Acta NaturaeActa NaturaeActa Naturae2075-8251Acta Naturae Ltd1162010.32607/actanaturae.11620Research ArticlesЭкспериментальные статьиResearch ArticleSuppression of the Testis-Specific Transcription of the ZBTB32 and ZNF473 Genes in Germ Cell TumorsТранскрипция специфичных для семенников генов ZBTB32 и ZNF473 подавлена в герминогенных опухоляхBulanenkovaSvetlana S.БуланенковаСветлана С.
Russian Federation
sun-lioness@mail.ruFilyukovaOlga B.ФилюковаОльга Б.
Russian Federation
ofilyuk@mail.ruSnezhkovEugene V.СнежковЕвгений В.
Russian Federation
cell@yandex.ruAkopovSergey B.АкоповСергей Б.
Russian Federation
sergeyakopov@mail.ruNikolaevLev G.НиколаевЛев Г.
Russian Federation
kinvel@gmail.comShemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of SciencesИнститут биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН2910202214385942810202124082022Copyright ©; 2022, Bulanenkova S.S., Filyukova O.B., Snezhkov E.V., Akopov S.B., Nikolaev L.G.Copyright ©; 2022, Буланенкова С.С., Филюкова О.Б., Снежков Е.В., Акопов С.Б., Николаев Л.Г.2022Bulanenkova S.S., Filyukova O.B., Snezhkov E.V., Akopov S.B., Nikolaev L.G.Буланенкова С.С., Филюкова О.Б., Снежков Е.В., Акопов С.Б., Николаев Л.Г.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://actanaturae.ru/2075-8251/article/view/11620

The family of genes containing C2H2 zinc finger domains, which has more than 700 members, is one of the largest in the genome. Of particular interest are C2H2 genes with potential tissue-specific transcription, which determine the functional properties of individual cell types, including those associated with pathological processes. The aim of this work was to identify C2H2 family genes with tissue-specific transcription and analyze changes in their activity during tumor progression. To search for these genes, we used four databases containing data on gene transcription in human tissues obtained by RNA-Seq analysis. The analysis showed that, although the major part of the C2H2 family genes is transcribed in virtually all tissues, a group of genes has tissue-specific transcription, with most of the transcripts being found in the testis. After having compared all four databases, we identified nine such genes. The testis-specific transcription was confirmed for two of them, namely ZBTB32 and ZNF473, using quantitative PCR of cDNA samples from different organs. A decrease in ZBTB32 and ZNF473 transcription levels was demonstrated in germ cell tumors. The studied genes can serve as candidate markers in germ cell tumors.

Одним из самых многочисленных в геноме является семейство генов, содержащих домены «цинковый палец» типа C2H2, которое насчитывает более 700 членов. Особый интерес среди них представляют гены с предполагаемой тканеспецифичной транскрипцией, определяющие функциональные свойства отдельных типов клеток и обусловливающих их специфичный ответ на внешние и внутренние воздействия, в том числе при патологических процессах. Целью работы было выявление генов семейства C2H2 c тканеспецифичной транскрипцией и анализ изменений их активности при образовании опухолей. Для поиска таких генов мы воспользовались четырьмя базами данных, содержащими информацию о транскрипции генов в тканях человеческого организма, полученную в результате крупномасштабного секвенирования мРНК. Показано, что основная часть генов семейства C2H2 транскрибируется практически во всех тканях, однако для небольшой группы генов была характерна тканеспецифичная транскрипция, при этом основная часть транскриптов приходилась на семенники. При сопоставлении всех четырех баз данных выявлено 9 таких генов. Специфичную для семенников транскрипцию двух из них – ZBTB32 и ZNF473 – мы подтвердили методом количественной ПЦР на матрицах кДНК из разных органов. Показано снижение транскрипции ZBTB32 и ZNF473 в герминогенных опухолях. Эти гены рассматриваются как потенциальные маркеры ракового перерождения клеток зародышевого типа.

