Acta NaturaeActa NaturaeActa Naturae2075-8251Acta Naturae Ltd1038210.32607/20758251-2017-9-2-4-16ReviewsОбзорыResearch ArticleAt the Interface of Three Nucleic Acids: The Role of RNA-Binding Proteins and Poly(ADP-ribose) in DNA RepairНа стыке трех нуклеиновых кислот: роль РНК-связывающих белков и поли(АDP-рибозы) в репарации ДНКAlemasovaE. E.АлемасоваE. E.
Russian Federation
lavrik@niboch.nsc.ruLavrikO. I.ЛаврикO. И.
Russian Federation
lavrik@niboch.nsc.ruInstitute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, SB RASИнститут химической биологии и фундаментальной медицины СО РАНNovosibirsk State UniversityНовосибирский государственный университет1506201792VOL 9, NO2 (2017)ТОМ 9, №2 (2017)41617012020Copyright ©; 2017, Alemasova E.E., Lavrik O.I.Copyright ©; 2017, Алемасова E.E., Лаврик O.И.2017Alemasova E.E., Lavrik O.I.Алемасова E.E., Лаврик O.И.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://actanaturae.ru/2075-8251/article/view/10382

RNA-binding proteins (RBPs) regulate RNA metabolism, from synthesis to decay. When bound to RNA, RBPs act as guardians of the genome integrity at different levels, from DNA damage prevention to the post-transcriptional regulation of gene expression. Recently, RBPs have been shown to participate in DNA repair. This fact is of special interest as DNA repair pathways do not generally involve RNA. DNA damage in higher organisms triggers the formation of the RNA-like polymer - poly(ADP-ribose) (PAR). Nucleic acid-like properties allow PAR to recruit DNA- and RNA-binding proteins to the site of DNA damage. It is suggested that poly(ADP-ribose) and RBPs not only modulate the activities of DNA repair factors, but that they also play an important role in the formation of transient repairosome complexes in the nucleus. Cytoplasmic biomolecules are subjected to similar sorting during the formation of RNA assemblages by functionally related mRNAs and promiscuous RBPs. The Y-box-binding protein 1 (YB-1) is the major component of cytoplasmic RNA granules. Although YB-1 is a classic RNA-binding protein, it is now regarded as a non-canonical factor of DNA repair.

РНК-связывающие белки (RBP) регулируют метаболизм РНК на всех его этапах - от биосинтеза до деградации. Взаимодействуя с РНК, RBP участвуют также в поддержании стабильности генома на различных уровнях - от предотвращения повреждений в ДНК до посттранскрипционной координации экспрессии генов. Недавно было показано непосредственное участие RBP в репарации (исправлении повреждений) ДНК, что представляет особый интерес, поскольку в большинстве случаев этот процесс происходит без участия РНК. У высших организмов вблизи повреждения ДНК синтезируется РНК-подобный ядерный полимер - поли(АDP-рибоза) (PAR). Сходство с нуклеиновой кислотой позволяет PAR привлекать к месту повреждения ДНК- и РНК-связывающие белки. Предполагается, что поли(АDP-рибоза) и RBP способны не только модулировать активность ферментов репарации ДНК, но и играть важную структурную роль в создании временного «репарационного компартмента» в клетке. Сходный процесс «фильтрации» молекул происходит в цитоплазме при образовании ансамблей функционально связанных РНК и мультиспецифичных RBP. Главный компонент цитоплазматических РНК-ансамблей - Y-бокс-связывающий белок 1 (YB-1) - является классическим РНК-связывающим белком, который рассматривается как неканонический фактор репарации ДНК.

