Acta NaturaeActa NaturaeActa Naturae2075-8251Acta Naturae Ltd1105610.32607/actanaturae.11056Research ArticlesЭкспериментальные статьиResearch ArticleDrosophila Zinc Finger Protein CG9890 Is Colocalized with Chromatin Modifying and Remodeling Complexes on Gene Promoters and Involved in Transcription RegulationБелок CG9890 дрозофилы, содержащий домены цинковых пальцев, колокализуется с комплексами модификации и ремоделирования хроматина на промоторах генов и участвует в регуляции транскрипцииFursovaN. A.ФурсоваН. А.
Russian Federation
krasnov@genebiology.ruMazinaM. Y.МазинаМ. Ю.
Russian Federation
krasnov@genebiology.ruNikolenkoJ. V.НиколенкоЮ. В.
Russian Federation
krasnov@genebiology.ruVorobyovaN. E.ВоробьеваН. Е.
Russian Federation
krasnov@genebiology.ruKrasnovA. N.КрасновА. Н.
Russian Federation
krasnov@genebiology.ruInstitute of Gene Biology Russian Academy of SciencesИнститут биологии гена РАН221220201241141191906202019062020Copyright ©; 2020, Fursova N.A., Mazina M.Y., Nikolenko J.V., Vorobyova N.E., Krasnov A.N.Copyright ©; 2020, Фурсова Н.А., Мазина М.Ю., Николенко Ю.В., Воробьева Н.Е., Краснов А.Н.2020Fursova N.A., Mazina M.Y., Nikolenko J.V., Vorobyova N.E., Krasnov A.N.Фурсова Н.А., Мазина М.Ю., Николенко Ю.В., Воробьева Н.Е., Краснов А.Н.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://actanaturae.ru/2075-8251/article/view/11056

In this work, we conducted a genome-wide study of the zinc finger protein CG9890 and showed that it is localized mostly on the promoters of active genes. The CG9890 binding sites are low-nucleosome-density regions and are colocalized with the chromatin modifying and remodeling complexes SAGA and dSWI/SNF, as well as with the ORC replication complex. The CG9890 protein was shown to be involved in the regulation of the expression of some genes on the promoters of which it is located, with the ecdysone cascade genes accounting for a significant percentage of these genes. Thus, the CG9890 protein is a new member of the transcriptional network which is localized on active promoters, interacts with the main transcription and replication complexes, and is involved in the regulation of both basal and inducible transcription.

Проведено полногеномное исследование белка CG9890, содержащего домены цинковых пальцев. Показано, что белок CG9890 локализован преимущественно на промоторах активных генов. Сайты связывания CG9890 характеризуются низкой плотностью нуклеосом и колокализуются с комплексами модификации и ремоделирования хроматина SAGA и dSWI/SNF, а также с репликационным комплексом ORC. Показано, что белок CG9890 участвует в регуляции экспрессии части генов, на промоторах которых он находится, причем заметную долю этих генов составляют гены экдизонового каскада. Таким образом, белок CG9890 является новым участником транскрипционной сети клетки, локализуется на активных промоторах, взаимодействует с основными транскрипционными и репликационными комплексами и участвует в регуляции как базальной, так и индуцибельной транскрипции.

ENY2CG9890Drosophilazinc fingersChIP-SeqENY2CG9890дрозофилацинковые пальцыChIP-SeqРоссийский научный фондRussian Science Foundation20-14-00269Vorobyeva N.E., Mazina M.U., Golovnin A.K., Kopytova D.V., Gurskiy D.Y., Nabirochkina E.N., Georgieva S.G., Georgiev P.G., Krasnov A.N. // Nucl. Acids Res. 2013. V. 41. № 11. P. 5717–5730.Mazina M., Vorob’eva N.E., Krasnov A.N. // Tsitologiia. 2013. V. 55. № 4. P. 218–224.Vorobyeva N.E., Nikolenko J.V., Krasnov A.N., Kuzmina J.L., Panov V.V., Nabirochkina E.N., Georgieva S.G., Shidlovskii Y.V. // Cell Cycle. 2011. V. 10. № 11. P. 1821–1827.Kopytova D.V., Krasnov A.N., Orlova A.V., Gurskiy D.Y., Nabirochkina E.N., Georgieva S.G., Shidlovskii Y.V. // Cell Cycle. 2010. V. 9. № 3. P. 479–481.Kurshakova M., Maksimenko O., Golovnin A., Pulina M., Georgieva S., Georgiev P., Krasnov A. // Mol. Cell. 2007. V. 27. № 2. P. 332–338.Krasnov A.N., Kurshakova M.M., Ramensky V.E., Mardanov P.V., Nabirochkina E.N., Georgieva S.G. // Nucl. Acids Res. 2005. V. 33. № 20. P. 6654–6661.Gurskiy D., Orlova A., Vorobyeva N., Nabirochkina E., Krasnov A., Shidlovskii Y., Georgieva S., Kopytova D. // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40. № 21. P. 10689–10700.Kopytova D., Popova V., Kurshakova M., Shidlovskii Y., Nabirochkina E., Brechalov A., Georgiev G., Georgieva S. // Nucl. Acids Res. 2016. V. 44. № 10. P. 4920–4933.Eaton M.L., Prinz J.A., MacAlpine H.K., Tretyakov G., Kharchenko P.V., MacAlpine D.M. // Genome Res. 2011. V. 21. № 2. P. 164–174.Masai H., Matsumoto S., You Z., Yoshizawa-Sugata N., Oda M. // Annu. Rev. Biochem. 2010. V. 79. P. 89–130.MacAlpine H.K., Gordan R., Powell S.K., Hartemink A.J., MacAlpine D.M. // Genome Res. 2010. V. 20. № 2. P. 201–211.Baptista T., Grunberg S., Minoungou N., Koster M.J.E., Timmers H.T.M., Hahn S., Devys D., Tora L. // Mol. Cell. 2017. V. 68. № 1. P. 130–143.Shi J., Zheng M., Ye Y., Li M., Chen X., Hu X., Sun J., Zhang X., Jiang C. // Nucl. Acids Res. 2014. V. 42. № 15. P. 9730–9739.Harikrishnan K.N., Chow M.Z., Baker E.K., Pal S., Bassal S., Brasacchio D., Wang L., Craig J.M., Jones P.L., Sif S., et al. // Nat. Genet. 2005. V. 37. № 3. P. 254–264.Elfring L.K., Daniel C., Papoulas O., Deuring R., Sarte M., Moseley S., Beek S.J., Waldrip W.R., Daubresse G., DePace A., et al. // Genetics. 1998. V. 148. № 1. P. 251–265.Fursova N.A., Nikolenko J.V., Soshnikova N.V., Mazina M.Y., Vorobyova N.E., Krasnov A.N. // Acta Naturae. 2018. V. 10. № 4. P. 110–114.Kharchenko P.V., Tolstorukov M.Y., Park P.J. // Nat. Biotechnol. 2008. V. 26. № 12. P. 1351–1359.Zhao K., Hart C.M., Laemmli U.K. // Cell. 1995. V. 81. № 6. P. 879–889.Mazina M.Y., Nikolenko J.V., Fursova N.A., Nedil’ko P.N., Krasnov A.N., Vorobyeva N.E. // Cell Cycle. 2015. V. 14. № 22. P. 3593–3601.