Acta NaturaeActa NaturaeActa Naturae2075-8251Acta Naturae Ltd1133710.32607/actanaturae.11337ReviewsОбзорыReview ArticleGenetic Diversity and Evolution of the Biological Features of the Pandemic SARS-CoV-2Генетическое разнообразие и эволюция биологических свойств коронавируса SARS-CoV-2 в условиях глобального распространенияhttps://orcid.org/0000-0001-9610-0935NikonovaAleksandra A.НиконоваАлександра Александровна
Russian Federation
aa.nikonova@nrcii.ruFaizuloevEugene B.ФайзулоевЕвгений Бахтиерович
Russian Federation
faizuloev@mail.ruGrachevaAnastasia V.ГрачеваАнастасия Вячеславовна
Russian Federation
nastuxa_70@mail.ruIsakovIgor Yu.ИсаковИгорь Юрьевич
Russian Federation
isakov.med@gmail.comZverevVitaly V.ЗверевВиталий Васильевич
Russian Federation
vitalyzverev@outlook.comMechnikov Research Institute for Vaccines and SeraНаучно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова1511202113377892001202114042021Copyright ©; 2021, Nikonova A.A., Faizuloev E.B., Gracheva A.V., Isakov I.Y., Zverev V.V.Copyright ©; 2021, Никонова А.А., Файзулоев Е.Б., Грачева А.В., Исаков И.Ю., Зверев В.В.2021Nikonova A.A., Faizuloev E.B., Gracheva A.V., Isakov I.Y., Zverev V.V.Никонова А.А., Файзулоев Е.Б., Грачева А.В., Исаков И.Ю., Зверев В.В.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://actanaturae.ru/2075-8251/article/view/11337

The new coronavirus infection (COVID-19) represents a challenge for global health. Since the outbreak began, the number of confirmed cases has exceeded 117 million, with more than 2.6 million deaths worldwide. With public health measures aimed at containing the spread of the disease, several countries have faced a crisis in the availability of intensive care units. Currently, a large-scale effort is underway to identify the nucleotide sequences of the SARS-CoV-2 coronavirus that is an etiological agent of COVID-19. Global sequencing of thousands of viral genomes has revealed many common genetic variants, which enables the monitoring of the evolution of SARS-CoV-2 and the tracking of its spread over time. Understanding the current evolution of SARS-CoV-2 is necessary not only for a retrospective analysis of the new coronavirus infection spread, but also for the development of approaches to the therapy and prophylaxis of COVID-19. In this review, we have focused on the general characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. Also, we have analyzed available publications on the genetic diversity of the virus and the relationship between the diversity and the biological properties of SARS-CoV-2, such as virulence and contagiousness.

Новая коронавирусная инфекция (COVID-19) представляет серьезную угрозу для глобального здравоохранения. С начала пандемии число пациентов с подтвержденной инфекцией в мире превысило 117 млн, из них более 2.6 млн скончались. Несмотря на беспрецедентные ответные меры общественного здравоохранения, направленные на сдерживание распространения заболевания, ряд стран столкнулся с кризисом в отделениях интенсивной терапии. В настоящее время предпринимаются большие усилия по мониторингу генетической изменчивости этиологического агента COVID-19 – коронавируса SARS-CoV-2. Секвенирование сотен тысяч геномов вирусов, выделенных в разных регионах мира, позволяет изучать эволюцию SARS-CoV-2 и отслеживать его географическое распространение с течением времени. Понимание эволюции SARS-CoV-2 необходимо не только для ретроспективного анализа причин появления и закономерностей распространения новой коронавирусной инфекции, но и для создания терапевтических и профилактических средств против COVID-19. В этом обзоре представлена общая характеристика SARS-CoV-2 и вызываемого им заболевания, а также проанализированы источники, описывающие генетическое разнообразие вируса и его взаимосвязь с биологическими свойствами SARS-CoV-2, такими, как вирулентность и контагиозность.