DNA repairintrinsically disordered proteinspoly(ADP-ribose)RNA-binding proteinsY-box-binding-protein 1репарация ДНКполи(АDP-рибоза)РНК-связывающие белкифункционально неупорядоченные белкиY-бокс-связывающий белок 1This work was supported by a grant from the Russian Science Foundation (No. 14-24-00038) and a scholarship from the President of the Russian Federation for young scientists and graduate students.Работа выполнена при поддержке гранта РНФ (№ 14-24-00038) и стипендии Президента РФ для молодых ученых и аспирантов.[1] Vohhodina J., Harkin D.P., Savage K.I. // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 2016, V.7, №5, P.604-619[2] Goodwin J.F., Schiewer M.J., Dean J.L., Schrecengost R.S., de Leeuw R., Han S., Ma T., Den R.B., Dicker A.P., Feng F.Y., Knudsen K.E. // Cancer Discov. 2013, V.3, №11, P.1254-1271[3] Fong Y.W., Cattoglio C., Tjian R. // Molecular Cell 2013, V.52, №3, P.291-302[4] Chen D., Lucey M.J., Phoenix F., Lopez-Garcia J., Hart S.M., Losson R., Buluwela L., Coombes R.C., Chambon P., Schär P., Ali S. // J. Biol. Chem. 2003, V.278, №40, P.38586-38592[5] Shen L., Wu H., Diep D., Yamaguchi S., D’Alessio A.C., Fung H.L., Zhang K., Zhang Y. // Cell. 2013, V.153, №3, P.692-706[6] Cortellino S., Xu J., Sannai M., Moore R., Caretti E., Cigliano A., Le Coz M., Devarajan K., Wessels A., Soprano D. // Cell. 2011, V.146, №1, P.67-79[7] Mellon I., Hanawalt P.C. // Nature 1989, V.342, №6245, P.95-98[8] Khobta A., Epe B. // Mutat. Res. 2012, V.736, №1-2, P.5-14[9] Adelman K., Lis J.T. // Nat. Rev. Genet. 2012, V.13, №10, P.720-731[10] Jonkers I., Lis J.T. // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2015, V.16, №3, P.167-177[11] Perillo B., Ombra M.N., Bertoni A., Cuozzo C., Sacchetti S., Sasso A., Chiariotti L., Malorni A., Abbondanza C., Avvedimento E.V. // Science. 2006, V.319, №5860, P.202-206[12] Ju B.G., Lunyak V.V., Perissi V., Garcia-Bassets I., Rose D.W., Glass C.K., Rosenfeld M.G. // Science. 2006, V.312, №5781, P.1798-1802[13] Bunch H., Lawney B.P., Lin Y.F., Asaithamby A., Murshid A., Wang Y.E., Chen B.P., Calderwood S.K. // Nat. Commun. 2015, V.6, doi: 10.1038/ncomms10191, P.10191[14] Joshi R.S., Pina B., Roca J. // Nucleic Acids Res. 2012, V.40, №16, P.7907-7915[15] Pedersen J.M., Fredsoe J., Roedgaard M., Andreasen L., Mundbjerg K., Kruhøffer M., Brinch M., Schierup M.H., Bjergbaek L., Andersen A.H. // PLoS Genet. 2012, V.8, №12, e1003128[16] Bunch H. // FEBS Lett. 2016, V.590, №8, P.1064-1075[17] Petesch S.J., Lis J.T. // Trends Genet. 2012, V.28, №6, P.285-294[18] Francia S., Michelini F., Saxena A., Tang D., de Hoon M., Anelli V., Mione M., Carninci P., d’Adda di Fagagna F. // Nature 2012, V.488, №7410, P.231-235[19] Talhaoui I., Lebedeva N.A., Zarkovic G., Saint-Pierre C., Kutuzov M.M., Sukhanova M.V., Matkarimov B.T., Gasparutto D., Saparbaev M.K., Lavrik O.I. // Nucleic Acids Res. 2016, V.44, №19, P.9279-9295[20] Malewicz M., Perlmann T. // Exp. Cell Res. 2014, V.329, №1, P.94-100[21] Frit P., Kwon K., Coin F., Auriol J., Dubaele S., Salles B., Egly J.M. // Molecular Cell 2002, V.10, №6, P.1391-1401[22] Tu Y., Tornaletti S., Pfeifer G.P. // EMBO J. 1996, V.15, №3, P.675-683[23] Li G.W., Burkhardt D., Gross C., Weissman J.S. // Cell. 2014, V.157, №3, P.624-635[24] Keene J.D., Tenenbaum S.A. // Molecular Cell 2002, V.9, №6, P.1161-1167[25] Keene J.D. // Nat. Rev. Genet. 