L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis plays a key role in the formation of the cell wall of a pathogen and catalyzes the cross-linking of growing peptidoglycan chains by non-classical 3-3 bonds, which causes resistance to a broad spectrum of penicillins. Molecular modeling of enzyme interactions with the N- and C-terminal tetrapeptide fragments of growing peptidoglycan chains has been performed for the first time and has allowed us to highlight the peculiarities of their binding at the formation of 3-3 cross-linkages, as well as to build a full-atom model of L,D-transpeptidase 2 for the screening and optimizing of inhibitors’ structures.
L,D-транспептидаза 2-го типа из Mycobacterium tuberculosis играет ключевую роль в формировании неклассических 3-3 поперечных сшивок пептидогликана в клеточной стенке патогена, обуславливая его устойчивость к широкому спектру антибиотиков пенициллинового ряда. Впервые проведенное исследование взаимодействия фермента с тетрапептидным фрагментом пептидогликана клеточной стенки при помощи методов молекулярного моделирования позволило выявить особенности связывания N- и C-концевых фрагментов растущей цепи пептидогликана этим ферментом при образовании 3-3 поперечных сшивок и построить полноатомную модель LdtMt2 для скрининга и оптимизации структуры ингибиторов.