coronavirusesSARS-CoV-2pathogenicityvirulencecontagiousnessvirus evolutionviral genomeкоронавирусыSARS-CoV-2патогенностьвирулентностьконтагиозностьэволюция вирусоввирусный геномРФФИRFBR20-04-60079The reported study was funded by RFBR according to the research project № 20-04-60079Исследование выполнено при финансовой поддержке РФФИ в рамках научного проекта № 20-04-60079Liu Y.C., Kuo R.L., Shih S.R. // Biomed. J. 2020. V. 43. № 4. P. 328–333.COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU). https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6.Geoghegan J.L., Holmes E.C. // Nat. Rev. Genet. 2018. V. 19. № 12. P. 756–769.ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses). https://talk.ictvonline.org/ictv-reports/ictv_9th_report/positive-sense-rna-viruses-2011/w/posrna_viruses/222/coronaviridae.Nakagawa S., Miyazawa T. // Inflamm. Regen. 2020. V. 40. № 1. P. 17.Zhou P., Yang X.L., Wang X.G., Hu B., Zhang L., Zhang W., Si H.R., Zhu Y., Li B., Huang C.L., et al. // Nature. 2020. V. 579. № 7798. P. 270–273.Zhou H., Chen X., Hu T., Li J., Song H., Liu Y., Wang P., Liu D., Yang J., Holmes E.C., et al. // Curr. Biol. 2020. V. 30. № 11. P. 2196–2203 e2193.Guo Y.R., Cao Q.D., Hong Z.S., Tan Y.Y., Chen S.D., Jin H.J., Tan K.S., Wang D.Y., Yan Y. // Mil. Med. Res. 2020. V. 7. № 1. P. 11.Yuan S., Jiang S.C., Li Z.L. // Front. Vet. Sci. 2020. V. 7. P. 379.Lam T.T., Jia N., Zhang Y.W., Shum M.H., Jiang J.F., Zhu H.C., Tong Y.G., Shi Y.X., Ni X.B., Liao Y.S., et al. // Nature. 2020. V. 583. № 7815. P. 282–285.Wu C., Liu Y., Yang Y., Zhang P., Zhong W., Wang Y., Wang Q., Xu Y., Li M., Li X., et al. // Acta Pharm. Sin B. 2020. V. 10. № 5. P. 766–788.Chen Y., Liu Q., Guo D. // J. Med. Virol. 2020. V. 92. № 4. P. 418–423.Li X., Giorgi E.E., Marichannegowda M.H., Foley B., Xiao C., Kong X.P., Chen Y., Gnanakaran S., Korber B., Gao F. // Sci. Adv. 2020. V. 6. № 27. P. eabb9153.Liu C., Mendonca L., Yang Y., Gao Y., Shen C., Liu J., Ni T., Ju B., Liu C., Tang X., et al. // Structure. 2020. V. 28. № 11. P. 1218–1224 e1214.Zhu N., Zhang D., Wang W., Li X., Yang B., Song J., Zhao X., Huang B., Shi W., Lu R., et al. // N. Engl. J. Med. 2020. V. 382. № 8. P. 727–733.Lim Y.X., Ng Y.L., Tam J.P., Liu D.X. // Diseases. 2016. V. 4. № 3. P. 26.Nelson C.W., Ardern Z., Goldberg T.L., Meng C., Kuo C.-H., Ludwig C., Kolokotronis S.-O., Wei X. // eLife. 2020. V. 9. P. e59633.Davidson A.M., Wysocki J., Batlle D. // Hypertension. 2020. V. 76. № 5. P. 1339–1349.Li W., Choe H., Farzan M. // Nidoviruses. 2006. doi: 10.1007/978-0-387-33012-9-36Walls A.C., Park Y.J., Tortorici M.A., Wall A., McGuire A.T., Veesler D. // Cell. 2020. V. 181. №. 2. P. 281–292 e6.Walls A.C., Park Y.J., Tortorici M.A., Wall A., McGuire A.T., Veesler D. // Cell. 2020. V. 181. № 2. P. 281–292 e6.Shang J., Ye G., Shi K., Wan Y., Luo C., Aihara H., Geng Q., Auerbach A., Li F. // Nature. 2020. V. 581. № 7807. P. 221–224.Hoffmann M., Kleine-Weber H., Schroeder S., Kruger N., Herrler T., Erichsen S., Schiergens T.S., Herrler G., Wu N.H., Nitsche A., et al. // Cell. 2020. V. 181. № 2. P. 271–280 e8.Bestle D., Heindl M.R., Limburg H., Van Lam van T., Pilgram O., Moulton H., Stein D.A., Hardes K., Eickmann M., Dolnik O., et al. // Life Sci. Alliance. 