2007, V.8, №7, P.533-543[26] Mitchell S.F., Parker R. // Molecular Cell 2014, V.54, №4, P.547-558[27] Nielsen F.C., Hansen H.T., Christiansen J. // Bioessays. 2016, V.38, №7, P.674-681[28] Kato M., Han T.W., Xie S., Shi K., Du X., Wu L.C., Mirzaei H., Goldsmith E.J., Longgood J., Pei J. // Cell. 2012, V.149, №4, P.753-767[29] Hyman A.A., Simons K. // Science. 2012, V.337, №6098, P.1047-1049[30] Weber S.C., Brangwynne C.P. // Cell. 2012, V.149, №6, P.1188-1191[31] Uversky V.N., Kuznetsova I.M., Turoverov K.K., Zaslavsky B. // FEBS Lett. 2015, V.589, №1, P.15-22[32] Li P., Banjade S., Cheng H.C., Kim S., Chen B., Guo L., Llaguno M., Hollingsworth J.V., King D.S., Banani S.F. // Nature 2012, V.483, №7389, P.336-340[33] Aguzzi A., Altmeyer M. // Trends Cell Biol. 2016, V.26, №7, P.547-558[34] Brangwynne C.P. // J. Cell Biol. 2013, V.203, №6, P.875-881[35] Elbaum-Garfinkle S., Brangwynne C.P. // Dev. Cell. 2015, V.35, №5, P.531-532[36] Zhang H., Elbaum-Garfinkle S., Langdon E.M., Taylor N., Occhipinti P., Bridges A.A., Brangwynne C.P., Gladfelter A.S. // Molecular Cell 2015, V.60, №2, P.220-230[37] Hyman A.A., Weber C.A., Jülicher F. // Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2014, V.30, P.39-58[38] Dutertre M., Lambert S., Carreira A., Amor-Guéret M., Vagner S. // Trends Biochem. Sci. 2014, V.39, №3, P.141-149[39] Kleiman F.E., Manley J.L. // Cell. 2001, V.104, P.743-753[40] Mirkin N., Fonseca D., Mohammed S., Cevher M.A., Manley J.L., Kleiman F.E. // Nucleic Acids Res. 2008, V.36, №6, P.1792-1804[41] Dutertre M., Sanchez G., Barbier J., Corcos L., Auboeuf D. // RNA Biol. 2011, V.8, №5, P.740-747[42] Ip J.Y., Schmidt D., Pan Q., Ramani A.K., Fraser A.G., Odom D.T., Blencowe B.J. // Genome Res. 2011, V.21, №3, P.390-401[43] Fan J., Yang X., Wang W., Wood W.H. 3rd., Becker K.G., Gorospe M. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002, V.99, №16, P.10611-10616[44] Braunstein S., Badura M.L., Xi Q., Formenti S.C., Schneider R.J. // Mol. Cell Biol. 2009, V.29, №21, P.5645-5656[45] Kruiswijk F., Yuniati L., Magliozzi R., Low T.Y., Lim R., Bolder R., Mohammed S., Proud C.G., Heck A.J., Pagano M., Guardavaccaro D. // Sci. Signal. 2012, V.5, №227, ra40[46] Powley I.R., Kondrashov A., Young L.A., Dobbyn H.C., Hill K., Cannell I.G., Stoneley M., Kong Y.W., Cotes J.A., Smith G.C. // Genes Dev. 2009, V.23, №10, P.1207-1220[47] Mazan-Mamczarz K., Galbán S., López de Silanes I., Martindale J.L., Atasoy U., Keene J.D., Gorospe M. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003, V.100, №14, P.8354-8359[48] Glorian V., Maillot G., Polès S., Iacovoni J.S., Favre G., Vagner S. // Cell Death Differ. 2011, V.18, №11, P.1692-1701[49] Wang W., Furneaux H., Cheng H., Caldwell M.C., Hutter D., Liu Y., Holbrook N., Gorospe M. // Mol. Cell Biol. 2000, V.20, №3, P.760-769[50] Hung T., Wang Y., Lin M.F., Koegel A.K., Kotake Y., Grant G.D., Horlings H.M., Shah N., Umbricht C., Wang P. // Nat. Genet. 