zinc-finger proteinstestisgerm cell tumorstranscriptionбелки с доменами цинковых пальцевсеменникигерминогенные опухолитранскрипцияAlba M.M. // Genome Biol. 2017. V. 18. P. 168.Tupler R., Perini G., Green M.R. // Nature. 2001. V. 409. P. 832–833.Collins T., Stone J.R., Williams A.J. // Mol. Cell. Biol. 2001. V. 21. P. 3609–3615.Tadepally H.D., Burger G., Aubry M. // BMC Evol. Biol. 2008. V. 8. P. 176.Kotova E.S., Akopov S.B., Sverdlov E.D., Nikolaev L.G. // Biopol. Cell. 2014. V. 30. P. 260–272.Kim S., Yu N.K., Kaang B.K. // Exp. Mol. Med. 2015. V. 47. P. e166.Cassandri M., Smirnov A., Novelli F., Pitolli C., Agostini M., Malewicz M., Melino G., Raschella G. // Cell Death Discov. 2017. V. 3. P. 17071.Fedotova A.A., Bonchuk A.N., Mogila V.A., Georgiev P.G. // Acta Naturae. 2017. V. 9. P. 47–58.Lukic S., Nicolas J.C., Levine A.J. // Cell Death Differ. 2014. V. 21. P. 381–387.Najafabadi H.S., Mnaimneh S., Schmitges F.W., Garton M., Lam K.N., Yang A., Albu M., Weirauch M.T., Radovani E., Kim P.M., et al. // Nat. Biotechnol. 2015. V. 33. P. 555–562.Brayer K.J., Segal D.J. // Cell. Biochem. Biophys. 2008. V. 50. P. 111–131.Burdach J., O’Connell M.R., Mackay J.P., Crossley M. // Trends Biochem. Sci. 2012. V. 37. P. 199–205.Aguet F., Ardlie K.G. // Curr. Genet. Med. Repts. 2016. V. 4. P. 163–169.Kim P., Park A., Han G., Sun H., Jia P., Zhao Z. // Nucl. Acids Res. 2018. V. 46. P. D1031–D1038.Wagner G.P., Kin K., Lynch V.J. // Theory Biosci. 2012. V. 131. P. 281–285.Sambrook J., Maniatis T., Fritsch E.F. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Lab. Press, 1987.R CoreTeam. R: A language and environment for statistical computing. Vienna, Austria: R. Fdn for Statistical Computing, 2014.Galili T. // Bioinformatics. 2015. V. 31. P. 3718–3720.Charrad M., Ghazzali N., Boiteau V., Niknafs A. // J. Stat. Softw. 2014. V. 61. P. 1–36.Brock G., Pihur V., Datta S., Datta S. // J. Stat. Softw. 2008. V. 25. P. 1–22.Tang Z., Li C., Kang B., Gao G., Zhang Z. // Nucl. Acids Res. 2017. V. 45. P. W98–W102.Kent W.J., Sugnet C.W., Furey T.S., Roskin K.M., Pringle T.H., Zahler A.M., Haussler D. // Genome Res. 2002. V. 12. P. 996–1006.ENCODE Project Consortium // Nature. 2012. V. 489. P. 57–74.GTEx Consortium // Science. 2015. V. 348. P. 648–660.Uhlen M., Hallstrom B.M., Lindskog C., Mardinoglu A., Ponten F., Nielsen J. // Mol. Syst. Biol. 2016. V. 12. P. 862.Gray K.A., Yates B., Seal R.L., Wright M.W., Bruford E.A. // Nucl. Acids Res. 2015. V. 43. P. D1079–D1085.Pierson E., Koller D., Battle A., Mostafavi S., Ardlie K.G., Getz G., Wright F.A., Kellis M., Volpi S., Dermitzakis E.T. // PLoS Comput Biol. 2015. V. 11. P. e1004220.Gainetdinov I.V., Kondratieva S.A., Skvortsova Y.V., Zinovyeva M.V., Stukacheva E.A., Klimov A., Tryakin A.A., Azhikina T.L. // Oncotarget. 2016. V. 7. P. 22439–22447.