2020. V. 3. № 9. P. e202000786.Tang T., Bidon M., Jaimes J.A., Whittaker G.R., Daniel S. // Antiviral Res. 2020. V. 178. P. 104792.Ruch T.R., Machamer C.E. // Viruses. 2012. V. 4. № 3. P. 363–382.Neuman B.W., Kiss G., Kunding A.H., Bhella D., Baksh M.F., Connelly S., Droese B., Klaus J.P., Makino S., Sawicki S.G., et al. // J. Struct. Biol. 2011. V. 174. № 1. P. 11–22.McBride R., van Zyl M., Fielding B.C. // Viruses. 2014. V. 6. № 8. P. 2991–3018.Sungnak W., Huang N., Becavin C., Berg M., Queen R., Litvinukova M., Talavera-Lopez C., Maatz H., Reichart D., Sampaziotis F., et al. // Nat. Med. 2020. V. 26. № 5. P. 681–687.Zhang X.Y., Huang H.J., Zhuang D.L., Nasser M.I., Yang M.H., Zhu P., Zhao M.Y. // Infect. Dis. Poverty. 2020. V. 9. № 1. P. 99.Khan F.A. // New Microbes New Infect. 2020. V. 36. P. 100697.Russell C.D., Millar J.E., Baillie J.K. // Lancet. 2020. V. 395. № 10223. P. 473–475.Yang X., Yu Y., Xu J., Shu H., Xia J.a., Liu H., Wu Y., Zhang L., Yu Z., Fang M., et al. // Lancet Respiratory Med. 2020. V. 8. №. 5. P. 475–481.Liu K., Fang Y.Y., Deng Y., Liu W., Wang M.F., Ma J.P., Xiao W., Wang Y.N., Zhong M.H., Li C.H., et al. // Chin. Med. J. (Engl.). 2020. V. 133. № 9. P. 1025–1031.Oran D.P., Topol E.J. // Ann. Intern. Med. 2020. V. 173. № 5. P. 362–367.Abduljalil J.M., Abduljalil B.M. // New Microbes New Infect. 2020. V. 35. P. 100672.Wu Z., McGoogan J.M. // J. Am. Med. Ass. 2020. V. 323. № 13. P. 1239–1242.Harrison S.L., Fazio-Eynullayeva E., Lane D.A., Underhill P., Lip G.Y.H. // PLoS Med. 2020. V. 17. № 9. P. e1003321.Richardson S., Hirsch J.S., Narasimhan M., Crawford J.M., McGinn T., Davidson K.W., the Northwell C.-R.C., Barnaby D.P., Becker L.B., Chelico J.D., et al. // J. Am. Med. Ass. 2020. V. 323. № 20. P. 2052–2059.Petrilli C.M., Jones S.A., Yang J., Rajagopalan H., O’Donnell L., Chernyak Y., Tobin K.A., Cerfolio R.J., Francois F., Horwitz L.I. // Brit. Med. J. 2020. V. 369. P. m1966.Wang D., Hu B., Hu C., Zhu F., Liu X., Zhang J., Wang B., Xiang H., Cheng Z., Xiong Y., et al. // J. Am. Med. Ass. 2020. V. 323. № 11. P. 1061–1069.Zhang Y., Xiao M., Zhang S., Xia P., Cao W., Jiang W., Chen H., Ding X., Zhao H., Zhang H., et al. // N. Engl. J. Med. 2020. V. 382. № 17. P. e38.Mehta P., McAuley D.F., Brown M., Sanchez E., Tattersall R.S., Manson J.J., Hlh Across Speciality Collaboration U.K. // Lancet. 2020. V. 395. № 10229. P. 1033–1034.Rawson T.M., Moore L.S.P., Zhu N., Ranganathan N., Skolimowska K., Gilchrist M., Satta G., Cooke G., Holmes A. // Clin. Infect. Dis. 2020. V. 71. № 9. P. 2459–2468.Ludvigsson J.F. // Acta Paediatrica. 2020. V. 109. № 6. P. 1088–1095.Meskina E.R. // J. Мicrobiol. Epidemiol. Immunobiol. 2020. V. 97. № 3. P. 202–215.Ahmed M., Advani S., Moreira A., Zoretic S., Martinez J., Chorath K., Acosta S., Naqvi R., Burmeister-Morton F., Burmeister F., et al. // EClin.Med. 2020. V. 26. P. 100527.Ahmed M., Advani S., Moreira A., Zoretic S., Martinez J., Chorath K., Acosta S., Naqvi R., Burmeister-Morton F., Burmeister F., et al. // EClin. Med. 2020. V. 26. P. 100527.Hamming I., Timens W., Bulthuis M.L., Lely A.T., Navis G., van Goor H. // J. Pathol. 