2011, V.43, №7, P.621-629[51] Hegde M.L., Banerjee S., Hegde P.M., Bellot L.J., Hazra T.K., Boldogh I., Mitra S. // J. Biol. Chem. 2012, V.287, №41, P.34202-34211[52] Anantha R.W., Alcivar A.L., Ma J., Cai H., Simhadri S., Ule J., König J., Xia B. // PLoS One. 2013, V.8, №4, e61368[53] Hong Z., Jiang J., Ma J., Dai S., Xu T., Li H., Yasui A. // PLoS One. 2013, V.8, №4, e60208[54] Rulten S.L., Rotheray A., Green R.L., Grundy G.J., Moore D.A., Gómez-Herreros F., Hafezparast M., Caldecott K.W. // Nucleic Acids Res. 2014, V.42, №1, P.307-314[55] Wei W., Ba Z., Gao M., Wu Y., Ma Y., Amiard S., White C.I., Rendtlew Danielsen J.M., Yang Y.G. // Cell. 2012, V.149, №1, P.101-112[56] Azvolinsky A., Giresi P.G., Lieb J.D., Zakian V.A. // Molecular Cell 2009, V.34, №6, P.722-734[57] Aguilera A., García-Muse T. // Molecular Cell 2012, V.46, №2, P.115-124[58] Tuduri S., Crabbé L., Conti C., Tourrière H., Holtgreve-Grez H., Jauch A., Pantesco V., De Vos J., Thomas A., Theillet C. // Nat. Cell Biol. 2009, V.11, №11, P.1315-1324[59] Drolet M. // Mol. Microbiol. 2006, V.59, P.723-730[60] Bennetzen M.V., Larsen D.H., Bunkenborg J., Bartek J., Lukas J., Andersen J.S. // Mol. Cell Proteomics. 2010, V.9, №6, P.1314-1323[61] Bensimon A., Schmidt A., Ziv Y., Elkon R., Wang S.Y., Chen D.J., Aebersold R., Shiloh Y. // Sci. Signal. 2010, V.3, №151, rs3[62] Jungmichel S., Rosenthal F., Altmeyer M., Lukas J., Hottiger M.O., Nielsen M.L. // Molecular Cell 2013, V.52, №2, P.272-285[63] Beli P., Lukashchuk N., Wagner S.A., Weinert B.T., Olsen J.V., Baskcomb L., Mann M., Jackson S.P., Choudhary C. // Molecular Cell 2012, V.46, №2, P.212-225[64] Koike K., Uchiumi T., Ohga T., Toh S., Wada M., Kohno K., Kuwano M. // FEBS Lett. 1997, V.417, №3, P.390-394[65] Cammas A., Lewis S.M., Vagner S., Holcik M. // Biochem. Pharmacol. 2008, V.76, №11, P.1395-1403[66] Lukong K.E., Chang K.W., Khandjian E.W., Richard S. // Trends Genet. 2008, V.24, №8, P.416-425[67] Cooper T.A., Wan L., Dreyfuss G. // Cell. 2009, V.136, №4, P.777-793[68] Braunschweig U., Gueroussov S., Plocik A.M., Graveley B.R., Blencowe B.J. // Cell. 2013, V.152, №6, P.1252-1269[69] Shi Y., Manley J.L. // Genes Dev. 2015, V.29, №9, P.889-897[70] Ha M., Kim V.N. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2014, V.15, №8, P.509-524[71] Rinn J.L. // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2014, V.6, №8, a018614[72] Lasda E., Parker R. // RNA. 2014, V.20, №12, P.1829-1842[73] Gerstberger S., Hafner M., Tuschl T. // Nat. Rev. Genet. 2014, V.15, №12, P.829-845[74] Neelamraju Y., Hashemikhabir S., Janga S.C. // J. Proteomics. 2015, V.127, PtA, P.61-70[75] Lunde B.M., Moore C., Varani G. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, V.8, №6, P.479-490[76] Leung A.K., Vyas S., Rood J.E., Bhutkar A., Sharp P.A., Chang P. // Molecular Cell 2011, V.42, №4, P.489-499[77] Leung A., Todorova T., Ando Y., Chang P. // RNA Biol. 2012, V.9, №5, P.542-548[78] Wang X., McLachlan J., Zamore P.D., Hall T.M. // Cell. 2002, V.110, №4, P.501-512[79] Cheong C.G., Hall T.M. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006, V.103, №37, P.13635-13639[80] Kielkopf C.L., Rodionova N.A., Green M.R., Burley S.K. // Cell. 2001, V.106, №5, P.595-605[81] Järvelin A.I., Noerenberg M., Davis I., Castello A. // Cell Commun. Signal. 2016, V.14, №9, doi: 10.1186/s12964-016- 0132-3[82] Castello A., Fischer B., Eichelbaum K., Horos R., Beckmann B.M., Strein C., Davey N.E., Humphreys D.T., Preiss T., Steinmetz L.M. // Cell. 2012, V.149, №6, P.1393-1406[83] Beckmann B.M., Horos R., Fischer B., Castello A., Eichelbaum K., Alleaume A.M., Schwarzl T., Curk T., Foehr S., Huber W. // Nat. Commun. 2015, V.6, №10127, P.1-9[84] Livesay D.R. // Curr. Opin. Pharmacol. 2010, V.10, №6, P.706-708[85] Uversky V.N. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2003, V.21, №2, P.211-234[86] Tsvetkov P., Asher G., Paz A., Reuven N., Sussman J.L., Silman I., Shaul Y. // Proteins. 2008, V.70, №4, P.1357-1366[87] Dunker A.K., Uversky V.N. // Curr. Opin. Pharmacol. 2010, V.10, №6, P.782-788[88] Uversky V.N. // J. Biol. Chem. 2016, V.291, №13, P.6681-6688[89] Uversky V.N., Gillespie J.R., Fink A.L. // Proteins. 2000, V.41, №3, P.415-427[90] Dunker A.K., Lawson J.D., Brown C.J., Williams R.M., Romero P., Oh J.S., Oldfield C.J., Campen A.M., Ratliff C.M., Hipps K.W. // J. Mol. Graph. Model. 2001, V.19, №1, P.26-59[91] Uversky V.N. // Eur. J. Biochem. 2002, V.269, №1, P.2-12[92] Uversky V.N., Li J., Fink A.L. // J. Biol. Chem. 2001, V.276, P.10737-10744[93] Goto Y., Takahashi N., Fink A.L. // Biochemistry. 1990, V.29, №14, P.3480-3488[94] Fink A.L., Calciano L.J., Goto Y., Kurotsu T., Palleros D.R. // Biochemistry. 1994, V.33, №41, P.12504-12511[95] Uversky V.N., Narizhneva N.V. // Biochemistry (Mosc.). 1998, V.63, №4, P.420-433[96] Witze E.S., Old W.M., Resing K.A., Ahn N.G. // Nat. Methods. 2007, V.4, №10, P.798-806[97] Walsh C.T., Garneau-Tsodikova S., Gatto G.J. Jr. // Angew Chem. Int. Ed. Engl. 2005, V.44, №45, P.7342-7372[98] Dunker A.K., Brown C.J., Obradovic Z. // Adv. Protein Chem. 2002, V.62, P.25-49[99] Xie H., Vucetic S., Iakoucheva L.M., Oldfield C.J., Dunker A.K., Obradovic Z., Uversky V.N. // J. Proteome Res. 2007, V.6, №5, P.1917-1932[100] Cumberworth A., Lamour G., Babu M.M., Gsponer J. // Biochem J. 2013, V.454, №3, P.361-369[101] Ward J.J., Sodhi J.S., McGuffin L.J., Buxton B.F., Jones D.T. // J. Mol. Biol. 2004, V.337, №3, P.635-645[102] Xie H., Vucetic S., Iakoucheva L.M., Oldfield C.J., Dunker A.K., Uversky V.N., Obradovic Z. // J. Proteome Res. 2007, V.6, №5, P.1882-1898[103] Dunker A.K., Cortese M.S., Romero P., Iakoucheva L.M., Uversky V.N. // FEBS J. 2005, V.272, №20, P.5129-5148[104] Ekman D., Light S., Björklund A.K., Elofsson A. // Genome Biol. 2006, V.7, №6, P.R45[105] Higurashi M., Ishida T., Kinoshita K. // Protein Sci. 2008, V.17, №1, P.72-78[106] Patil A., Kinoshita K., Nakamura H. // Protein Sci. 2010, V.19, №8, P.1461-1468[107] Singh G.P., Ganapathi M., Dash D. // Proteins. 2007, V.66, №4, P.761-765[108] Trudeau T., Nassar R., Cumberworth A., Wong E.T., Woollard G., Gsponer J. // Structure. 2013, V.21, №3, P.332-341[109] Dawicki-McKenna J.M., Langelier M.F., DeNizio J.E., Riccio A.A., Cao C.D., Karch K.R., McCauley M., Steffen J.D., Black B.E., Pascal J.M. // Molecular Cell 2015, V.60, №5, P.755-768[110] Tapley T.L., Körner J.L., Barge M.T., Hupfeld J., Schauerte J.A., Gafni A., Jakob U., Bardwell J.C. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009, V.106, №14, P.5557-5562[111] Chakrabortee S., Tripathi R., Watson M., Schierle G.S., Kurniawan D.P., Kaminski C.F., Wise M.J., Tunnacliffe A. // Mol. Biosyst. 2012, V.8, №1, P.210-219[112] Buljan M., Chalancon G., Eustermann S., Wagner G.P., Fuxreiter M., Bateman A., Babu M.M. // Molecular Cell 2012, V.46, №6, P.871-883[113] Ellis J.D., Barrios-Rodiles M., Colak R., Irimia M., Kim T., Calarco J.A., Wang X., Pan Q., O’Hanlon D., Kim P.M. // Molecular Cell 2012, V.46, №6, P.884-892[114] Hegde M.L., Izumi T., Mitra S. // Prog. Mol. Biol. Transl. Sci. 2012, V.110, P.123-153[115] Hegde M.L., Hazra T.K., Mitra S. // Cell Mol. Life Sci. 2010, V.67, №21, P.3573-3587[116] Mittag T., Kay L.E., Forman-Kay J.D. // J. Mol. Recog. 