.Bohne F., Langer D., Martiné U., Eider C.S., Cencic R., Begemann M., Elbracht M., Bülow L., Eggermann T., Zechneret U., et al. // Clin. Epigenet. 2016. V. 8. P. 47.Prokhortchouk A., Sansom O., Selfridge J., Caballero I.M., Salozhin S., Aithozhina D., Cerchietti L., Guo Meng F., Augenlicht L.H., Mariadason J.M., et al. // Mol. Cell. Biol. 2006. V. 26. № 1. P. 199–208.Kaplun D.S., Fok R.E., Korostina V.S., Prokhortchouk E.B., Zhenilo S.V. // Biochemistry (Moscow). 2019. V. 84. № 3. P. 283–290.Каплун Д.С., Фок Р.Э., Коростина В.С., Прохорчук Е.Б., Женило С.В. // Биохимия. 2019. Т. 84. № 3. С. 404–412.Kaplun D., Starshin A., Sharko F., Gainova K., Filonova G., Zhigalova N., Mazur A., Prokhortchouk E., Zhenilo S., et al. // Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. № 14. P. 7587.Shi X., Du Y., Li S., Wu H. // Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. № 7. P. 3639.Kagey M.H., Melhuish T.A., Wotton D. // Cell. 2003. V. 113. № 1. P. 127–137.Zhenilo S., Kaplun D., Prokhortchouk E. // FEBS Open Bio. 2018. V. 8 (S1). P. 134.Lee B., Muller M.T. // Biochem. J. 2009. V. 421. № 3. P. 449–461.Steinacher R., Barekati Z., Botev P., Kuśnierczyk A., Slupphaug G., Schär P. // EMBO J. 2019. V. 38. № 1. e99242.Quenneville S., Verde G., Corsinotti A., Kapopoulou A., Jakobsson J., Offner S., BaglivoI., Pedone P.V., Grimaldi G., Riccio A., et al. // Mol. Cell. 2011. V. 44. № 3. P. 361–372.Quenneville S., Verde G., Corsinotti A., Kapopoulou A., Jakobsson J., Offner S., Baglivo I., Pedone P.V., Grimaldi G., Riccio A., et al. // Mol. Cell. 2011. V. 44. № 3. P. 361–372.Riso V., Cammisa M., Kukreja H., Anvar Z., Verde G., Sparago A., Acurzio B., Lad S., Lonardo E., Sankar A., et al. // Nucl. Acids Res. 2016. V. 44. № 17. P. 8165–8178.Shi H., Strogantsev R., Takahashi N., Kazachenka A., Lorincz M.C., Hemberger M., Ferguson-Smith A.C. // Epigenetics Chromatin. 2019. V. 12. № 1. P. 49.Mancini M., Magnani E., Macchi F., Bonapace I.M. // Nucl. Acids Res. 2021. V. 49. № 11. P. 6053–6068.Qin W., Wolf P., Liu N., Link S., Smets M., La Mastra F., Forné I., Pichler G., Hörl D., Fellinger K., et al. // Cell Res. 2015. V. 25. № 8. P. 911–929.Beck A., Trippel F., Wagner A., Joppien S., Felle M., Vokuhl C., Schwarzmayr T., Strom T.M., von Schweinitz D., Längst G., et al. // Clin. Epigenetics. 2018. V. 10. P. 27.Tian Y., Paramasivam M., Ghosal G., Chen D., Shen X., Huang Y., Akhter S., Legerski R., Chen J., Seidman M.M., et al. // Cell Rep. 2015. V. 10. № 12. P. 1957–1966.Baubec T., Ivánek R., Lienert F., Schübeler D. // Cell. 2013. V. 153. P. 480–492.Jin Y., Su K., Kong H.E., Ma W., Wang Z., Li Y., R. Li, Allen E. G., Wu H., Jin P. // Hum. Mol. Genet. 2022. ddac189.Jin Y., Su K., Kong H.E., Ma W., Wang Z., Li Y., Li R., Allen E.G., Wu H., Jin P. // Hum. Mol. Genet. 2022. ddac189.Allan A.M., Liang X., Luo Y., Pak C., Li X., Szulwach K.E., Chen D., Jin P., Zhao X. // Hum Mol. Genet. 2008. V. 17. № 13. P. 2047–2057.Li X., Barkho B.Z., Luo Y., Smrt R.D., Santistevan N.J., Liu C., Kuwabara T., Gage F. H., Zhao X. // J. Biol. Chem. 2008. V. 283. № 41. P. 27644–27652.Li X., Barkho B.Z., Luo Y., Smrt R.D., Santistevan N.J., Liu C., Kuwabara T., Gage F.H., Zhao X. // J. Biol. Chem. 2008. V. 283. № 41. P. 27644–27652.Katayama S., Andou M. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2021. V. 581. P. 20–24.O’Geen H., Bates S.L., Carter S.S., Nisson K.A., Halmai J., Fink K.D., Rhie S.K., Farnham P.J., Segal D.J. // Epigenetics Chromatin. 2019. V. 12. P. 26.Choudhury S.R., Cui Y., Lubecka K., Stefanska B., Irudayaraj J. // Oncotarget. 2016. V. 7. № 29. P. 46545–46556.Kang J.G., Park J.S., Ko J.-H., Kim Y.-S. // Sci. Rep. 2019. V. 9. № 1.. P. 11960.Kang J.G., Park J.S., Ko J.-H., Kim Y.-S. // Sci. Rep. 2019. V. 9. № 1. P. 11960.Devesa-Guerra I., Morales-Ruiz T., Pérez-Roldán J., Parrilla-Doblas J.T., Dorado-León M., García-Ortiz M.V., et al. // J. Mol. Biol. 2020. V. 432. № 7. P. 2204–2216.Ciechomska M., Roszkowski L., Maslinski W. // Cells. 2019. V. 8. № 9. P. 953.Jung G., Hernández-Illán E., Moreira L., Balaguer F., Goel A. // Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2020. V. 17. № 2. P. 111–130.Müller D., Győrffy B. // Biochim. Biophys. Acta Rev. Cancer. 2022. V. 1877. № 3. 188722.Taryma-Leśniak O., Sokolowska K.E., Wojdacz T.K. // Clin Epigenetics. 2020. V. 12. № 1. P. 107.Brocks D., Schmidt C.R., Daskalakis M., Jang H.S., Shah N.M., Li D., Li J., Zhang B., Hou Y., Laudato S., et al. // Nat. Genet. 2017. V. 49. № 7. P. 1052–1060.Graça I., Sousa E.J., Baptista T., Almeida M., Ramalho-Carvalho J., Palmeira C., Henrique R., Jerónimo C. // Curr. Pharm. Des. 2014. V. 20. № 11. P. 1803–1811.Segura-Pacheco B., Perez-Cardenas E., Taja-Chayeb L., Chavez-Blanco A., Revilla-Vazquez A., Benitez-Bribiesca L., Duenas-González A.. // J. Transl. Med. 2006. V. 4. P. 32.Segura-Pacheco B., Perez-Cardenas E., Taja-Chayeb L., Chavez-Blanco A., Revilla-Vazquez A., Benitez-Bribiesca L., Duenas-González A. // J. Transl. Med. 2006. V. 4. P. 32.Ansari I., Chaturvedi A., Chitkara D., Singh S. // Semin. Cancer Biol. 2022. V. 83. P. 570–583.Hanzawa N., Hashimoto K., Yuan X., Kawahori K., Tsujimoto K., Hamaguchi M., Tanaka T., Nagaoka Y., Nishina H., Morita S., et al. // Sci. Rep. 2020. V. 10. № 1. P. 5181.Wood K.H., Johnson B.S., Welsh S.A., Lee J.Y., Cui Y., Krizman E., Brodkin E.S., Blendy J.A., Robinson M.B., Bartolomei M.S., et al. // Epigenomics. 2016. V. 8. № 4. P. 455–473.Kulikov A.V., Korostina V.S., Kulikova E.A., Fursenko D.V., Akulov A.E., Moshkin M.P., Prokhortchouk E.B. // Behav. Brain Res. 2016. V. 297. P. 76–83.Gnanapragasam M.N., Scarsdale J.N., Amaya M.L., Webb H.D., Desai M.A., Walavalkar N.M., Wang S.Z., Zhu S.Z., Ginder G.D., Williams Jr., D.C. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2011. V. 108. № 18. P. 7487–7492.Yu X., Azzo A., Bilinovich S.M., Li X., Dozmorov M., Kurita R., Nakamura Y., Williams Jr., D.C., Ginder G.D. // Haematologica. 2019. V. 104. № 12. P. 2361–2371.Hendrich B., Guy J., Ramsahoye B., Wilson V.A., Bird A. // Genes Dev. 2001. V. 15. № 6. P. 710–723.Robinson L., Guy J., McKay L., Brockett E., Spike R.C., Selfridge J., De Sousa D., Merusi C., Riedel G., Bird A., et al. // Brain. 2012. V. 135. P. 9. P. 2699–2710.Scarsdale J.N., Webb H.D., Ginder G.D., Williams D.C., Jr. // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. № 15. P. 6741–6752.Ghosh R.P., Horowitz-Scherer R.A., Nikitina T., Gierasch L.M., Woodcock C.L. // J. Biol. Chem. 2008. V. 283. № 29. P. 20523–20534.