2004. V. 203. № 2. P. 631–637.LoPresti M., Beck D.B., Duggal P., Cummings D.A.T., Solomon B.D. // Am. J. Hum. Genet. 2020. V. 107. № 3. P. 381–402.Fujikura K., Uesaka K. // J. Clin. Pathol. 2021. V. 74. № 5. P. 307–313.Hou Y., Zhao J., Martin W., Kallianpur A., Chung M.K., Jehi L., Sharifi N., Erzurum S., Eng C., Cheng F. // BMC Med. 2020. V. 18. № 1. P. 216.Ellinghaus D., Degenhardt F., Bujanda L., Buti M., Albillos A., Invernizzi P., Fernandez J., Prati D., Baselli G., Asselta R., et al. // N. Engl. J. Med. 2020. V. 383. № 16. P. 1522–1534.Wang F., Huang S., Gao R., Zhou Y., Lai C., Li Z., Xian W., Qian X., Li Z., Huang Y., et al. // Cell Discov. 2020. V. 6. № 1. P. 83.Zimmerman P.A., Buckler-White A., Alkhatib G., Spalding T., Kubofcik J., Combadiere C., Weissman D., Cohen O., Rubbert A., Lam G., et al. // Mol. Med. 1997. V. 3. № 1. P. 23–36.de Wilde A.H., Snijder E.J., Kikkert M., van Hemert M.J. // Curr. Top. Microb. Immunol. 2018. V. 419. P. 1–42.Menachery V.D., Yount B.L., Debbink K., Agnihothram S., Gralinski L.E., Plante J.A., Graham R.L., Scobey T., Ge X.-Y., Donaldson E.F., et al. // Nat. Med. 2015. V. 21. № 12. P. 1508–1513.Imai M., Watanabe T., Hatta M., Das S.C., Ozawa M., Shinya K., Zhong G., Hanson A., Katsura H., Watanabe S., et al. // Nature. 2012. V. 486. № 7403. P. 420–428.Maines T.R., Chen L.-M., Van Hoeven N., Tumpey T.M., Blixt O., Belser J.A., Gustin K.M., Pearce M.B., Pappas C., Stevens J., et al. // Virology. 2011. V. 413. № 1. P. 139–147.Klimov A.I., Cox N.J., Yotov W.V., Rocha E., Alexandrova G.I., Kendal A.P. // Virology. 1992. V. 186. № 2. P. 795–797.Lin J.-H., Wu H.-S. // BioMed Research International. 2015. V. 2015. P. 805306.Jernigan D.B., Cox N.J. // Annu. Rev. Med. 2015. V. 66. № 1. P. 361–371.Gussow A.B., Auslander N., Faure G., Wolf Y.I., Zhang F., Koonin E.V. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2020. V. 117. № 26. P. 15193–15199.Islam M.R., Hoque M.N., Rahman M.S., Alam A., Akther M., Puspo J.A., Akter S., Sultana M., Crandall K.A., Hossain M.A. // Sci. Rep. 2020. V. 10. № 1. P. 14004.Hadfield J., Megill C., Bell S.M., Huddleston J., Potter B., Callender C., Sagulenko P., Bedford T., Neher R.A. // Bioinformatics. 2018. V. 34. № 23. P. 4121–4123.Zhao Z., Li H., Wu X., Zhong Y., Zhang K., Zhang Y.P., Boerwinkle E., Fu Y.X. // BMC Evol. Biol. 2004. V. 4. P. 21.Cotten M., Watson S.J., Zumla A.I., Makhdoom H.Q., Palser A.L., Ong S.H., Al Rabeeah A.A., Alhakeem R.F., Assiri A., Al-Tawfiq J.A., et al. // mBio. 2014. V. 5. № 1. P. e01062–01013.Vijgen L., Keyaerts E., Moës E., Thoelen I., Wollants E., Lemey P., Vandamme A.-M., van Ranst M. // J. Virol. 2005. V. 79. № 3. P. 1595–1604.Smith E.C., Blanc H., Surdel M.C., Vignuzzi M., Denison M.R. // PLoS Pathog. 2013. V. 9. № 8. P. e1003565.Mercatelli D., Giorgi F.M. // Front. Microbiol. 2020. V. 11. P. 1800.Jia Y., Shen G., Zhang Y., Huang K.