2010, V.23, №2, P.105-116[117] Gunasekaran K., Tsai C.J., Kumar S., Zanuy D., Nussinov R. // Trends Biochem. Sci. 2003, V.28, №2, P.81-85[118] Krueger K.E., Srivastava S. // Mol. Cell Proteomics. 2006, V.5, №10, P.1799-1810[119] Seet B.T., Dikic I., Zhou M.M., Pawson T. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006, V.7, №7, P.473-483[120] Brangwynne C.P., Eckmann C.R., Courson D.S., Rybarska A., Hoege C., Gharakhani J., Jülicher F., Hyman A.A. // Science. 2009, V.324, №5935, P.1729-1732[121] Brangwynne C.P., Mitchison T.J., Hyman A.A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2011, V.108, №11, P.4334-4339[122] Han T.W., Kato M., Xie S., Wu L.C., Mirzaei H., Pei J., Chen M., Xie Y., Allen J., Xiao G. // Cell. 2012, V.149, №4, P.768-779[123] Zwicker D., Decker M., Jaensch S., Hyman A.A., Jülicher F. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2014, V.111, №26, P.2636-2645[124] Altmeyer M., Neelsen K.J., Teloni F., Pozdnyakova I., Pellegrino S., Grøfte M., Rask M.B., Streicher W., Jungmichel S. // Nat. Commun. 2015, V.6, №8088, P.1-12[125] Teloni F., Altmeyer M. // Nucleic Acids Res. 2016, V.44, №3, P.993-1006[126] Weber S.C., Brangwynne C.P. // Curr. Biol. 2015, V.25, №5, P.641-646[127] Nott T.J., Petsalaki E., Farber P., Jervis D., Fussner E., Plochowietz A., Craggs T.D., Bazett-Jones D.P., Pawson T., Forman-Kay J.D. // Molecular Cell 2015, V.57, №5, P.936-947[128] Shevtsov S.P., Dundr M. // Nat. Cell Biol. 2011, V.13, №2, P.167-173[129] Nott T.J., Petsalaki E., Farber P., Jervis D., Fussner E., Plochowietz A., Craggs T.D., Bazett-Jones D.P., Pawson T., Forman-Kay J.D. // Molecular Cell 2015, V.57, №5, P.936-947[130] Bürkle A. // FEBS J. 2005, V.272, №18, P.4576-4589[131] D’Annessa I., Coletta A., Desideri A. // Biopolymers. 2014, V.101, №1, P.78-86[132] Schultheisz H.L., Szymczyna B.R., Williamson J.R. // J. Am. Chem. Soc. 2009, V.131, №40, P.14571-14578[133] Minaga T., Kun E. // J. Biol. Chem. 1983, V.258, №2, P.725-730[134] D’Amours D., Desnoyers S., D’Silva I., Poirier G.G. // J. Biol. Chem. 1999, V.342, Pt2, P.249-268[135] Wielckens K., George E., Pless T., Hilz H. // J. Biol. Chem. 1983, V.25, №7, P.4098-4104[136] Kreimeyer A., Wielckens K., Adamietz P., Hilz H. // J. Biol. Chem. 1984, V.259, №2, P.890-896[137] Alvarez-Gonzalez R., Althaus F.R. // Mutat. Res. 1989, V.218, №2, P.67-74[138] Bock F.J., Chang P. // FEBS J. 2016, V.283, №22, P.4017-4031[139] Hottiger M.O., Hassa P.O., Lüscher B., Schüler H., Koch-Nolte F. // Trends Biochem. Sci. 2010, V.35, №4, P.208-219[140] Beck C., Robert I., Reina-San-Martin B., Schreiber V., Dantzer F. // Exp. Cell Res. 2014, V.329, №1, P.18-25[141] Cook B.D., Dynek J.N., Chang W., Shostak G., Smith S. // Mol. Cell Biol. 2002, V.22, №1, P.332-342[142] Chang P., Coughlin M., Mitchison T.J. // Nat. Cell Biol. 2005, V.7, №11, P.1133-1139[143] Ozaki Y., Matsui H., Asou H., Nagamachi A., Aki D., Honda H., Yasunaga S., Takihara Y., Yamamoto T., Izumi S. // Molecular Cell 2012, V.47, №5, P.694-706[144] Lonskaya I., Potaman V.N., Shlyakhtenko L.S., Oussatcheva E.A., Lyubchenko Y.L., Soldatenkov V.A. // J. Biol. Chem. 2005, V.280, №17, P.17076-17083[145] Langelier M.F., Planck J.L., Roy S., Pascal J.M. // Science. 