-S., Ho H.-Y., Hor W.-S., Yang C.-H., Li C., Wang W.-L. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.04.09.034942.Naqvi A.A.T., Fatima K., Mohammad T., Fatima U., Singh I.K., Singh A., Atif S.M., Hariprasad G., Hasan G.M., Hassan M.I. // Biochim. Biophys. Acta Mol. Basis. Dis. 2020. V. 1866. № 10. P. 165878.Vilar S., Isom D.G. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.12.16.423071.Morais I.J., Polveiro R.C., Souza G.M., Bortolin D.I., Sassaki F.T., Lima A.T.M. // Sci. Rept. 2020. V. 10. № 1. P. 18289.Korber B., Fischer W.M., Gnanakaran S., Yoon H., Theiler J., Abfalterer W., Hengartner N., Giorgi E.E., Bhattacharya T., Foley B., et al. // Cell. 2020. V. 182. № 4. P. 812–827 e819.Laha S., Chakraborty J., Das S., Manna S.K., Biswas S., Chatterjee R. // Infection, Genetics and Evolution. 2020. V. 85. P. 104445.Alouane T., Laamarti M., Essabbar A., Hakmi M., Bouricha E.M., Chemao-Elfihri M.W., Kartti S., Boumajdi N., Bendani H., Laamarti R., et al. // Pathogens. 2020. V. 9. № 10. P. 829.Lokman S.M., Rasheduzzaman M., Salauddin A., Barua R., Tanzina A.Y., Rumi M.H., Hossain M.I., Siddiki A.M.A.M.Z., Mannan A., Hasan M.M. // Infect.Genet. Evol. 2020. V. 84. P. 104389.Lokman S.M., Rasheduzzaman M., Salauddin A., Barua R., Tanzina A.Y., Rumi M.H., Hossain M.I., Siddiki A.M.A.M.Z., Mannan A., Hasan M.M. // Infect. Genet. Evol. 2020. V. 84. P. 104389.Comandatore F., Chiodi A., Gabrieli P., Biffignandi G.B., Perini M., Ricagno S., Mascolo E., Petazzoni G., Ramazzotti M., Rimoldi S.G., et al. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.04.30.071027.Zhang L., Wang S., Ren Q., Yang J., Lu Y., Zhang L., Gai Z. // medRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.04.27.20081349.van Dorp L., Richard D., Tan C.C., Shaw L.P., Acman M., Balloux F. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.05.21.108506.Bhowmik D., Pal S., Lahiri A., Talukdar A., Paul S. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.04.26.062471.Cortey M., Li Y., Díaz I., Clilverd H., Darwich L., Mateu E. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.05.16.099499.Zhang L., Jackson C.B., Mou H., Ojha A., Peng H., Quinlan B.D., Rangarajan E.S., Pan A., Vanderheiden A., Suthar M.S., et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. № 1. P. 6013.Kemp S., Harvey W., Datir R., Collier D., Ferreira I., Carabelli A., Robertson D., Gupta R. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.12.14.422555.Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations. 2020. https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563.Starr T.N., Greaney A.J., Hilton S.K., Crawford K.H.D., Navarro M.J., Bowen J.E., Tortorici M.A., Walls A.C., Veesler D., Bloom J.D. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.06.17.157982.Tegally H., Wilkinson E., Giovanetti M., Iranzadeh A., Fonseca V., Giandhari J., Doolabh D., Pillay S., San E.J., Msomi N., et al. // medRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.12.21.20248640.Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. 2021. https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586.Khailany R.A., Safdar M., Ozaslan M. // Gene Rep. 2020. V. 19. P. 100682.Young B.E., Fong S.-W., Chan Y.-H., Mak T.-M., Ang L.W., Anderson D.E., Lee C.Y.-P., Amrun S.N., Lee B., Goh Y.S., et al. // Lancet. 2020. V. 396. № 10251. P. 603–611.Krammer F. // Nature. 2020. V. 586. № 7830. P. 516–527.Xie X., Zou J., Fontes-Garfias C.R., Xia H., Swanson K.A., Cutler M., Cooper D., Menachery V.D., Weaver S., Dormitzer P.R., et al. // bioRxiv. 2021. doi: 10.1101/2021.01.07.425740.Ferretti A.P., Kula T., Wang Y., Nguyen D.M.V., Weinheimer A., Dunlap G.S., Xu Q., Nabilsi N., Perullo C.R., Cristofaro A.W., et al. // Immunity. 2020. V. 53. № 5. P. 1095–1107 e1093.Wahba L., Jain N., Fire A.Z., Shoura M.J., Artiles K.L., McCoy M.J., Jeong D.E. // mSphere. 2020. V. 5. № 3. Р. e00160-20.Forster P., Forster L., Renfrew C., Forster M. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2020. V. 117. № 17. P. 9241–9243.Yang X., Dong N., Chan E.W., Chen S. // Emerg. Microbes Infect. 2020. V. 9. № 1. P. 1287–1299.Tang X., Wu C., Li X., Song Y., Yao X., Wu X., Duan Y., Zhang H., Wang Y., Qian Z., et al. // Nat. Sci. Rev. 2020. V. 7. № 6. P. 1012–1023.Zhang X., Tan Y., Ling Y., Lu G., Liu F., Yi Z., Jia X., Wu M., Shi B., Xu S., et al. // Nature. 2020. V. 583. № 7816. P. 437–440.Hahn G., Lee S., Weiss S.T., Lange C. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.05.05.079061.Kumar S., Tao Q., Weaver S., Sanderford M., Caraballo-Ortiz M.A., Sharma S., Pond S.L.K., Miura S. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.09.24.311845.Sundru Manjulata D., Annapurna P., Balakuntalam K., Kumar S. // Res. Square. 2021. doi: 10.21203/rs.3.rs-29557/v1.GISAID: Clade and lineage nomenclature, July 4, 2020. https://www.gisaid.org/references/statements-clarifications/clade-and-lineage-nomenclature-aids-in-genomic-epidemiology-of-active-hcov-19-viruses/Sengupta A., Hassan S.S., Choudhury P.P. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.11.30.402487.Rambaut A., Holmes E.C., Hill V., O’Toole Á., McCrone J., Ruis C., du Plessis L., Pybus O.G. // bioRxiv. 2020. doi: 10.1101/2020.04.17.046086.Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages (PANGOLIN) updated 2020. https://github.com/cov-lineages/pangolin.Hodcroft E. B, Hadfield J., Neher R. A, Bedford T. Year-letter genetic clade naming for SARS-CoV-2 on nextstain.org. 2020. https://nextstrain.org/blog/2020-06-02-SARSCoV2-clade-namingHodcroft E.B., Hadfield J., Neher R.A., Bedford T. Year-letter genetic clade naming for SARS-CoV-2 on nextstain.org. 2020. https://nextstrain.org/blog/2020-06-02-SARSCoV2-clade-namingKomissarov A.B., Safina K.R., Garushyants S.K., Fadeev A.V., Sergeeva M.V., Ivanova A.A., Danilenko D.M., Lioznov D., Shneider O.V., Shvyrev N., et al. // Nat. Commun. 2021. V. 12. № 1. P. 649.Shchetinin A.M., Tsyganova E.V., Protsenko D.N. // Cureus. 2021. V. 13. № 3. P. e13733.Kozlovskaya L., Piniaeva A., Ignatyev G., Selivanov A., Shishova A., Kovpak A., Gordeychuk I., Ivin Y., Berestovskaya A., Prokhortchouk E., et al. // Int. J. Infect. Dis. 2020. V. 99. P. 40–46.