2012, V.336, №6082, P.728-732[146] Daniels C.M., Ong S.E., Leung A.K. // Molecular Cell 2015, V.58, №6, P.911-924[147] Altmeyer M., Messner S., Hassa P.O., Fey M., Hottiger M.O. // Nucleic Acids Res. 2009, V.37, №11, P.3723-3738[148] Zhang Y., Wang J., Ding M., Yu Y. // Nat. Methods. 2013, V.10, №10, P.981-984[149] Hottiger M.O. // Annu. Rev. Biochem. 2015, V.84, P.227-263[150] Gagné J.P., Isabelle M., Lo K.S., Bourassa S., Hendzel M.J., Dawson V.L., Dawson T.M., Poirier G.G. // Nucleic Acids Res. 2008, V.36, №22, P.6959-6976[151] Krietsch J., Rouleau M., Pic E., Ethier C., Dawson T.M., Dawson V.L., Masson J.Y., Poirier G.G., Gagne J.P. // Mol. Aspects Med. 2013, V.34, №6, P.1066-1087[152] Krietsch J., Caron M.C., Gagné J.P., Ethier C., Vignard J., Vincent M., Rouleau M., Hendzel M.J., Poirier G.G., Masson J.Y. // Nucleic Acids Res. 2012, V.40, №20, P.10287-10301[153] Zhang F., Shi J., Chen S.H., Bian C., Yu X. // Nucleic Acids Res. 2015, V.43, №22, P.10782-10794[154] Izhar L., Adamson B., Ciccia A., Lewis J., Pontano-Vaites L., Leng Y., Liang A.C., Westbrook T.F., Harper J.W., Elledge S.J. // Cell Rep. 2015, V.11, №9, P.1486-1500[155] Isabelle M., Gagné J.P., Gallouzi I.E., Poirier G.G. // J. Cell Sci. 2012, V.125, Pt19, P.4555-4566[156] Boamah E.K., Kotova E., Garabedian M., Jarnik M., Tulin A.V. // PLoS Genet. 2012, V.8, №1, e1002442[157] Ji Y., Tulin A.V. // Int. J. Mol. Sci. 2013, V.14, №8, P.16168-16183[158] Kraus W.L., Hottiger M.O. // Mol. Aspects Med. 2013, V.34, №6, P.1109-1123[159] Kwon I., Kato M., Xiang S., Wu L., Theodoropoulos P., Mirzaei H., Han T., Xie S., Corden J.L., McKnight S.L. // Cell. 2013, V.155, №5, P.1049-1060[160] Andrabi S.A., Umanah G.K., Chang C., Stevens D.A., Karuppagounder S.S., Gagné J.P., Poirier G.G., Dawson V.L., Dawson T.M. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2014, V.111, №28, P.10209-10214[161] Barkauskaite E., Jankevicius G., Ahel I. // Molecular Cell 2015, V.58, №6, P.935-946[162] Barkauskaite E., Brassington A., Tan E.S., Warwicker J., Dunstan M.S., Banos B., Lafite P., Ahel M., Mitchison T.J., Ahel I. // Nat. Commun. 2013, V.4, №2164, P.1-8[163] Dunstan M.S., Barkauskaite E., Lafite P., Knezevic C.E., Brassington A., Ahel M., Hergenrother P.J., Leys D., Ahel I. // Nat. Commun. 2012, V.3, №878, P.1-6[164] Jankevicius G., Hassler M., Golia B., Rybin V., Zacharias M., Timinszky G., Ladurner A.G. // Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, V.20, №4, P.508-514[165] Tafuri S.R., Wolffe A.P. // New Biol. 1992, V.4, №4, P.349-359[166] Hasegawa S.L., Doetsch P.W., Hamilton K.K., Martin A.M., Okenquist S.A., Lenz J., Boss J.M. // Nucleic Acids Research 1991, V.19, №18, P.4915-4920[167] Eliseeva I.A., Kim E.R., Guryanov S.G., Ovchinnikov L.P., Lyabin D.N. // Biochemistry (Mosc.). 2011, V.76, №13, P.1402-1433[168] Gaudreault I., Guay D., Lebel M. // Nucleic Acids Res. 2004, V.32, №1, P.316-327[169] En-Nia A., Yilmaz E., Klinge U., Lovett D.H., Stefanidis I., Mertens P.R. // J. Biol. Chem. 2005, V.280, №9, P.7702-7711[170] Lasham A., Moloney S., Hale T., Homer C., Zhang Y.F., Murison J.G., Braithwaite A.W., Watson J. // J. Biol. Chem. 2003, V.278, №37, P.35516-35523[171] Soop T., Nashchekin D., Zhao J., Sun X., Alzhanova-Ericsson A.T., Björkroth B., Ovchinnikov L., Daneholt B. // J. Cell Sci. 2003, V.116, Pt8, P.1493-1503[172] Blobel G. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1972, V.4, №1, P.88-95[173] Evdokimova V.M., Kovrigina E.A., Nashchekin D.V., Davydova E.K., Hershey J.W., Ovchinnikov L.P. // J. Biol. Chem. 1998, V.273, №6, P.3574-3581[174] Liu T.T., Arango-Argoty G., Li Z., Lin Y., Kim S.W., Dueck A., Ozsolak F., Monaghan A.P., Meister G., DeFranco D.B. // RNA. 2015, V.21, №6, P.1159-1172[175] Wu S.L., Fu X., Huang J., Jia T.T., Zong F.Y., Mu S.R., Zhu H., Yan Y., Qiu S., Wu Q. // Nucleic Acids Res. 2015, V.43, №17, P.8516-8528[176] Hayakawa H., Uchiumi T., Fukuda T., Ashizuka M., Kohno K., Kuwano M., Sekiguchi M. // Biochemistry. 2002, V.41, №42, P.12739-12744[177] Das S., Chattopadhyay R., Bhakat K.K., Boldogh I., Kohno K., Prasad R., Wilson S.H., Hazra T.K. // J. Biol. Chem. 2007, V.282, №39, P.28474-28484[178] Ohga T., Koike K., Ono M., Makino Y., Itagaki Y., Tanimoto M., Kuwano M., Kohno K. // Cancer Research 1996, V.56, №18, P.4224-4228[179] Koike K., Uchiumi T., Ohga T., Toh S., Wada M., Kohno K., Kuwano M. // FEBS Lett. 1997, V.417, №3, P.390-394[180] Fujita T., Ito K., Izumi H., Kimura M., Sano M., Nakagomi H., Maeno K., Hama Y., Shingu K., Tsuchiya S. // Clin. Cancer Res. 2005, V.11, №24, P.8837-8844[181] Sorokin A.V., Selyutina A.A., Skabkin M.A., Guryanov S.G., Nazimov I.V., Richard C., Th’ng J., Yau J., Sorensen P.H., Ovchinnikov L.P. // EMBO J. 2005, V.24, №20, P.3602-3612[182] Kretov D.A., Curmi P.A., Hamon L., Abrakhi S., Desforges B., Ovchinnikov L.P., Pastré D. // Nucleic Acids Res. 2015, V.43, №19, P.9457-9473[183] Selivanova O.M., Guryanov S.G., Enin G.A., Skabkin M.A., Ovchinnikov L.P., Serdyuk I.N. // Biochemistry (Mosc.). 2010, V.75, №1, P.115-120[184] Sengupta S., Mantha A.K., Mitra S., Bhakat K.K. // Oncogene. 2011, V.30, №4, P.482-493[185] Gaudreault I., Guay D., Lebel M. // Nucleic Acids Res. 2004, V.32, №1, P.316-327[186] Ise T., Nagatani G., Imamura T., Kato K., Takano H., Nomoto M., Izumi H., Ohmori H., Okamoto T., Ohga T. // Cancer Research 1999, V.59, №2, P.342-346[187] Alemasova E.E., Moor N.A., Naumenko K.N., Kutuzov M.M., Sukhanova M.V., Pestryakov P.E., Lavrik O.I. // Biochim. Biophys. Acta. 2016, V.1864, №12, P.1631-1640[188] Fomina E.E., Pestryakov P.E., Maltseva E.A., Petruseva I.O., Kretov D.A., Ovchinnikov L.P., Lavrik O.I. // Biochemistry (Mosc.). 2015, V.80, №2, P.219-227[189] Marenstein D.R., Ocampo M.T., Chan M.K., Altamirano A., Basu A.K., Boorstein R.J., Cunningham R.P., Teebor G.W. // Biol. Chem. 2001, V.276, №24, P.21242-21249[190] Pestryakov P., Zharkov D.O., Grin I., Fomina E.E., Kim E.R., Hamon L., Eliseeva I.A., Petruseva I.O., Curmi P.A., Ovchinnikov L.P. // J. Mol. Recognit. 2012, V.25, №4, P.224-233[191] Fomina E.E., Pestryakov P.E., Kretov D.A., Zharkov D.O., Ovchinnikov L.P., Curmi P.A., Lavrik O.I. // J. Mol. Recognit. 2015, V.28, №2, P.117-123[192] Yang W.H., Bloch D.B. // RNA. 2007, V.13, №5, P.704-712[193] Kawaguchi A., Asaka M.N., Matsumoto K., Nagata K. // Sci. Rep. 2015, V.5, P.8768[194] Gonda K., Wudel J., Nelson D., Katoku-Kikyo N., Reed P., Tamada H., Kikyo N. // J. Biol. Chem. 2006, V.281, №12, P.8153-8160[195] Chang P., Jacobson M.K., Mitchison T.J. // Nature 2004, V.432, №7017, P.645-649[196] Alemasova E.E., Pestryakov P.E., Sukhanova M.V., Kretov D.A., Moor N.A., Curmi P.A., Ovchinnikov L.P., Lavrik O.I. // Biochimie. 2015, V.119, P.36-44[197] Uversky V.N. // Biochim. Biophys. Acta. 2013, V.1834, №5, P.932-951